Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,129,397 | Δ11,591 bp | flgN–flgL | flgN, flgM, flgA, flgB, flgC, flgD, flgE, flgF, flgG, flgH, flgI, flgJ, flgK, flgL |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1129397 | 1140987 | 11591 | 108 [0] | [0] 110 | flgN–flgL | flgN,flgM,flgA,flgB,flgC,flgD,flgE,flgF,flgG,flgH,flgI,flgJ,flgK,flgL |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1129396 | 0 (0.000) | 107 (0.940) | 66/98 | 0.0 | 100% | intergenic (+22/+18) | murJ/flgN | putative lipid II flippase MurJ/flagellar biosynthesis protein FlgN |
? | NC_000913 | 1140988 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+194) | flgL/rne | flagellar hook‑filament junction protein 2/ribonuclease E |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GCATTTACCGATATGCAGGGATTGTCGCTCTTCCAGCTCAGCAAATAATTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCT > NC_000913/1140939‑1141037 | aaagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgt > 1:3862873‑M2/50‑50 (MQ=255) aaagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgt > 1:1245464‑M2/50‑50 (MQ=255) aagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgtt > 1:4520022‑M2/49‑50 (MQ=255) aagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgtt < 1:5193944‑M2/2‑1 (MQ=255) aagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgt < 1:861532‑M2/1‑1 (MQ=255) aagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgt < 1:4267394‑M2/1‑1 (MQ=255) agaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTc < 1:6533225‑M2/3‑1 (MQ=255) agaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTc < 1:4022824‑M2/3‑1 (MQ=255) agaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTc < 1:8179349‑M2/3‑1 (MQ=255) gaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCg < 1:6389338‑M2/4‑1 (MQ=255) atttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCt > 1:1002009‑M2/45‑50 (MQ=255) tttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagttTTCGCtt > 1:663970‑M2/44‑50 (MQ=255) tttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCtt > 1:4420616‑M2/44‑50 (MQ=255) ttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCtt > 1:2267446‑M2/43‑49 (MQ=255) ttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCtt > 1:3583186‑M2/43‑49 (MQ=255) tgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCttt > 1:5317428‑M2/42‑49 (MQ=255) tgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCttt < 1:1790350‑M2/8‑1 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaaa < 1:7649722‑M2/11‑1 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaa > 1:7070453‑M2/40‑49 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaa > 1:6128897‑M2/40‑49 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaa < 1:2982075‑M2/10‑1 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctacagtgTTCGCTTTaaa < 1:3850228‑M2/11‑1 (MQ=255) cgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaaaa > 1:362597‑M2/38‑49 (MQ=255) cgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAAc < 1:4397845‑M2/13‑1 (MQ=255) gccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACa > 1:4734652‑M2/37‑50 (MQ=255) ccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACat < 1:7769436‑M2/15‑1 (MQ=255) ccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACa > 1:4980910‑M2/36‑49 (MQ=255) ccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACa > 1:2397837‑M2/36‑49 (MQ=255) ggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat > 1:3501221‑M2/34‑50 (MQ=255) ggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat < 1:293000‑M2/17‑1 (MQ=255) ggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat > 1:397721‑M2/34‑50 (MQ=255) gacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat > 1:3241224‑M2/33‑49 (MQ=255) gacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat > 1:5562818‑M2/33‑49 (MQ=255) gacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATc < 1:259809‑M2/18‑1 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa > 1:4921473‑M2/32‑50 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa < 1:8315177‑M2/19‑1 (MQ=255) cggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt < 1:5315819‑M2/20‑1 (MQ=255) cggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt < 1:2170046‑M2/20‑1 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt > 1:7049221‑M2/30‑49 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt > 1:6106726‑M2/30‑49 (MQ=255) tgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGaa < 1:1149836‑M2/23‑1 (MQ=255) tgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGaa < 1:1566996‑M2/23‑1 (MQ=255) tgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGa > 1:5886541‑M2/28‑49 (MQ=255) gtaacaatgcattccggcctgcagttTTCTCTTTAAAACATATCATGaaa > 1:827073‑M2/27‑50 (MQ=255) taacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGaaa < 1:7711363‑M2/24‑1 (MQ=255) taacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAAc < 1:6646821‑M2/25‑1 (MQ=255) taacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAAc > 1:2079622‑M2/26‑50 (MQ=255) aacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACt > 1:2845360‑M2/25‑50 (MQ=255) acaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACt < 1:6390891‑M2/26‑1 (MQ=255) caatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTgg < 1:2675025‑M2/28‑1 (MQ=255) caatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTgg < 1:6491460‑M2/28‑1 (MQ=255) aatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTggg > 1:2957321‑M2/22‑50 (MQ=255) atgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTggg > 1:2014599‑M2/21‑49 (MQ=255) atgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTggg > 1:1047851‑M2/21‑49 (MQ=255) tgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTa < 1:1468565‑M2/31‑1 (MQ=255) tgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTa < 1:5567655‑M2/31‑1 (MQ=255) tgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTa < 1:3960172‑M2/31‑1 (MQ=255) tgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTa < 1:8432771‑M2/31‑1 (MQ=255) cattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTAt < 1:6555673‑M2/32‑1 (MQ=255) 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tgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGct < 1:220240‑M2/48‑1 (MQ=255) tgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGct > 1:4677196‑M2/3‑50 (MQ=255) gTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGctc > 1:7590872‑M2/2‑50 (MQ=255) ttCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGctct > 1:4190114/1‑50 (MQ=255) ttCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGctc < 1:4489843/49‑1 (MQ=255) | GCATTTACCGATATGCAGGGATTGTCGCTCTTCCAGCTCAGCAAATAATTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCT > NC_000913/1140939‑1141037 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |