| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1388888 | 13 (0.120) | 112 (1.040) | 67/96 | 0.0 | 91.5% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
| ? | NC_000913 | 1398623 = | 8 (0.070) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CGTCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398574‑1398671 | acgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta < 2:1625840‑M2/1‑1 (MQ=255)acgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta < 2:1454199‑M2/1‑1 (MQ=255) cgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 1:4189274‑M2/49‑49 (MQ=255) cgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattAc < 1:3339840‑M2/2‑1 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg < 1:3789046‑M2/4‑1 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg < 2:3427652‑M2/4‑1 (MQ=255) ccTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAg > 2:3481087/1‑50 (MQ=255) cacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAgg > 2:51479‑M2/46‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAggg > 1:726459‑M2/45‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAgg < 1:886002‑M2/5‑1 (MQ=255) cacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGt > 2:4518552‑M2/44‑50 (MQ=255) cacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGt < 1:355950‑M2/7‑1 (MQ=255) cacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGt > 1:2744505‑M2/44‑50 (MQ=255) acctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtc > 1:3424837‑M2/43‑50 (MQ=255) acctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtc < 2:3132383‑M2/8‑1 (MQ=255) cctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtct > 1:4246035‑M2/42‑50 (MQ=255) cctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtct > 1:3228592‑M2/42‑50 (MQ=255) cctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtct < 1:5088619‑M2/9‑1 (MQ=255) cctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtct > 1:4535900‑M2/42‑50 (MQ=255) ctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtctc > 2:1576749‑M2/41‑50 (MQ=255) agtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:2472015‑M2/39‑50 (MQ=255) agtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:1883895‑M2/39‑50 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc < 1:4604100‑M2/11‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCtt < 2:3779299‑M2/13‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 2:1609861‑M2/38‑49 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 2:5353900‑M2/38‑49 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt < 2:1713292‑M2/12‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:1555338‑M2/38‑49 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt < 2:2356426‑M2/12‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:128796‑M2/38‑49 (MQ=255) tttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTa < 2:4896297‑M2/14‑1 (MQ=255) aTCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTa < 1:3405554/50‑1 (MQ=255) ttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTa > 1:3787847‑M2/36‑49 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac > 1:3477862‑M2/35‑49 (MQ=255) atgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTaca < 2:3561302‑M2/16‑1 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaac < 1:3386165‑M2/18‑1 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 1:5193776‑M2/33‑49 (MQ=255) ctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTAcaacaa < 2:455388‑M2/20‑1 (MQ=255) aactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt > 1:5145440‑M2/29‑50 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACaacaac < 1:3171984‑M2/21‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt < 2:2431012‑M2/22‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt < 2:1258756‑M2/22‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt < 1:1612147‑M2/22‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTg > 1:4874636‑M2/28‑50 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTg < 1:1718032‑M2/23‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTg < 1:3337193‑M2/23‑1 (MQ=255) ctgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGt > 1:349211‑M2/27‑50 (MQ=255) gtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTc > 1:264776‑M2/25‑49 (MQ=255) tcaataacacagcatacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCaa < 2:1934461‑M2/27‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCaa < 1:741215‑M2/27‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCaa < 1:685519‑M2/27‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 2:1561209‑M2/26‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 1:983188‑M2/26‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 2:2153826‑M2/26‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 1:1175249‑M2/26‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 1:2036518‑M2/26‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 2:553081‑M2/22‑50 (MQ=255) ataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:779371‑M2/21‑49 (MQ=255) ataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:4495504‑M2/21‑49 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:5363136‑M2/20‑48 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:4998101‑M2/20‑48 (MQ=255) aacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg > 1:206364‑M2/19‑50 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg < 1:1418768‑M2/32‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg < 1:2045983‑M2/32‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt > 2:5280805‑M2/18‑50 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt < 1:3760240‑M2/33‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt > 2:1766526‑M2/18‑50 (MQ=255) cacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGtt < 2:136098‑M2/34‑1 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt < 1:113846‑M2/35‑1 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt < 1:959520‑M2/35‑1 (MQ=255) aaagcaaacgctattACAGGGTCTCGTTACAACAACTGTCAACGCAGttt < 2:3183736‑M2/35‑1 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg > 1:1800045‑M2/15‑50 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg < 1:3235958‑M2/36‑1 (MQ=255) agcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg > 1:3913409‑M2/14‑49 (MQ=255) agcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt < 1:37816‑M2/37‑1 (MQ=255) agcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt < 1:1916298‑M2/37‑1 (MQ=255) gcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTa < 1:4793350‑M2/38‑1 (MQ=255) gcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTa < 2:3217604‑M2/38‑1 (MQ=255) aaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt > 2:2682638‑M2/11‑50 (MQ=255) aCATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCATTTTGTAAt > 1:410451/1‑50 (MQ=255) agcgctattACAGGGTCTCCTTACGACAACTGTCAACGCGGTTTGTAAtt < 1:1830101‑M2/41‑1 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt < 2:1920991‑M2/41‑1 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGCCAACGCAGTTTGTAAt > 2:5018283‑M2/10‑49 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt > 2:4319452‑M2/9‑49 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTa < 2:5205581‑M2/42‑1 (MQ=255) tAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa < 2:2492966/50‑1 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaaa < 1:1181687‑M2/44‑1 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 2:1126486‑M2/7‑49 (MQ=255) tattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:2252226‑M2/5‑47 (MQ=255) tattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:3645556‑M2/5‑47 (MQ=255) tattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:504442‑M2/5‑47 (MQ=255) attACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 2:4515971‑M2/4‑46 (MQ=255) attACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 2:3840610‑M2/4‑46 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAg < 1:2899797‑M2/46‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt > 2:1375879‑M2/3‑50 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt < 2:1183803‑M2/48‑1 (MQ=255) aTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAGCGCAGTTTGTAATTAAAAGAt < 2:4993229/50‑1 (MQ=255) tACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAtt < 2:1444815‑M2/49‑1 (MQ=255) aCAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAtt < 1:1590980/49‑1 (MQ=255) aCAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAtt > 1:3189062/1‑49 (MQ=255) | CGTCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398574‑1398671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |