| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1040501 | 9 (0.080) | 113 (1.050) | 59/96 | 0.1 | 93.5% | coding (57/93 nt) | appX | small protein AppX |
| ? | NC_000913 | 1114265 = | 7 (0.070) | coding (1226/1227 nt) | mdtG | efflux pump MdtG | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAG > NC_000913/1040452‑1040546 | aTTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT > 1:4386004‑M1/1‑50 (MQ=255)aTTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT > 2:2024894‑M1/1‑50 (MQ=255) tttACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTc < 1:1454581‑M1/50‑2 (MQ=255) tttACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT < 1:5174737‑M1/49‑1 (MQ=255) tttACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT > 1:708878‑M1/1‑49 (MQ=255) tttACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT < 1:4132060‑M1/49‑1 (MQ=255) tttACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT > 2:1005336‑M1/1‑49 (MQ=255) tttACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTT > 1:4686403‑M1/1‑49 (MQ=255) ttACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTtgt > 1:2953177/1‑50 (MQ=255) aCTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagt > 2:2654570‑M1/1‑46 (MQ=255) aCTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagt > 2:4719019‑M1/1‑46 (MQ=255) aCTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagt > 1:1215211‑M1/1‑46 (MQ=255) cTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagtt > 2:3178124‑M1/1‑45 (MQ=255) tttGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttc > 1:5054310‑M1/1‑44 (MQ=255) tttGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTg > 1:2860890/1‑50 (MQ=255) tGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcga > 1:5160248‑M1/1‑42 (MQ=255) tGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcg < 2:4365653‑M1/49‑8 (MQ=255) tGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcg < 2:2597071‑M1/49‑8 (MQ=255) tGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttc < 2:3124993‑M1/48‑7 (MQ=255) tGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTgg > 1:2141952/1‑49 (MQ=255) ggTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcga > 2:2458199‑M1/1‑41 (MQ=255) gTTCGTCGGCATTTTGTTGTTGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgata < 1:1947597‑M1/50‑11 (MQ=255) gTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgata < 1:173657‑M1/50‑11 (MQ=255) gTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgata < 1:4507612‑M1/50‑11 (MQ=255) ttCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatac > 1:335656‑M1/1‑39 (MQ=255) tcgtcgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacc > 1:1079695‑M1/1‑38 (MQ=255) cgtcgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacc < 1:364433‑M1/49‑13 (MQ=255) gtcgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctg < 1:1542511‑M1/50‑15 (MQ=255) gtcgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCt > 1:4639132/1‑50 (MQ=255) tcgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctgg > 2:1145546‑M1/1‑35 (MQ=255) tcgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctgg > 2:1184901‑M1/1‑35 (MQ=255) tcgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctgg < 1:2666323‑M1/50‑16 (MQ=255) tcgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctgg < 1:4922657‑M1/50‑16 (MQ=255) tcgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctgg > 2:5375323‑M1/1‑35 (MQ=255) cgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggg > 1:3887443‑M1/1‑34 (MQ=255) cgGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggg > 1:3921721‑M1/1‑34 (MQ=255) gCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggt < 2:207030‑M1/50‑19 (MQ=255) cATTTTGTTGATGTGTTTGCTCTCCACCCTTcagttcgatacttggggta > 2:1795823‑M1/1‑31 (MQ=255) cATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggta < 1:288113‑M1/50‑20 (MQ=255) cATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggta < 1:4645915‑M1/50‑20 (MQ=255) aTTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtat > 2:4035679‑M1/1‑30 (MQ=255) aTTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtat > 2:716718‑M1/1‑30 (MQ=255) aTTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtat > 1:1090554‑M1/1‑30 (MQ=255) aTTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtat < 1:2030723‑M1/50‑21 (MQ=255) aTTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcaattcgatacctggggtat < 1:3339663‑M1/50‑21 (MQ=255) ttttGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtatt > 1:1462574‑M1/1‑29 (MQ=255) ttttGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtatt < 1:5312964‑M1/50‑22 (MQ=255) tttGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattc > 1:473130‑M1/1‑28 (MQ=255) ttgttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattc < 1:2855208‑M1/49‑23 (MQ=255) ttgttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattc < 2:1360148‑M1/49‑23 (MQ=255) ttgttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattc < 1:2449152‑M1/49‑23 (MQ=255) ttgttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattc < 1:2122280‑M1/49‑23 (MQ=255) tgttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcga > 1:4911611‑M1/1‑26 (MQ=255) tgttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcga > 2:1506774‑M1/1‑26 (MQ=255) tgttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcg < 1:1696033‑M1/49‑24 (MQ=255) gttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgac > 2:584268‑M1/1‑25 (MQ=255) gttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgac > 2:3724725‑M1/1‑25 (MQ=255) ttgATGTGTTCGCTCTCCTCCCTTcagttcgatacctggggtattcgacg < 1:3495360‑M1/50‑27 (MQ=255) ttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgac < 1:1923869‑M1/49‑26 (MQ=255) ttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgac < 2:3708921‑M1/49‑26 (MQ=255) ttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgac < 2:4190934‑M1/49‑26 (MQ=255) ttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTc < 1:4421942/49‑1 (MQ=255) ttgATGTGTTCGCTCTCCACCCTCcagttcgatacctggggtcttcgac > 1:3266747‑M1/1‑24 (MQ=255) gATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgac > 2:2020964‑M1/1‑22 (MQ=255) gATGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgac > 2:208934‑M1/1‑22 (MQ=255) aTGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacg < 2:2097808‑M1/50‑30 (MQ=255) aTGTGTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgac < 1:1887024‑M1/49‑29 (MQ=255) aTGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGa < 2:2558109/49‑1 (MQ=255) tgtgTTCGCTCTCCACCCTTcagttctattcctgtggtattcgacgacta > 2:4460278‑M1/1‑20 (MQ=255) tgtgTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacga > 1:28280‑M1/1‑20 (MQ=255) tgtgTTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacga < 2:3983618‑M1/50‑31 (MQ=255) tgtTCGCTCTCCGCCCTTGTGTTGGTATGGCTGGGCCCGCGTCTGAAAAg < 1:4372750/50‑1 (MQ=255) tgtTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacg > 2:3252632‑M1/1‑18 (MQ=255) tgtTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgac < 1:1263280‑M1/49‑32 (MQ=255) tgtTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgac < 1:3613254‑M1/49‑32 (MQ=255) tgtTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgac < 2:3453524‑M1/49‑32 (MQ=255) tgtTCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgac < 2:5271814‑M1/49‑32 (MQ=255) tCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacg > 2:2824029‑M1/1‑15 (MQ=255) tCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacg > 1:250274‑M1/1‑15 (MQ=255) tCGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacg > 1:453701‑M1/1‑15 (MQ=255) cGCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtaga > 1:3027939‑M1/1‑14 (MQ=255) gCTCTCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtaga < 1:1714802‑M1/49‑37 (MQ=255) ctctCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcggcgacgacgtagact < 2:5101001‑M1/50‑39 (MQ=255) ctctCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagact < 1:3008835‑M1/50‑39 (MQ=255) ctctCCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagact < 2:4188188‑M1/50‑39 (MQ=255) tctcCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactg > 2:2796503‑M1/1‑11 (MQ=255) tctcCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactg > 1:2520210‑M1/1‑11 (MQ=255) tctcCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactg > 2:1373059‑M1/1‑11 (MQ=255) ctcCACCCTTcatttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactgt > 1:3602103‑M1/1‑10 (MQ=255) ctcCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactgt > 1:3873615‑M1/1‑10 (MQ=255) tcCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactgtt > 2:1009506‑M1/1‑9 (MQ=255) tcCACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactg < 2:2362501‑M1/48‑40 (MQ=255) cACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactgttc > 2:4631822‑M1/1‑7 (MQ=255) cACCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactgttc > 2:5170795‑M1/1‑7 (MQ=255) cACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTaacgaa < 1:5234236/47‑1 (MQ=255) aCCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactgttcca < 1:68062‑M1/50‑45 (MQ=255) aCCCTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactgttcca < 1:742404‑M1/50‑45 (MQ=255) cccTTcagttcgattcctggggtattcgacgacgacgtagactgttccat < 1:1936633‑M1/50‑46 (MQ=255) cccTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactgttccat < 2:4447920‑M1/50‑46 (MQ=255) ccTTcagttcgatacctggggtattcgacgacgacgtagactgttccat > 1:4488672‑M1/1‑4 (MQ=255) | ATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCCGCGTCTGAAAAGTTAACGAACGTAG > NC_000913/1040452‑1040546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |