| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 107 [0] | [0] 105 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 104 (1.460) | 66/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAA > NC_000913/2101347‑2101444 | tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:3827475‑M1/1‑50 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:1702811‑M1/49‑1 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg < 1:2619847‑M1/49‑2 (MQ=255) taAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc > 1:3861295‑M1/1‑47 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc < 1:130674‑M1/49‑4 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:967348‑M1/1‑45 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct < 1:715082‑M1/49‑5 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct < 1:1546426‑M1/49‑5 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct < 1:2174864‑M1/49‑5 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:223143‑M1/1‑44 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATTCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:5368574‑M1/1‑43 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:3220731‑M1/1‑43 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca < 1:3721977‑M1/50‑8 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:4567091‑M1/1‑43 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:1119349‑M1/1‑43 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:4673087‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat > 1:962324‑M1/1‑40 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:478152‑M1/49‑10 (MQ=255) aaaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg > 1:5204624‑M1/1‑39 (MQ=255) aaaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg > 1:2175728‑M1/1‑39 (MQ=255) aaaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg > 1:1129942‑M1/1‑39 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:3301240‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatga < 1:733829‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:4102260‑M1/49‑12 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcg < 1:489902‑M1/50‑14 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:4438143‑M1/1‑36 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:4315565‑M1/1‑36 (MQ=255) aGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:5378879‑M1/1‑35 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata > 1:2250826‑M1/1‑34 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:2144768‑M1/49‑16 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:337757‑M1/49‑16 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:2592366‑M1/49‑16 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:82461‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:4208323‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:4248793‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:3797613‑M1/50‑18 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:1481199‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:2652894‑M1/1‑33 (MQ=255) ttATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt > 1:5237512‑M1/1‑32 (MQ=255) ttATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt > 1:4303741‑M1/1‑32 (MQ=255) ttAACCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt > 1:910882‑M1/1‑32 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:966028‑M1/1‑31 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:1478137‑M1/1‑31 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:3196304‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:5022039‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:2163370‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:4334796‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:3600832‑M1/49‑20 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:3405872‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:3718687‑M1/50‑22 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta < 1:1563699‑M1/50‑24 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:2199867‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:2624655‑M1/49‑23 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:643963‑M1/1‑27 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaa < 1:4451792‑M1/50‑25 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa < 1:4173051‑M1/50‑26 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:3622274‑M1/1‑24 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:1079109‑M1/1‑24 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat > 1:3433842‑M1/1‑23 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat < 1:4297539‑M1/49‑27 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat > 1:3215907‑M1/1‑23 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa > 1:1966039‑M1/1‑22 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:1078071‑M1/1‑20 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:3685786‑M1/48‑29 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt < 1:5177777‑M1/50‑32 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt < 1:2536171‑M1/50‑32 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt < 1:1626370‑M1/50‑32 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg < 1:754991‑M1/49‑31 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt < 1:5552426‑M1/50‑34 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt < 1:2702736‑M1/50‑34 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt < 1:4091294‑M1/50‑34 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt < 1:850550‑M1/49‑33 (MQ=255) gCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt > 1:4936134‑M1/1‑16 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta < 1:5574807‑M1/50‑36 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt < 1:819441‑M1/49‑35 (MQ=255) ttACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat > 1:3575452‑M1/1‑14 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatt < 1:1030619‑M1/49‑38 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatt < 1:5099499‑M1/49‑38 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat < 1:2902327‑M1/50‑40 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta < 1:2959192‑M1/49‑39 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta < 1:1017002‑M1/49‑39 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatt < 1:5356188‑M1/50‑41 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:5391281‑M1/1‑10 (MQ=255) gCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatta > 1:3264566‑M1/1‑9 (MQ=255) gCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatta < 1:1260847‑M1/50‑42 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac < 1:5105571‑M1/50‑43 (MQ=255) tttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac > 1:4547132‑M1/1‑7 (MQ=255) ttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacca > 1:2729197‑M1/1‑6 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac > 1:3709067‑M1/1‑5 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacca < 1:4237854‑M1/49‑45 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacc < 1:3055906‑M1/48‑44 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact > 1:2728782‑M1/1‑4 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac < 1:4523255‑M1/49‑46 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt < 1:5481246‑M1/50‑48 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt > 1:4235338‑M1/1‑3 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt < 1:2413681‑M1/50‑48 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:265389‑M1/1‑2 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:4666152‑M1/1‑2 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:4956960‑M1/1‑2 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt < 1:4243998‑M1/49‑49 (MQ=255) | TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAA > NC_000913/2101347‑2101444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |