| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 9 (0.080) | 143 (1.330) | 67/96 | 0.0 | 92.9% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 13 (0.120) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 2:620749/1‑50TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 1:3320048/1‑50 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 2:3737467/1‑50 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 1:3883868/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 2:5109823/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT < 1:80392/49‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTA < 2:4182301/49‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTA < 1:3722697/49‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 2:2788782/50‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 2:1576697/50‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG > 1:1870013/1‑50 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 1:2949990/50‑1 CTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGATAGGTGCCTTAGG > 2:5234040/1‑49 TGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGT > 1:3188509/1‑49 GCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAA > 2:2775472/1‑50 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAAC < 2:2618411/50‑1 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAAC < 1:2575011/50‑1 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAAC < 1:5093506/50‑1 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGT < 1:2435135/47‑1 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGT < 1:5136549/47‑1 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGT < 1:488050/47‑1 AACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACA < 1:697735/50‑1 ACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACAT < 1:2477400/50‑1 ACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACAT > 2:1685814/1‑50 CTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATT < 2:3577134/50‑1 CTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATT < 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< 2:4518404/49‑1 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCT < 1:3835540/50‑1 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCT < 1:1801891/50‑1 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGC > 2:4088797/1‑49 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGC > 2:4386105/1‑49 AGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTA < 2:4782025/50‑1 AGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTA < 1:4253945/50‑1 AGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTA < 1:807552/50‑1 AGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCT > 1:171708/1‑49 AGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCT > 2:2853872/1‑49 AGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCT > 2:75078/1‑49 GTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTA > 1:1518318/1‑49 GTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTA > 2:1063644/1‑49 TGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAA > 1:2918583/1‑50 TGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAA > 1:1569775/1‑50 GTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAT > 2:4350552/1‑50 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG < 1:4372900/50‑1 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG > 1:3549748/1‑50 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAT < 1:2641469/49‑1 TGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG > 1:1460803/1‑49 TGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG > 2:4427939/1‑49 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT > 2:1610376/1‑49 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT < 1:3069160/49‑1 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT < 1:4575800/49‑1 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGACTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT < 1:1827315/49‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAA < 2:2014251/49‑1 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAGCATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA < 2:2710153/50‑1 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA < 2:3983545/50‑1 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA < 2:859343/50‑1 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 2:1558193/1‑49 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 1:3443091/1‑49 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT < 1:2541552/50‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT < 2:1278536/50‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT > 2:4093435/1‑50 TAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT > 1:1040928/1‑50 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG > 1:2161250/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC < 1:315730/50‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC > 2:2502785/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 2:2871607/49‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 2:1769159/49‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAGCATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 2:5334702/50‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 1:3504305/50‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 1:1180681/50‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG > 1:3770397/1‑50 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 2:558566/1‑50 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 2:3426150/1‑50 AAGGAGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 2:586405/1‑50 AGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTT > 1:26461/1‑50 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 2:3044300/1‑50 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 2:1757282/50‑1 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 2:4561488/50‑1 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 2:4027410/1‑49 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 2:3238570/1‑49 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA < 1:4947658/50‑1 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA < 1:1608925/50‑1 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA < 2:482017/50‑1 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA < 2:3938539/50‑1 GCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT > 1:2275444/1‑50 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT < 1:1272167/49‑1 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT < 2:1900567/49‑1 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |