| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 102 [0] | [0] 102 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 101 (0.680) | 58/98 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997065‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023679‑2023727 TGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTCC > 1:4250692/1‑50 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:2993985/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 2:3154381/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:1584420/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCG > 1:959862/1‑50 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCCCGGGTCCG > 2:128045/1‑50 AGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGCGGCTGCGCCGTTCCGT > 2:2219014/1‑49 AGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTA < 2:3722360/50‑1 AGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTTCGT > 2:1911725/1‑49 GCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTA > 1:1889531/1‑49 GCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCCAGGCTGCTCGGTTCCCTAA > 1:3816647/1‑50 GCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAA > 1:5578950/1‑50 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 2:5125427/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 2:4682636/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 1:5114479/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 2:1480485/50‑1 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACG > 1:1821862/1‑50 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACG > 1:5166273/1‑50 GAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGT > 1:3548524/1‑50 AAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTT > 1:1360452/1‑50 AAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTT > 1:3355692/1‑50 AAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTT > 1:1034241/1‑50 AACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGGGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTT > 1:238192/1‑49 ACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTA < 1:3603810/50‑1 ACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTA < 2:5429876/50‑1 ACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTTTA > 2:1681413/1‑50 ACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGAGGGGCTGCTCGGTTTCGTAACGTTTA > 2:3683603/1‑50 TCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGGGGGTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCA > 2:536958/1‑50 TCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCCCGGTTCCGTAACGTTTATCA > 1:2795323/1‑50 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCA < 1:4904841/49‑1 TCGAGGAACTGGCGGGTGGGAGGCTGCTCGGATCCGTCACGTTTATCATG > 2:1416759/1‑50 TCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG > 2:5327860/1‑50 TCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG > 1:2301650/1‑50 TCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCCTAACGTTTATCATG > 2:613066/1‑50 CGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:1226294/1‑50 CGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:3143365/1‑50 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT < 2:4229439/50‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT < 1:5317522/50‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT < 2:4952344/49‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT < 2:3909432/49‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG < 2:1737080/48‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:4480819/1‑49 GAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCGGCTCGGGTCCGTAACGTTTTTCATGT > 2:5366950/1‑49 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA < 2:2431310/50‑1 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA > 2:5055304/1‑50 GGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTAT > 1:36012/1‑50 GAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC < 2:2015928/50‑1 GAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTTTATCATGTTATC > 1:1933407/1‑50 AACTGGCGGGTGCGGGGCTGCTCGGTTCCGTAACGGTTATCATGTTATCC > 2:3567786/1‑50 ACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT < 2:1865545/50‑1 ACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT < 1:735618/50‑1 CTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTA < 2:2821939/50‑1 CTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT > 1:4918000/1‑49 CTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT > 1:4883715/1‑49 TGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT > 1:5334102/1‑48 TGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT > 2:637816/1‑48 GGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG > 1:27169/1‑50 GGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG > 1:1699129/1‑50 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATTATGTTATCCTAA < 2:3516235/48‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG < 1:5539649/50‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG > 2:4180058/1‑49 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 2:4484601/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 2:1520884/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAA < 1:728098/48‑1 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA > 1:1206092/1‑50 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT < 2:5537813/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 2:745296/1‑50 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT < 2:2967621/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT < 2:1485564/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 2:3916542/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 1:292916/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:3253619/1‑49 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 2:4656102/1‑49 GGTGCGAGGCTGCGCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 2:4497580/50‑1 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA > 2:1740459/1‑50 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT < 2:295022/50‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT > 2:2145982/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:4749645/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 2:1094371/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC < 2:3779799/50‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:3441627/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC < 1:3997838/50‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 2:1781675/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |