| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1040501 | 9 (0.080) | 113 (1.050) | 59/96 | 0.1 | 93.5% | coding (57/93 nt) | appX | small protein AppX |
| ? | NC_000913 | 1114265 = | 7 (0.070) | coding (1226/1227 nt) | mdtG | efflux pump MdtG | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AAGGATAGCTGATTCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGAAT > NC_000913/1114219‑1114313 | actttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAg < 1:969485‑M2/3‑1 (MQ=255)actttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGt > 1:1215211‑M2/47‑50 (MQ=255)actttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGt > 2:2654570‑M2/47‑50 (MQ=255) ctttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGtt < 2:2651713‑M2/5‑1 (MQ=255) tttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc > 1:5054310‑M2/45‑50 (MQ=255) ggATAGCTGATTCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTc < 2:2815816/50‑1 (MQ=255) tggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc < 2:3124993‑M2/6‑1 (MQ=255) tggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCg < 2:2597071‑M2/7‑1 (MQ=255) tggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCg < 2:4365653‑M2/7‑1 (MQ=255) tggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa > 1:5160248‑M2/43‑50 (MQ=255) aTAGCTGATTCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGa > 2:2704047/1‑50 (MQ=255) tAGCTGATTCTCCGCGTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGAt < 2:1760152/50‑1 (MQ=255) ggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa > 2:3127597‑M2/42‑49 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:173657‑M2/10‑1 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:4507612‑M2/10‑1 (MQ=255) ttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc > 1:335656‑M2/40‑50 (MQ=255) ttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc > 2:2436317‑M2/40‑50 (MQ=255) ttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc < 2:1511104‑M2/11‑1 (MQ=255) tcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAcc > 1:1079695‑M2/39‑50 (MQ=255) tcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAcc > 1:4769907‑M2/39‑50 (MQ=255) cgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAcc < 1:364433‑M2/12‑1 (MQ=255) cgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAcc < 1:514402‑M2/12‑1 (MQ=255) gtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTg > 2:5305736‑M2/37‑50 (MQ=255) gtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTg < 1:1542511‑M2/14‑1 (MQ=255) tcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg < 1:2666323‑M2/15‑1 (MQ=255) tcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg < 1:4922657‑M2/15‑1 (MQ=255) tcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg > 2:5375323‑M2/36‑50 (MQ=255) tcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg > 2:1145546‑M2/36‑50 (MQ=255) tcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg > 2:1184901‑M2/36‑50 (MQ=255) cggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTggg > 1:3887443‑M2/35‑50 (MQ=255) cggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTggg > 1:3921721‑M2/35‑50 (MQ=255) ggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTggg < 2:2057531‑M2/16‑1 (MQ=255) gcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGt < 2:207030‑M2/18‑1 (MQ=255) cattttgttgatgtgtttgctctccacccttCAGTTCGATACTTGGGGTa > 2:1795823‑M2/32‑50 (MQ=255) cattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa < 1:288113‑M2/19‑1 (MQ=255) cattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa < 1:4645915‑M2/19‑1 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt > 2:4035679‑M2/31‑50 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt > 2:716718‑M2/31‑50 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt > 1:1090554‑M2/31‑50 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt < 1:2030723‑M2/20‑1 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt > 1:3226913‑M2/31‑50 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAATTCGATACCTGGGGTAt < 1:3339663‑M2/20‑1 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt > 1:1462574‑M2/30‑50 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt < 1:5312964‑M2/21‑1 (MQ=255) ttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTc < 1:2122280‑M2/22‑1 (MQ=255) ttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTc < 1:2855208‑M2/22‑1 (MQ=255) ttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTc < 2:1360148‑M2/22‑1 (MQ=255) tgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcga > 1:4911611‑M2/27‑50 (MQ=255) tgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcga > 2:1506774‑M2/27‑50 (MQ=255) tgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcg < 2:4441693‑M2/23‑1 (MQ=255) gttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgac > 2:584268‑M2/26‑50 (MQ=255) gttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcga < 1:1573661‑M2/24‑1 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgac < 2:3708921‑M2/25‑1 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgac < 1:1923869‑M2/25‑1 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccaccctcCAGTTCGATACCTGGGGTCTTcgac > 1:3266747‑M2/25‑49 (MQ=255) gatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac > 2:2020964‑M2/23‑50 (MQ=255) gatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac > 2:208934‑M2/23‑50 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcggcgac < 1:1443454‑M2/28‑1 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacg < 2:2097808‑M2/29‑1 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac < 1:1887024‑M2/28‑1 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac < 1:2465‑M2/28‑1 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCTATTCCTGTGGTAttcgacgacta > 2:4460278‑M2/21‑48 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga < 2:3983618‑M2/30‑1 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga > 1:28280‑M2/21‑50 (MQ=255) gtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac > 2:3568237‑M2/20‑50 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac < 2:3453524‑M2/31‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac < 1:3613254‑M2/31‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac < 1:1263280‑M2/31‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 2:3252632‑M2/19‑50 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:4017464‑M2/17‑48 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:5341024‑M2/17‑48 (MQ=255) tcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:453701‑M2/16‑47 (MQ=255) tcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:250274‑M2/16‑47 (MQ=255) tcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 2:2824029‑M2/16‑47 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGa < 1:4445075‑M2/36‑1 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGa < 1:1714802‑M2/36‑1 (MQ=255) ctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGGCGACGACGTAGACt < 2:5101001‑M2/38‑1 (MQ=255) ctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACt < 1:4559914‑M2/38‑1 (MQ=255) ctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACt < 2:4188188‑M2/38‑1 (MQ=255) ctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACt < 1:3008835‑M2/38‑1 (MQ=255) aaGGCGAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACt < 2:4845080/50‑1 (MQ=255) tctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTg > 2:1373059‑M2/12‑50 (MQ=255) tctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTg > 1:2520210‑M2/12‑50 (MQ=255) ctccacccttCATTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGt > 1:3602103‑M2/11‑50 (MQ=255) ctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGt > 2:4994245‑M2/11‑50 (MQ=255) ctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGt > 1:3873615‑M2/11‑50 (MQ=255) ctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGt > 1:3556232‑M2/11‑50 (MQ=255) tccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTg < 2:2362501‑M2/39‑1 (MQ=255) tccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGtt > 2:1009506‑M2/10‑50 (MQ=255) gAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTc > 1:1511658/1‑49 (MQ=255) cacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTc > 2:4631822‑M2/8‑49 (MQ=255) cacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTc > 2:5170795‑M2/8‑49 (MQ=255) acccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCa < 1:68062‑M2/44‑1 (MQ=255) cccttCAGTTCGATTCCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCAt < 1:1936633‑M2/45‑1 (MQ=255) cccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCAt < 2:4447920‑M2/45‑1 (MQ=255) cccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCAt < 1:2944144‑M2/45‑1 (MQ=255) ccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCAt > 2:4123002‑M2/5‑49 (MQ=255) ccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATg < 1:1948886‑M2/46‑1 (MQ=255) cAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGAAt < 2:2901489/49‑1 (MQ=255) cAGTTAGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGAAt < 1:2259132/49‑1 (MQ=255) | AAGGATAGCTGATTCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGAAT > NC_000913/1114219‑1114313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |