| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 102 [0] | [0] 102 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 101 (0.680) | 58/98 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCCCTG > NC_000913/1997062‑1997160 | ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCgg > 1:260660/1‑50 (MQ=255) tGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGttcc > 1:4250692‑M1/1‑46 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc < 2:3154381‑M1/49‑5 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc < 1:2993985‑M1/49‑5 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc < 1:1584420‑M1/49‑5 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgtccg > 1:959862‑M1/1‑45 (MQ=255) agcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGCGGCTGCGCCGttccgt > 2:2219014‑M1/1‑43 (MQ=255) agcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgta < 2:3722360‑M1/50‑8 (MQ=255) agcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGtttcgt > 2:1911725‑M1/1‑43 (MQ=255) gcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgta > 1:1889531‑M1/1‑42 (MQ=255) gcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCCAGGCTGCTCGGttccctaa > 1:3816647‑M1/1‑42 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |