| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1040501 | 9 (0.080) | 113 (1.050) | 59/96 | 0.1 | 93.5% | coding (57/93 nt) | appX | small protein AppX |
| ? | NC_000913 | 1114265 = | 7 (0.070) | coding (1226/1227 nt) | mdtG | efflux pump MdtG | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1040452‑1040501‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATG > NC_000913/1114265‑1114310 ATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT > 2:2024894/1‑50ATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT > 1:4386004/1‑50 TTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT < 1:4132060/49‑1 TTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT > 2:1005336/1‑49 TTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT < 1:5174737/49‑1 ACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGT > 2:4719019/1‑50 ACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGT > 1:1215211/1‑50 ACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAG < 1:969485/49‑1 CTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTT > 2:3178124/1‑50 CTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTT < 2:2651713/50‑1 TTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTC > 1:5054310/1‑50 TGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGA > 1:5160248/1‑50 TGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGA > 2:1256356/1‑50 TGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCG < 2:4365653/49‑1 TGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCG < 2:2597071/49‑1 TGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTC < 2:3124993/48‑1 GGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGA > 2:3127597/1‑49 GGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGA > 2:2458199/1‑49 GTTCGTCGGCATTTTGTTGTTGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATA < 1:1947597/50‑1 GTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATA < 1:4507612/50‑1 TTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATAC < 2:1511104/50‑1 TTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATAC > 1:335656/1‑50 TTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATAC > 2:2436317/1‑50 TCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACC > 1:4769907/1‑50 TCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACC > 1:1079695/1‑50 CGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACC < 1:364433/49‑1 GTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTG < 1:1542511/50‑1 GTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTG > 2:5305736/1‑50 TCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGG > 2:1145546/1‑50 TCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGG < 1:4922657/50‑1 TCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGG > 2:5375323/1‑50 CGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGG > 1:3887443/1‑50 CGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGG > 1:3921721/1‑50 GGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGG < 2:2057531/49‑1 GCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGT < 2:207030/50‑1 CATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTA < 1:288113/50‑1 CATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTA < 1:4645915/50‑1 ATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTAT > 2:716718/1‑50 ATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTAT > 1:3646812/1‑50 ATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTAT > 1:1090554/1‑50 ATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTAT > 1:3226913/1‑50 ATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAATTCGATACCTGGGGTAT < 1:3339663/50‑1 TTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATT < 1:5312964/50‑1 TTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATT > 1:1462574/1‑50 TTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTC > 1:473130/1‑50 TTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTC < 1:2449152/49‑1 TTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTC < 2:1360148/49‑1 TTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTC < 1:2855208/49‑1 TTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTC < 1:2122280/49‑1 TGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGA > 2:1506774/1‑50 TGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGA > 1:4911611/1‑50 TGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCG < 1:1696033/49‑1 TGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCG < 1:2742418/49‑1 TGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCG < 2:4441693/49‑1 GTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGAC > 2:3724725/1‑50 GTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGAC > 2:584268/1‑50 GTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGA < 1:1573661/49‑1 TTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGAC < 2:3708921/49‑1 TTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGAC < 1:1923869/49‑1 TTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGAC < 2:4190934/49‑1 TTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTCCAGTTCGATACCTGGGGTCTTCGAC > 1:3266747/1‑49 GATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGAC > 2:2020964/1‑50 GATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGAC > 2:208934/1‑50 ATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGGCGAC < 1:1443454/49‑1 ATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGAC < 1:2465/49‑1 ATGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGAC < 1:1887024/49‑1 TGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCTATTCCTGTGGTATTCGACGACta > 2:4460278/1‑48 TGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGA > 1:28280/1‑50 TGTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGA < 2:3983618/50‑1 GTGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGAC > 2:3568237/1‑50 TGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGAC < 2:5271814/49‑1 TGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGAC < 2:3453524/49‑1 TGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGAC < 1:1263280/49‑1 TGTTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGAC < 1:3613254/49‑1 TTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACG > 1:5341024/1‑48 TTCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACG > 1:4017464/1‑48 TCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACG > 1:453701/1‑47 TCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACG > 2:2824029/1‑47 TCGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACG > 1:250274/1‑47 CGCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGA > 1:3027939/1‑50 GCTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGA < 1:1714802/49‑1 CTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGGCGACGACGTAGACT < 2:5101001/50‑1 CTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACT < 1:4559914/50‑1 CTCTCCACCCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACT < 2:4188188/50‑1 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2:4123002/1‑49 CCTTCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCAT > 1:4488672/1‑49 ATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1040452‑1040501‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATG > NC_000913/1114265‑1114310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |