Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 102 [0] | [0] 102 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 101 (0.680) | 58/98 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTTTAATTTGCTGGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACC > NC_000913/2023633‑2023728 | tgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggggcgaggctgctcggTTcc > 1:4250692‑M2/47‑50 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 2:3154381‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:2993985‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:1584420‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCg > 1:959862‑M2/46‑50 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgcccggGTCCg > 2:128045‑M2/46‑50 (MQ=255) agcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgcggctgcgccgTTCCGt > 2:2219014‑M2/44‑49 (MQ=255) agcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa < 2:3722360‑M2/7‑1 (MQ=255) agcagaaacttctcgaggaactggcgggggcgaggctgctcggTTTCGt > 2:1911725‑M2/44‑49 (MQ=255) gcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa > 1:1889531‑M2/43‑49 (MQ=255) gcagaaacttctcgaggaactggcgggtgccaggctgctcggTTCCCTaa > 1:3816647‑M2/43‑50 (MQ=255) gcagaaacttctcgaggaactggcgggggcgaggctgctcggTTCCGTaa > 1:5578950‑M2/43‑50 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 2:1480485‑M2/9‑1 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 1:5114479‑M2/9‑1 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 2:4682636‑M2/9‑1 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 2:5125427‑M2/9‑1 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCGTAACg > 1:1821862‑M2/41‑50 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCGTAACg > 1:5166273‑M2/41‑50 (MQ=255) gaaacttctcgaggaactggcgggggcgaggctgctcggGTCCGTAACGt > 1:3548524‑M2/40‑50 (MQ=255) aaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGtt > 1:3355692‑M2/39‑50 (MQ=255) aaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGtt > 1:1360452‑M2/39‑50 (MQ=255) aaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCGTAACGtt > 1:1034241‑M2/39‑50 (MQ=255) aacttctcgaggaactggcgggtgcggggctgctcggTTCCGTAACGtt > 1:238192‑M2/38‑49 (MQ=255) acttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTa < 1:3603810‑M2/14‑1 (MQ=255) acttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTa < 2:5429876‑M2/14‑1 (MQ=255) acttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCGTAACGTTTa > 2:1681413‑M2/37‑50 (MQ=255) acttctcgaggaactggcgggtgaggggctgctcggTTTCGTAACGTTTa > 2:3683603‑M2/37‑50 (MQ=255) tctcgaggaactggcgggtgcgggggtgctcggTTCCGTAACGTTTATCa > 2:536958‑M2/34‑50 (MQ=255) tctcgaggaactggcgggggcgaggctgcccggTTCCGTAACGTTTATCa > 1:2795323‑M2/34‑50 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCa < 1:4904841‑M2/17‑1 (MQ=255) tcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATg > 1:2301650‑M2/32‑50 (MQ=255) tcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATg > 2:5327860‑M2/32‑50 (MQ=255) tcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCCTAACGTTTATCATg > 2:613066‑M2/32‑50 (MQ=255) cgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt > 1:1226294‑M2/31‑50 (MQ=255) cgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCGTAACGTTTATCATGt > 1:3143365‑M2/31‑50 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATg < 2:1737080‑M2/19‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGtt < 2:4229439‑M2/21‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGtt < 1:5317522‑M2/21‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt < 2:4952344‑M2/20‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt < 2:3909432‑M2/20‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCGTAACGTTTATCATGt > 1:4480819‑M2/30‑49 (MQ=255) gaggaactggcgggggcgaggcggctcggGTCCGTAACGTTTTTCATGt > 2:5366950‑M2/30‑49 (MQ=255) aggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTa < 2:2431310‑M2/22‑1 (MQ=255) aggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTa > 2:5055304‑M2/29‑50 (MQ=255) ggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt > 1:36012‑M2/28‑50 (MQ=255) gaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATc < 2:2015928‑M2/24‑1 (MQ=255) gaactggcgggggcgaggctgctcggGTCCGTAACGTTTATCATGTTATc > 1:1933407‑M2/27‑50 (MQ=255) aactggcgggtgcggggctgctcggTTCCGTAACGGTTATCATGTTATcc > 2:3567786‑M2/26‑50 (MQ=255) actggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt < 1:735618‑M2/26‑1 (MQ=255) actggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt < 2:1865545‑M2/26‑1 (MQ=255) ctggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:4883715‑M2/24‑49 (MQ=255) ctggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:4918000‑M2/24‑49 (MQ=255) ctggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTa < 2:2821939‑M2/27‑1 (MQ=255) tggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 2:637816‑M2/23‑48 (MQ=255) tggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:5334102‑M2/23‑48 (MQ=255) ggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg > 1:27169‑M2/22‑50 (MQ=255) ggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg > 1:1699129‑M2/22‑50 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATTATGTTATCCTaa < 2:3516235‑M2/28‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTaa < 1:728098‑M2/28‑1 (MQ=255) 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ggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAt > 2:4656102‑M2/18‑49 (MQ=255) ggtgcgaggctgcgcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAtt < 2:4497580‑M2/33‑1 (MQ=255) gtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa > 2:1740459‑M2/17‑50 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAt < 2:295022‑M2/35‑1 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAt > 2:2145982‑M2/16‑50 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 2:1781675‑M2/14‑50 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 2:1094371‑M2/14‑50 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc < 1:3997838‑M2/37‑1 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 1:4749645‑M2/14‑50 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 1:3441627‑M2/14‑50 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc < 2:3779799‑M2/37‑1 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATc < 1:3986948‑M2/36‑1 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 1:4779402‑M2/13‑49 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 2:4485639‑M2/13‑49 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 1:4316359‑M2/13‑49 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCg < 1:3774781‑M2/38‑1 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCg > 2:2640667‑M2/12‑49 (MQ=255) ggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaa < 1:4555765‑M2/40‑1 (MQ=255) ggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGATATCTTAAGGATTACCCGa > 2:1462443‑M2/11‑49 (MQ=255) gctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaa < 2:4551519‑M2/41‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaata < 1:4526249‑M2/45‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaat < 1:2897420‑M2/44‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaat < 1:1479866‑M2/44‑1 (MQ=255) tcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa > 1:1008504‑M2/5‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc < 2:5342642‑M2/49‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 2:246500‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 2:4434616‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 2:5660853‑M2/2‑50 (MQ=255) ttCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAcc < 2:2271609/50‑1 (MQ=255) | TTTTAATTTGCTGGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACC > NC_000913/2023633‑2023728 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |