| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,197,137 | 25956 bp→CAGATAATTCAA | [ymfD]–[ymgI] | 42 genes [ymfD], ymfE, lit, intE, xisE, ymfH, ymfI, ymfJ, ymfK, ymfT, ymfL, ymfM, oweE, ymfN, aaaE, ymfR, beeE, jayE, ymfQ, ycfK, tfaP, tfaE, stfE, pinE, mcrA, icdC, iraM, ymgK, ymgL, ycgX, bluR, bluF, ycgZ, ymgA, ariR, ymgC, pdeG, ymgF, ycgH, ymgD, ymgG, [ymgI] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1197137 | 1223092 | 25956 | 105 [0] | [0] 111 | [ymfD]–[ymgI] | [ymfD],ymfE,lit,intE,xisE,ymfH,ymfI,ymfJ,ymfK,ymfT,ymfL,ymfM,oweE,ymfN,aaaE,ymfR,beeE,jayE,ymfQ,ycfK,tfaP,tfaE,stfE,pinE,mcrA,icdC,iraM,ymgK,ymgL,ycgX,bluR,bluF,ycgZ,ymgA,ariR,ymgC,pdeG,ymgF,ycgH,ymgD,ymgG,[ymgI] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1197136 | 0 (0.000) | 73 (1.340) +CAGATAATTCAA |
44/74 | 0.0 | 100% | coding (397/666 nt) | ymfD | e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 1223093 = | 0 (0.000) | coding (71/174 nt) | ymgI | uncharacterized protein YmgI | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGAACGGCAGAGAGAACATTAGAGCAA > NC_000913/1197087‑1197185 | aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt < 1:4738489/50‑1 (MQ=255)aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt < 1:2591159/50‑1 (MQ=255) tAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:1379887/1‑49 (MQ=255) tAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:1504215/1‑49 (MQ=255) tAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATc < 1:1706323‑M1/50‑2 (MQ=255) aaGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:3767001/1‑48 (MQ=255) agagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:2376744/1‑47 (MQ=255) agagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:3692165/1‑47 (MQ=255) agagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:26297/1‑47 (MQ=255) agagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcag < 1:3247374‑M1/50‑4 (MQ=255) agagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATca < 1:3380130‑M1/49‑3 (MQ=255) 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ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag < 1:2881831‑M1/48‑32 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag < 1:4950221‑M1/48‑32 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgata < 1:895918‑M1/47‑31 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgat < 1:17312‑M1/46‑30 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 1:606268‑M1/1‑15 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 1:708504‑M1/1‑15 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatagga < 1:3978408‑M1/48‑34 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatagga < 1:4218722‑M1/48‑34 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatt < 1:4559873‑M1/50‑37 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatt < 1:939074‑M1/50‑37 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatt < 1:403146‑M1/50‑37 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat < 1:867396‑M1/49‑36 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat < 1:2218043‑M1/49‑36 (MQ=255) gCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat > 1:1480903‑M1/1‑12 (MQ=255) gCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat > 1:3530034‑M1/1‑12 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg < 1:1095412‑M1/50‑40 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg < 1:2032222‑M1/50‑40 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg > 1:2930278‑M1/1‑11 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat < 1:4534059‑M1/49‑39 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat < 1:5104088‑M1/49‑39 (MQ=255) aaGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt > 1:1328043‑M1/1‑9 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt > 1:1495650‑M1/1‑8 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt < 1:2225199‑M1/49‑42 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt < 1:2894614‑M1/49‑42 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt < 1:4562900‑M1/49‑42 (MQ=255) 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1:5357262‑M1/1‑2 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttacgt < 1:1346167‑M1/50‑50 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttacgt > 1:397982‑M1/1‑1 (MQ=255) | ATAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGAACGGCAGAGAGAACATTAGAGCAA > NC_000913/1197087‑1197185 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |