| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 9 (0.080) | 143 (1.330) | 67/96 | 0.0 | 92.9% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 13 (0.120) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTC > NC_000913/687810‑687908 | ttATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 2:620749‑M1/1‑50 (MQ=255) tATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGCAGGTGCc > 1:2970739‑M1/1‑49 (MQ=255) aTCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCct > 2:584422‑M1/1‑48 (MQ=255) tCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCctt < 1:3883868‑M1/50‑4 (MQ=255) tCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCctt < 2:5109823‑M1/50‑4 (MQ=255) tCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCct < 1:80392‑M1/49‑3 (MQ=255) gTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttag < 1:1226903‑M1/50‑6 (MQ=255) gTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttag < 1:2044544‑M1/50‑6 (MQ=255) gTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCctta < 2:4182301‑M1/49‑5 (MQ=255) tCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttagg < 2:2788782‑M1/50‑7 (MQ=255) tCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttagg > 1:1870013‑M1/1‑44 (MQ=255) tGCAACTTTATTGCGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggt > 2:4376700‑M1/1‑42 (MQ=255) cAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaac < 1:1519212‑M1/50‑11 (MQ=255) cAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaac < 1:5093506‑M1/50‑11 (MQ=255) cAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaac < 2:2618411‑M1/50‑11 (MQ=255) cAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggt < 1:2435135‑M1/47‑8 (MQ=255) cAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggt < 1:488050‑M1/47‑8 (MQ=255) cAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggt < 1:1428996‑M1/47‑8 (MQ=255) aaCTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaaca < 1:697735‑M1/50‑12 (MQ=255) aCTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacat > 2:1685814‑M1/1‑38 (MQ=255) aCTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacat < 1:2477400‑M1/50‑13 (MQ=255) cTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt < 1:4197857‑M1/50‑14 (MQ=255) ttATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt > 1:4579826‑M1/1‑35 (MQ=255) ttATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt > 2:2765902‑M1/1‑35 (MQ=255) ttATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt > 2:2364912‑M1/1‑35 (MQ=255) tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttag > 1:3209326‑M1/1‑34 (MQ=255) tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttag > 1:2344418‑M1/1‑34 (MQ=255) tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacattt < 1:4758676‑M1/48‑15 (MQ=255) tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacattt < 1:4752816‑M1/48‑15 (MQ=255) tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGaa < 2:2239790/48‑1 (MQ=255) aTTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagt > 2:4360419‑M1/1‑33 (MQ=255) aTTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagt > 2:5248971‑M1/1‑33 (MQ=255) ttGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtt > 2:3903703‑M1/1‑32 (MQ=255) ttGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtt > 2:4321247‑M1/1‑32 (MQ=255) ttGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagt < 2:3731624‑M1/49‑18 (MQ=255) ttGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAAtt < 2:4489585/49‑1 (MQ=255) tgtgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagttt > 2:4976346‑M1/1‑31 (MQ=255) gtgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttg > 2:71436‑M1/1‑30 (MQ=255) gtgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagttt < 1:1259897‑M1/49‑20 (MQ=255) gtgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagttt < 1:4407350‑M1/49‑20 (MQ=255) tgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttgg < 2:3664349‑M1/50‑22 (MQ=255) tgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttg < 2:4518404‑M1/49‑21 (MQ=255) tgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagttgg < 2:2843173‑M1/49‑21 (MQ=255) tgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAAttctt < 1:4120429/49‑1 (MQ=255) gCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggc > 1:3318745‑M1/1‑28 (MQ=255) cAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggct < 1:1801891‑M1/50‑24 (MQ=255) cAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggct < 1:3835540‑M1/50‑24 (MQ=255) cAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggct < 1:3665009‑M1/50‑24 (MQ=255) aGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggcta < 2:4782025‑M1/50‑25 (MQ=255) gtgtTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggcta > 2:1063644‑M1/1‑25 (MQ=255) tgttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaa > 1:2627010‑M1/1‑24 (MQ=255) tgttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaa > 1:2918583‑M1/1‑24 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg < 1:1818685‑M1/50‑29 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg > 1:3549748‑M1/1‑22 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaat < 1:4486074‑M1/49‑28 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaat < 1:2641469‑M1/49‑28 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCt < 2:1674566/49‑1 (MQ=255) tgtgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg > 1:1460803‑M1/1‑21 (MQ=255) tgtgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg > 2:4427939‑M1/1‑21 (MQ=255) gtgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgt < 1:3069160‑M1/49‑30 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |