| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,388,889 | Δ9,734 bp | ycjG–[uspE] | ycjG, mpaA, ymjC, ymjD, ycjY, pgrR, mppA, ynaI, insH‑4, ynaJ, [uspE] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1388889 | 1398622 | 9734 | 175 [0] | [0] 175 | ycjG–[uspE] | ycjG,mpaA,ymjC,ymjD,ycjY,pgrR,mppA,ynaI,insH‑4,ynaJ,[uspE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1388888 | 0 (0.000) | 172 (1.180) | 80/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
| ? | NC_000913 | 1398623 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR | |||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTTGCGCTTAATCCGCAGACCACCGCGACAACAAGGAGTAAAGATGAGAA > NC_000913/1388840‑1388936 | aCGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa > 1:4196645‑M1/1‑49 (MQ=255)aCGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa < 1:4250539‑M1/50‑2 (MQ=255)aCGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa < 1:4252614‑M1/50‑2 (MQ=255) cGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTac < 2:3792993‑M1/50‑3 (MQ=255) cGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTa > 2:534037‑M1/1‑48 (MQ=255) gTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTaca < 2:1389517‑M1/50‑4 (MQ=255) tCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacag < 1:3440190‑M1/50‑5 (MQ=255) tCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacag > 1:3499756‑M1/1‑46 (MQ=255) cacaCCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagg > 2:5310570‑M1/1‑45 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg > 1:1884286‑M1/1‑44 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg > 1:1704862‑M1/1‑44 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg > 1:5467163‑M1/1‑44 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg > 2:2879658‑M1/1‑44 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacaggg > 1:381485‑M1/1‑44 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagg < 1:5643804‑M1/49‑6 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagg < 2:3070747‑M1/49‑6 (MQ=255) acacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagg < 2:3161512‑M1/49‑6 (MQ=255) cacCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggt > 2:2276035‑M1/1‑43 (MQ=255) ccTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtct < 1:5122863‑M1/50‑10 (MQ=255) cTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctc > 1:5697943‑M1/1‑40 (MQ=255) cTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctc > 2:1249817‑M1/1‑40 (MQ=255) tAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctcc > 1:767914‑M1/1‑39 (MQ=255) aGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTacagggtctcct > 2:2104797‑M1/1‑38 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |