| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 107 [0] | [0] 105 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 104 (1.460) | 66/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137670‑2137765 | ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg < 1:2619847‑M2/1‑1 (MQ=255) taaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc > 1:3861295‑M2/48‑50 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc < 1:130674‑M2/3‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:967348‑M2/46‑50 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct < 1:2174864‑M2/4‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct < 1:266552‑M2/4‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct < 1:1546426‑M2/4‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct < 1:715082‑M2/4‑1 (MQ=255) gtataaatagcttatccattcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 1:5368574‑M2/44‑50 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 1:4567091‑M2/44‑50 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 1:3220731‑M2/44‑50 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:3721977‑M2/7‑1 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 1:1119349‑M2/44‑50 (MQ=255) tataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac < 1:5440454‑M2/8‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:478152‑M2/9‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:4673087‑M2/10‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:3463336‑M2/10‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt > 1:962324‑M2/41‑50 (MQ=255) aaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg > 1:2175728‑M2/40‑50 (MQ=255) aaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg > 1:1129942‑M2/40‑50 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAtga < 1:733829‑M2/12‑2 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:4102260‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc < 1:3301240‑M2/12‑1 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCg < 1:489902‑M2/13‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:2133994‑M2/14‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:4315565‑M2/37‑50 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:4438143‑M2/37‑50 (MQ=255) agcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:5378879‑M2/36‑49 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata > 1:2250826‑M2/35‑50 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat < 1:2592366‑M2/15‑1 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat < 1:2144768‑M2/15‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:4208323‑M2/34‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:82461‑M2/34‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 1:3797613‑M2/17‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:1481199‑M2/34‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:2652894‑M2/34‑50 (MQ=255) ttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt > 1:5237512‑M2/33‑50 (MQ=255) ttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt > 1:4303741‑M2/33‑50 (MQ=255) ttaaccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt > 1:910882‑M2/33‑50 (MQ=255) tatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt > 1:966028‑M2/32‑50 (MQ=255) tatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt > 1:1478137‑M2/32‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:5022039‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:2163370‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:4334796‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:3600832‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:3196304‑M2/31‑50 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt < 1:3718687‑M2/21‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:3405872‑M2/30‑50 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt > 1:2199867‑M2/28‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:2624655‑M2/22‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt > 1:643963‑M2/28‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa < 1:1563699‑M2/23‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaa < 1:4451792‑M2/24‑1 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:4173051‑M2/25‑1 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:3622274‑M2/25‑49 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:1079109‑M2/25‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat < 1:4297539‑M2/26‑1 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 1:3215907‑M2/24‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 1:3433842‑M2/24‑49 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:1966039‑M2/23‑50 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa < 1:3685786‑M2/28‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:1078071‑M2/21‑50 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg < 1:754991‑M2/30‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt < 1:2536171‑M2/31‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt < 1:1626370‑M2/31‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt < 1:5177777‑M2/31‑1 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt < 1:5552426‑M2/33‑1 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt < 1:4091294‑M2/33‑1 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt < 1:2702736‑M2/33‑1 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt < 1:850550‑M2/32‑1 (MQ=255) gcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt > 1:4936134‑M2/17‑49 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:4237775‑M2/34‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:819441‑M2/34‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTtta < 1:5574807‑M2/35‑1 (MQ=255) ttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat > 1:3575452‑M2/15‑50 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatt < 1:5099499‑M2/37‑1 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatt < 1:1030619‑M2/37‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat < 1:2902327‑M2/39‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta < 1:2959192‑M2/38‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta < 1:1017002‑M2/38‑1 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatt < 1:5356188‑M2/40‑1 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:4711204‑M2/11‑49 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:5391281‑M2/11‑49 (MQ=255) gctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatta > 1:3264566‑M2/10‑50 (MQ=255) gctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatta < 1:1260847‑M2/41‑1 (MQ=255) ctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc < 1:5105571‑M2/42‑1 (MQ=255) tttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc > 1:4547132‑M2/8‑49 (MQ=255) ttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCa > 1:2729197‑M2/7‑50 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAcc < 1:3055906‑M2/43‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCa < 1:4237854‑M2/44‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc > 1:3709067‑M2/6‑50 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 1:4523255‑M2/45‑1 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACt > 1:2728782‑M2/5‑50 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt > 1:4235338‑M2/4‑50 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt < 1:5481246‑M2/47‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt < 1:2413681‑M2/47‑1 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:265389‑M2/3‑50 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:4666152‑M2/3‑50 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:4956960‑M2/3‑50 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt < 1:4243998‑M2/48‑1 (MQ=255) | CAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137670‑2137765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |