Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,388,889 | Δ9,734 bp | ycjG–[uspE] | ycjG, mpaA, ymjC, ymjD, ycjY, pgrR, mppA, ynaI, insH‑4, ynaJ, [uspE] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1388889 | 1398622 | 9734 | 123 [0] | [0] 123 | ycjG–[uspE] | ycjG,mpaA,ymjC,ymjD,ycjY,pgrR,mppA,ynaI,insH‑4,ynaJ,[uspE] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1388888 | 0 (0.000) | 117 (1.050) | 61/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
? | NC_000913 | 1398623 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGTAAAGATGAGAA > NC_000913/1388840‑1388936 | aCGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATT < 1:1637548‑M1/49‑1 (MQ=255) aCGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATT < 1:7638185‑M1/49‑1 (MQ=255) gTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTaca < 1:1874715‑M1/50‑4 (MQ=255) gTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa > 1:7561727‑M1/1‑47 (MQ=255) gTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa > 1:6946750‑M1/1‑47 (MQ=255) tCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacag < 1:4491419‑M1/50‑5 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg > 1:7900895‑M1/1‑44 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg < 1:463131‑M1/50‑7 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg > 1:4513928‑M1/1‑44 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagg < 1:7381454‑M1/49‑6 (MQ=255) acCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtc < 1:5275946‑M1/50‑9 (MQ=255) acCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtc > 1:8455596‑M1/1‑42 (MQ=255) acCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtc > 1:3552768‑M1/1‑42 (MQ=255) ccTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtct < 1:1141655‑M1/50‑10 (MQ=255) ccTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtct < 1:5321991‑M1/50‑10 (MQ=255) ccTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtct < 1:5724050‑M1/50‑10 (MQ=255) cTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctc < 1:2837614‑M1/50‑11 (MQ=255) cTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctc > 1:1682674‑M1/1‑40 (MQ=255) cTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctc < 1:8138908‑M1/50‑11 (MQ=255) cTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctc > 1:3247831‑M1/1‑40 (MQ=255) gTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctcctt < 1:6691727‑M1/50‑14 (MQ=255) tttATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctcctta > 1:6548546‑M1/1‑36 (MQ=255) aTGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaa > 1:6967306‑M1/1‑33 (MQ=255) 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aCTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaact < 1:3058192‑M1/49‑23 (MQ=255) aCTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaact < 1:3154654‑M1/49‑23 (MQ=255) aCTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaact < 1:3307136‑M1/49‑23 (MQ=255) aCTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaac < 1:1412144‑M1/48‑22 (MQ=255) aCTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaac < 1:2163461‑M1/48‑22 (MQ=255) cTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgt < 1:979039‑M1/50‑25 (MQ=255) cTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgt < 1:2676314‑M1/50‑25 (MQ=255) tGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgt > 1:3900092‑M1/1‑25 (MQ=255) gTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtc > 1:6099825‑M1/1‑24 (MQ=255) tCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaa > 1:8362498‑M1/1‑23 (MQ=255) tCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaa > 1:1672760‑M1/1‑23 (MQ=255) aaTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 1:6108646‑M1/1‑21 (MQ=255) aaTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaac < 1:7238768‑M1/49‑29 (MQ=255) aaTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaac < 1:3775428‑M1/49‑29 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacagcaactgtcaacg > 1:7745995‑M1/1‑20 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgc < 1:368456‑M1/50‑31 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgc < 1:3583024‑M1/50‑31 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgc < 1:736383‑M1/50‑31 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 1:6575887‑M1/1‑20 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 1:6278327‑M1/1‑20 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 1:3061295‑M1/1‑20 (MQ=255) aaCACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcag > 1:2752643‑M1/1‑18 (MQ=255) aaCACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcag > 1:5209510‑M1/1‑18 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagt < 1:3907016‑M1/50‑34 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagt < 1:5917146‑M1/50‑34 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagt < 1:1402660‑M1/50‑34 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagt < 1:43843‑M1/50‑34 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaaccgtcaacgcagt > 1:5673763‑M1/1‑17 (MQ=255) cacaGCAAACGCTATTgcagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtt < 1:7752953‑M1/50‑35 (MQ=255) cacaGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtt < 1:6777902‑M1/50‑35 (MQ=255) acaGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagttt < 1:3451554‑M1/50‑36 (MQ=255) acaGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagttt < 1:3633838‑M1/50‑36 (MQ=255) caGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttg > 1:35140‑M1/1‑14 (MQ=255) gCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgt > 1:2849418‑M1/1‑12 (MQ=255) cAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaa > 1:4360227‑M1/1‑11 (MQ=255) cAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaa < 1:8158672‑M1/50‑40 (MQ=255) cAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaa > 1:693768‑M1/1‑11 (MQ=255) cAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaa < 1:2424247‑M1/50‑40 (MQ=255) cAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaa < 1:4322297‑M1/50‑40 (MQ=255) aaaCGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaat > 1:4383768‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaCGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaat < 1:6657055‑M1/50‑41 (MQ=255) aaaCGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaat < 1:4981329‑M1/50‑41 (MQ=255) aaaCGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaat > 1:4877859‑M1/1‑10 (MQ=255) aaCGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaat > 1:6678284‑M1/1‑9 (MQ=255) aCGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaatta < 1:7250943‑M1/50‑43 (MQ=255) cGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa < 1:7057273‑M1/50‑44 (MQ=255) cGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa < 1:6605782‑M1/50‑44 (MQ=255) cGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa < 1:3885043‑M1/50‑44 (MQ=255) cGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaatta > 1:6471871‑M1/1‑7 (MQ=255) cGCTATTacagggtctcattacaacaactgtcaacgcagtttgtaatta > 1:5362770‑M1/1‑7 (MQ=255) gCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaa < 1:6982‑M1/50‑45 (MQ=255) gCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:2361114‑M1/1‑6 (MQ=255) tATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:4486999‑M1/1‑4 (MQ=255) tATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:8598258‑M1/1‑4 (MQ=255) tATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:6695300‑M1/1‑4 (MQ=255) tATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:2338232‑M1/1‑4 (MQ=255) tATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:6426089‑M1/1‑4 (MQ=255) aTTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:5776192‑M1/1‑3 (MQ=255) aTTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:6417038‑M1/1‑3 (MQ=255) ttacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaagat < 1:7366143‑M1/50‑49 (MQ=255) ttacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaaga < 1:6299533‑M1/49‑48 (MQ=255) ttacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaag < 1:163967‑M1/48‑47 (MQ=255) tacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaagat > 1:6145471‑M1/1‑1 (MQ=255) tacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaagat > 1:3900913‑M1/1‑1 (MQ=255) tacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaagat > 1:87931‑M1/1‑1 (MQ=255) | ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGTAAAGATGAGAA > NC_000913/1388840‑1388936 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |