| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 9 (0.080) | 143 (1.330) | 67/96 | 0.0 | 92.9% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 13 (0.120) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTG > NC_000913/688996‑689094 | tatcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggcaggtgcc > 1:2970739‑M2/50‑50 (MQ=255) atcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt > 1:235159‑M2/49‑50 (MQ=255) tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt < 1:80392‑M2/2‑1 (MQ=255) tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt < 2:868145‑M2/2‑1 (MQ=255) gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTa < 2:4182301‑M2/4‑1 (MQ=255) gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg < 1:1226903‑M2/5‑1 (MQ=255) gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctcttagggaaggtgcCTTAg < 2:1853996‑M2/5‑1 (MQ=255) tctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg < 2:2788782‑M2/6‑1 (MQ=255) tctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg < 2:1576697‑M2/6‑1 (MQ=255) tctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg > 1:1870013‑M2/45‑50 (MQ=255) ctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttaggataggtgcCTTAgg > 2:5234040‑M2/44‑49 (MQ=255) tgcaactttattgcgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGt > 2:4376700‑M2/43‑49 (MQ=255) caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGt < 2:4476086‑M2/7‑1 (MQ=255) caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGt < 1:5136549‑M2/7‑1 (MQ=255) caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAAc < 1:2575011‑M2/10‑1 (MQ=255) caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAAc < 2:1703487‑M2/10‑1 (MQ=255) aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACa < 1:697735‑M2/11‑1 (MQ=255) aCAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACa > 1:4459304/1‑50 (MQ=38) actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt < 1:2477400‑M2/12‑1 (MQ=255) actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt < 1:3981821‑M2/12‑1 (MQ=255) ttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt > 1:68366‑M2/36‑48 (MQ=255) ttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt > 2:2765902‑M2/36‑48 (MQ=255) ttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt > 2:2364912‑M2/36‑48 (MQ=255) tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAttt < 1:4752816‑M2/14‑1 (MQ=255) tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAg > 1:2344418‑M2/35‑50 (MQ=255) tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAg > 1:3209326‑M2/35‑50 (MQ=255) attgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt > 2:4360419‑M2/34‑50 (MQ=255) ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt > 2:4321247‑M2/33‑50 (MQ=255) ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt > 2:3903703‑M2/33‑50 (MQ=255) ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt < 2:3731624‑M2/17‑1 (MQ=255) tgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt > 1:75694‑M2/32‑50 (MQ=255) tgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt > 2:4976346‑M2/32‑50 (MQ=255) gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt < 1:1259897‑M2/19‑1 (MQ=255) gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt < 1:4407350‑M2/19‑1 (MQ=255) gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg > 2:71436‑M2/31‑50 (MQ=255) gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg > 1:2103514‑M2/31‑50 (MQ=255) tgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTgg < 2:3664349‑M2/21‑1 (MQ=255) tgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg < 2:4518404‑M2/20‑1 (MQ=255) gcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc > 1:3318745‑M2/29‑50 (MQ=255) cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc > 2:4088797‑M2/28‑49 (MQ=255) cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc > 2:4386105‑M2/28‑49 (MQ=255) cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt < 1:3835540‑M2/23‑1 (MQ=255) cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt < 1:3665009‑M2/23‑1 (MQ=255) cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt < 1:1801891‑M2/23‑1 (MQ=255) cATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt > 1:1622596/1‑49 (MQ=255) agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt > 2:2853872‑M2/27‑49 (MQ=255) agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt > 2:75078‑M2/27‑49 (MQ=255) agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTa < 1:4253945‑M2/24‑1 (MQ=255) agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTa < 1:807552‑M2/24‑1 (MQ=255) gtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTa > 1:1518318‑M2/26‑49 (MQ=255) gtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTa > 2:1063644‑M2/26‑49 (MQ=255) atatCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTg < 2:3282630/45‑1 (MQ=255) tgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTaaa > 1:1569775‑M2/25‑50 (MQ=255) tgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTaaa > 1:2918583‑M2/25‑50 (MQ=255) tatCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTaaa < 2:2292456/50‑1 (MQ=255) ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAt < 1:2641469‑M2/27‑1 (MQ=255) ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg > 1:3549748‑M2/23‑50 (MQ=255) tgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg > 1:1460803‑M2/22‑49 (MQ=255) gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt < 1:4575800‑M2/29‑1 (MQ=255) gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt > 2:1610376‑M2/21‑49 (MQ=255) gtgcctgttagggaaggtgaCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt < 1:1827315‑M2/29‑1 (MQ=255) tgcctgtttgggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa < 2:4090885‑M2/30‑1 (MQ=255) tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa < 1:5087444‑M2/30‑1 (MQ=255) gggACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaa < 1:1412275/50‑1 (MQ=255) cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaaa < 2:2014251‑M2/32‑1 (MQ=255) cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg < 1:4581043‑M2/33‑1 (MQ=255) ctgttagggaaggtgcCTTAGGTAGCATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGa < 2:2710153‑M2/34‑1 (MQ=255) ctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGa < 1:1699329‑M2/34‑1 (MQ=255) tgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGa > 2:1558193‑M2/16‑49 (MQ=255) ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat < 2:1278536‑M2/37‑1 (MQ=255) ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat < 1:2541552‑M2/37‑1 (MQ=255) tagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt > 1:1040928‑M2/13‑50 (MQ=255) agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg > 1:4324946‑M2/12‑50 (MQ=255) agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg > 1:2161250‑M2/12‑50 (MQ=255) gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg < 1:3445284‑M2/39‑1 (MQ=255) gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg < 2:2871607‑M2/39‑1 (MQ=255) gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc < 1:3180482‑M2/40‑1 (MQ=255) gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc < 1:315730‑M2/40‑1 (MQ=255) gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc > 1:2709133‑M2/11‑50 (MQ=255) gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc > 2:2502785‑M2/11‑50 (MQ=255) gaaggtgcCTTAGGTAGCATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg < 2:5334702‑M2/42‑1 (MQ=255) gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg < 1:1180681‑M2/42‑1 (MQ=255) gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg > 1:3770397‑M2/9‑50 (MQ=255) aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt > 2:3426150‑M2/8‑50 (MQ=255) aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt > 2:558566‑M2/8‑50 (MQ=255) aaggagcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt > 2:586405‑M2/8‑50 (MQ=255) ggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt > 2:3044300‑M2/6‑50 (MQ=255) ccttccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt < 2:2593023/50‑1 (MQ=255) gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtttt < 2:1757282‑M2/46‑1 (MQ=255) gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt > 2:3238570‑M2/5‑49 (MQ=255) gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt > 2:4656003‑M2/5‑49 (MQ=255) gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt > 1:917226‑M2/5‑49 (MQ=255) cttccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt > 2:4225145/1‑49 (MQ=255) tgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTa < 2:482017‑M2/47‑1 (MQ=255) tgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTa < 1:4947658‑M2/47‑1 (MQ=255) tgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTa < 2:3938539‑M2/47‑1 (MQ=255) gcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt > 1:2275444‑M2/3‑50 (MQ=255) cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt < 1:4847279‑M2/49‑1 (MQ=255) cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt > 2:4011265‑M2/2‑50 (MQ=255) cttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg > 1:3808465/1‑50 (MQ=255) | GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTG > NC_000913/688996‑689094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |