| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1388888 | 13 (0.120) | 112 (1.040) | 67/96 | 0.0 | 91.5% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
| ? | NC_000913 | 1398623 = | 8 (0.070) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGTAAAGATGAGAAC > NC_000913/1388840‑1388937 | aCGTCACTCCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa < 1:2931798‑M1/50‑2 (MQ=255)aCGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa < 2:1625840‑M1/50‑2 (MQ=255)aCGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa < 1:2349612‑M1/50‑2 (MQ=255)aCGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa < 1:1730691‑M1/50‑2 (MQ=255) cGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTac < 1:3339840‑M1/50‑3 (MQ=255) tCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacag < 2:3427652‑M1/50‑5 (MQ=255) tCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacag < 1:3789046‑M1/50‑5 (MQ=255) cacaCCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagg > 2:51479‑M1/1‑45 (MQ=255) cacaCCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagg > 1:5133104‑M1/1‑45 (MQ=255) cacaCCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagg > 2:1467282‑M1/1‑45 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg > 1:726459‑M1/1‑44 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg < 2:3084825‑M1/50‑7 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagg < 1:886002‑M1/49‑6 (MQ=255) cacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggt > 2:4518552‑M1/1‑43 (MQ=255) cacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggt < 1:355950‑M1/50‑8 (MQ=255) cacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggt > 1:2744505‑M1/1‑43 (MQ=255) acCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtc < 2:3132383‑M1/50‑9 (MQ=255) acCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtc > 1:3424837‑M1/1‑42 (MQ=255) ccTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtct > 1:4246035‑M1/1‑41 (MQ=255) ccTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtct > 1:4535900‑M1/1‑41 (MQ=255) ccTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTTGCGCTTaa < 1:5213010/50‑1 (MQ=255) cTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctc > 2:1576749‑M1/1‑40 (MQ=255) tAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctcc > 1:2005676‑M1/1‑39 (MQ=255) 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1:741215‑M1/50‑28 (MQ=255) tCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaa < 1:685519‑M1/50‑28 (MQ=255) tCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtca < 1:983188‑M1/49‑27 (MQ=255) tCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtca < 2:1561209‑M1/49‑27 (MQ=255) tCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtca < 2:2153826‑M1/49‑27 (MQ=255) tCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtca < 1:1175249‑M1/49‑27 (MQ=255) tCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtca < 1:2036518‑M1/49‑27 (MQ=255) tCAATAACACAGCAAACGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGac < 1:2513420/50‑1 (MQ=255) aaTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 2:553081‑M1/1‑21 (MQ=255) aaTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaac < 1:3311011‑M1/49‑29 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 1:779371‑M1/1‑20 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 1:4495504‑M1/1‑20 (MQ=255) aTAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 1:4406518‑M1/1‑20 (MQ=255) tAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 1:5363136‑M1/1‑19 (MQ=255) tAACACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacg > 1:4998101‑M1/1‑19 (MQ=255) tAACACAGCAAACGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGacaaca < 2:5156692/50‑1 (MQ=255) aaCACAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcag > 2:3941137‑M1/1‑18 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagt > 2:1766526‑M1/1‑17 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagt < 1:3760240‑M1/50‑34 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagt > 2:5280805‑M1/1‑17 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcag < 1:1418768‑M1/49‑33 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcag < 1:2045983‑M1/49‑33 (MQ=255) acacAGCAAACGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAg > 1:1552825/1‑50 (MQ=255) cacaGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtt < 2:136098‑M1/50‑35 (MQ=255) acaGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagttt < 1:959520‑M1/50‑36 (MQ=255) acaGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagttt < 1:113846‑M1/50‑36 (MQ=255) caGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttg < 1:3235958‑M1/50‑37 (MQ=255) caGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttg > 1:1800045‑M1/1‑14 (MQ=255) aGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgt < 1:1916298‑M1/50‑38 (MQ=255) aGCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttg > 1:3913409‑M1/1‑13 (MQ=255) aGCAAACGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGt < 2:3289606/50‑1 (MQ=255) gCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgta < 2:3217604‑M1/50‑39 (MQ=255) gCAAACGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgta < 1:4793350‑M1/50‑39 (MQ=255) cAAACCCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaa > 2:2057862‑M1/1‑11 (MQ=255) aaaCGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaat > 2:2682638‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaCGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGTa > 1:1190388/1‑48 (MQ=255) agcgcTATTacagggtctccttacgacaactgtcaacgcggtttgtaatt < 1:1830101‑M1/48‑42 (MQ=255) aaCGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaatt < 2:1920991‑M1/50‑42 (MQ=255) aaCGCTATTacagggtctccttacaacaactgccaacgcagtttgtaat > 2:5018283‑M1/1‑9 (MQ=255) aaCGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGTa > 1:3280107/1‑47 (MQ=255) aCGCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaatt > 2:4319452‑M1/1‑8 (MQ=255) gCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaa < 1:1181687‑M1/50‑45 (MQ=255) gCTATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 2:1126486‑M1/1‑6 (MQ=255) cTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGTAAAGATga < 1:1606955/50‑1 (MQ=255) tATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:504442‑M1/1‑4 (MQ=255) tATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:2252226‑M1/1‑4 (MQ=255) tATTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 1:3645556‑M1/1‑4 (MQ=255) tATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGTAAAGAt > 2:2166308/1‑47 (MQ=255) aTTacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaa > 2:3840610‑M1/1‑3 (MQ=255) ttacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaagat > 2:1375879‑M1/1‑2 (MQ=255) ttacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaagat < 2:1183803‑M1/50‑49 (MQ=255) ttacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaag < 1:2899797‑M1/48‑47 (MQ=255) tacagggtctccttacaacaactgtcaacgcagtttgtaattaaaagatt < 2:1444815‑M1/50‑50 (MQ=255) | ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGTAAAGATGAGAAC > NC_000913/1388840‑1388937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |