| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 687860 | 689044 | 1185 | 217 [0] | [0] 218 | insH‑3 | insH‑3 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 208 (1.420) | 84/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC < 1:3012627/50‑1 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCC < 1:691802/49‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 2:5427584/1‑49 CGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:1516710/1‑48 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG < 1:3450435/50‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 2:2243500/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 2:2760719/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 2:4058754/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 1:2082324/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 1:4664274/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 1:1728413/1‑50 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TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT > 2:3590026/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT > 1:4988882/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGAT < 2:423674/48‑1 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG > 2:3656478/1‑50 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG > 2:2075630/1‑50 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT < 2:4143798/49‑1 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT < 1:2218727/49‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC > 2:5676499/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC > 2:2731558/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC > 1:3966885/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC > 1:3412324/1‑50 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG > 1:1162637/1‑50 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 2:2324647/50‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 1:511448/50‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |