| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 58 [1] | [0] 55 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 1 (0.010) | 54 (0.740) | 42/98 | 0.1 | 99.1% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
AATTTTTAATTTGCTGGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACC > NC_000913/2023630‑2023728 | tattgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggt > 1:1249116‑M2/50‑50 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:4496105‑M2/4‑1 (MQ=255) agcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa < 1:4005632‑M2/7‑1 (MQ=255) agcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa < 1:4868304‑M2/7‑1 (MQ=255) gcagaaacttctcgaggaactggcgggtgggaggctgctcggTTCCGTaa < 1:232391‑M2/8‑1 (MQ=255) gcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTaa < 1:2906211‑M2/8‑1 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 1:3595952‑M2/9‑1 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgcggctgctcggGTCCGTGACg > 1:722178‑M2/41‑50 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgagggtgctcggTTCCGTAACg > 1:1557972‑M2/41‑50 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACg < 1:1357350‑M2/10‑1 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCgtaaag > 1:3998804‑M2/41‑48 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctccgTTCCGTAACg > 1:1187171‑M2/41‑50 (MQ=255) gaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCCTAACGt > 1:4178455‑M2/40‑50 (MQ=255) aaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCGTAACGtt > 1:3873636‑M2/39‑50 (MQ=255) aaacttctcgaggaactggcgggggcgaggcggctcggGTCCGTAAAGtt > 1:410421‑M2/39‑50 (MQ=255) aacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGttt < 1:2679507‑M2/13‑1 (MQ=255) cttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTAt < 1:5115461‑M2/15‑1 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCa < 1:3328250‑M2/17‑1 (MQ=255) cgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt > 1:23126‑M2/31‑50 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCAt < 1:1484753‑M2/18‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATg < 1:4422267‑M2/19‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATg < 1:5339828‑M2/19‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATg < 1:5521473‑M2/19‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt > 1:2949172‑M2/30‑49 (MQ=255) ggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt < 1:5142854‑M2/23‑1 (MQ=255) aactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc > 1:2512364‑M2/26‑50 (MQ=255) ctggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:2133347‑M2/24‑49 (MQ=255) ctggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTa < 1:2813595‑M2/27‑1 (MQ=255) tggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:4071887‑M2/23‑48 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAgg < 1:4247962‑M2/30‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:3940138‑M2/29‑1 (MQ=255) cgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGa < 1:4475866‑M2/31‑1 (MQ=255) gggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAt > 1:1087888‑M2/19‑50 (MQ=255) gggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAt < 1:2779504‑M2/32‑1 (MQ=255) gtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa < 1:3199117‑M2/34‑1 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAt < 1:2474042‑M2/35‑1 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc < 1:1076298‑M2/37‑1 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATc < 1:4037348‑M2/36‑1 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 1:1505759‑M2/13‑49 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 1:4745156‑M2/13‑49 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCg < 1:4915654‑M2/38‑1 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCg > 1:2801963‑M2/12‑49 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGa < 1:2753517‑M2/39‑1 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGa < 1:197094‑M2/39‑1 (MQ=255) gctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaa < 1:3005669‑M2/41‑1 (MQ=255) gctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaa > 1:1938313‑M2/10‑49 (MQ=255) tgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaaa > 1:3209030‑M2/8‑50 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaaa < 1:5365141‑M2/43‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaata < 1:4739306‑M2/45‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaat < 1:1388619‑M2/44‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaat < 1:594915‑M2/44‑1 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa < 1:2102798‑M2/46‑1 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa < 1:2695876‑M2/46‑1 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAataata < 1:1158961‑M2/48‑1 (MQ=255) ttCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAcc > 1:1202572/1‑50 (MQ=255) | AATTTTTAATTTGCTGGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACC > NC_000913/2023630‑2023728 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |