| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3651292 | 11 (0.100) | 109 (1.040) | 64/94 | 0.0 | 91.8% | pseudogene (2/746 nt) | yhiS | putative uncharacterized protein YhiS |
| ? | NC_000913 | 3653715 = | 9 (0.090) | intergenic (+2/‑246) | yhiS/slp | putative uncharacterized protein YhiS/starvation lipoprotein | |||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTA > NC_000913/3653666‑3653763 | ccaatttaaacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttata > 1:3206347‑M2/50‑50 (MQ=255) caatttaaacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttata < 1:2615876‑M2/1‑1 (MQ=255) aatttaaacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatAtt < 1:4206250‑M2/3‑1 (MQ=255) atttaaacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatAtt > 1:2209835‑M2/47‑49 (MQ=255) tttaaacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGa > 1:3286439‑M2/46‑50 (MQ=255) tttaaacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGa < 1:5065651‑M2/5‑1 (MQ=255) taaacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGat < 2:4723701‑M2/6‑1 (MQ=255) taaacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGat < 1:4679176‑M2/6‑1 (MQ=255) taaacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGat > 2:3894618‑M2/44‑49 (MQ=255) gAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGatta < 1:142564/50‑1 (MQ=255) aacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGatta < 2:3196585‑M2/8‑1 (MQ=255) aacatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGatta < 1:1560548‑M2/8‑1 (MQ=255) acatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGattatt < 2:1697702‑M2/10‑1 (MQ=255) acatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGattat > 2:2526947‑M2/41‑49 (MQ=255) acatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGattat > 1:947924‑M2/41‑49 (MQ=255) acatcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGattat > 2:4211825‑M2/41‑49 (MQ=255) catcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGAttatta < 1:3391953‑M2/11‑1 (MQ=255) catcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGAttatta < 2:2781794‑M2/11‑1 (MQ=255) atcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAg < 2:2832834‑M2/12‑1 (MQ=255) atcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAg < 1:535808‑M2/12‑1 (MQ=255) atcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAg > 1:2154598‑M2/39‑50 (MQ=255) tcttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAg > 2:2807453‑M2/38‑49 (MQ=255) cttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCa > 1:458762‑M2/37‑50 (MQ=255) ttagcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCAc > 2:5145144‑M2/36‑50 (MQ=255) cTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCAc > 1:1402739/1‑50 (MQ=255) agcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCa < 1:5139711‑M2/14‑1 (MQ=255) agcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCa < 1:2001657‑M2/14‑1 (MQ=255) agcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCAc < 1:2548320‑M2/15‑1 (MQ=255) agcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACt < 1:1342483‑M2/16‑1 (MQ=255) agcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACt < 2:1535671‑M2/16‑1 (MQ=255) agcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACt < 1:400948‑M2/16‑1 (MQ=255) gcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCGCtt < 1:4207869‑M2/17‑1 (MQ=255) gcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACttt < 1:740486‑M2/18‑1 (MQ=255) gcataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACtt < 1:2496595‑M2/17‑1 (MQ=255) cataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTta < 2:1912743‑M2/19‑1 (MQ=255) cataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTta > 1:497707‑M2/32‑50 (MQ=255) ataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTtat < 2:1445248‑M2/20‑1 (MQ=255) ataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTtat < 1:4401819‑M2/20‑1 (MQ=255) ataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTta > 2:5356561‑M2/31‑49 (MQ=255) ataaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTta > 1:2933990‑M2/31‑49 (MQ=255) taaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTtata < 1:3126158‑M2/21‑1 (MQ=255) taaaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTtata < 2:3799902‑M2/21‑1 (MQ=255) aaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATaa < 2:5161194‑M2/22‑1 (MQ=255) aaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAAt < 2:4733784‑M2/23‑1 (MQ=255) aaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAAt < 2:1329318‑M2/23‑1 (MQ=255) aaacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAAt < 1:3451988‑M2/23‑1 (MQ=255) aacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAAt > 1:1547059‑M2/27‑49 (MQ=255) aacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATc < 2:5056072‑M2/24‑1 (MQ=255) aacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATc < 1:705335‑M2/24‑1 (MQ=255) aacaaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATc < 2:3520812‑M2/24‑1 (MQ=255) aTTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCa < 1:937706/49‑1 (MQ=255) ttACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt < 2:4910505/50‑1 (MQ=255) aaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt < 1:3926197‑M2/27‑1 (MQ=255) aaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt < 2:3767911‑M2/27‑1 (MQ=255) aaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt < 1:1604670‑M2/27‑1 (MQ=255) aaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt > 1:3588488‑M2/24‑50 (MQ=255) aaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt < 2:4225497‑M2/27‑1 (MQ=255) aaatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt > 1:4069886‑M2/24‑50 (MQ=255) aatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg < 2:4982918‑M2/28‑1 (MQ=255) aatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg < 1:208940‑M2/28‑1 (MQ=255) aatgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg < 1:5370226‑M2/28‑1 (MQ=255) atgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg > 2:1835158‑M2/22‑49 (MQ=255) atgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGa < 2:1977015‑M2/29‑1 (MQ=255) atgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGa < 1:3067564‑M2/29‑1 (MQ=255) atgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGa < 1:718212‑M2/29‑1 (MQ=255) tgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGaa < 1:2790936‑M2/30‑1 (MQ=255) tgatgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGaa < 2:3222944‑M2/30‑1 (MQ=255) atgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAAt < 1:2275345‑M2/31‑1 (MQ=255) atgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATa < 1:223426‑M2/32‑1 (MQ=255) atgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATa < 2:135782‑M2/32‑1 (MQ=255) atgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATa < 2:3467090‑M2/32‑1 (MQ=255) atgaataaggaattttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATa < 1:5258431‑M2/32‑1 (MQ=255) 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< 2:285049‑M2/42‑1 (MQ=255) attttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAttt > 1:2980559‑M2/8‑50 (MQ=255) ttttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtttt < 2:4949568‑M2/44‑1 (MQ=255) ttttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtttt < 1:1544166‑M2/44‑1 (MQ=255) ttttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAttt > 2:2507468‑M2/7‑49 (MQ=255) ttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTa < 2:3670971‑M2/45‑1 (MQ=255) ttatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTAt > 2:2278519‑M2/5‑50 (MQ=255) tatATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTAt < 1:4808867‑M2/46‑1 (MQ=255) atATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATg > 2:3984406‑M2/3‑49 (MQ=255) atATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATg < 1:3057282‑M2/47‑1 (MQ=255) atATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATg < 2:5136513‑M2/47‑1 (MQ=255) tATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGt < 1:5176409‑M2/48‑1 (MQ=255) tATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTa < 1:4923738‑M2/49‑1 (MQ=255) tATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTa < 2:3836600‑M2/49‑1 (MQ=255) tATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTa < 2:5257684‑M2/49‑1 (MQ=255) tATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTa < 1:1374244‑M2/49‑1 (MQ=255) | GGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTA > NC_000913/3653666‑3653763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |