| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,388,889 | Δ9,734 bp | ycjG–[uspE] | ycjG, mpaA, ymjC, ymjD, ycjY, pgrR, mppA, ynaI, insH‑4, ynaJ, [uspE] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1388889 | 1398622 | 9734 | 175 [0] | [0] 175 | ycjG–[uspE] | ycjG,mpaA,ymjC,ymjD,ycjY,pgrR,mppA,ynaI,insH‑4,ynaJ,[uspE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1388888 | 0 (0.000) | 172 (1.180) | 80/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
| ? | NC_000913 | 1398623 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR | |||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
CGTCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398574‑1398671 | acgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta < 1:4252614‑M2/1‑1 (MQ=255)acgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta < 1:4250539‑M2/1‑1 (MQ=255)acgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta < 2:4484076‑M2/1‑1 (MQ=255)acgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 1:4196645‑M2/50‑50 (MQ=255) cgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 2:534037‑M2/49‑49 (MQ=255) cgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 2:4316380‑M2/49‑49 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg < 2:1396577‑M2/4‑1 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg > 1:3499756‑M2/47‑50 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg < 1:3440190‑M2/4‑1 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg > 2:2995581‑M2/47‑50 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg < 2:4082975‑M2/4‑1 (MQ=255) cacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAgg > 2:1104368‑M2/46‑50 (MQ=255) cacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAgg > 2:5310570‑M2/46‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAggg > 1:381485‑M2/45‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAggg > 1:5467163‑M2/45‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAggg < 2:2609934‑M2/6‑1 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAggg > 1:1884286‑M2/45‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAggg > 1:1704862‑M2/45‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAgg < 1:5643804‑M2/5‑1 (MQ=255) cacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGt > 2:2276035‑M2/44‑50 (MQ=255) cctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtct < 1:5122863‑M2/9‑1 (MQ=255) ctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtctc > 2:4544440‑M2/41‑50 (MQ=255) ctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtctc > 1:5697943‑M2/41‑50 (MQ=255) tagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc > 1:767914‑M2/40‑50 (MQ=255) agtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 2:574603‑M2/39‑50 (MQ=255) agtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:3581853‑M2/39‑50 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc < 1:3317467‑M2/11‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:3286240‑M2/38‑49 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 2:4438793‑M2/38‑49 (MQ=255) tttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTa < 1:5493820‑M2/14‑1 (MQ=255) tttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTa < 1:5040305‑M2/14‑1 (MQ=255) ttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTa > 2:1990623‑M2/36‑49 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac < 2:3906336‑M2/15‑1 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac < 2:4525856‑M2/15‑1 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac > 1:1500313‑M2/35‑49 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac > 2:1592637‑M2/35‑49 (MQ=255) atgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTaca < 2:319002‑M2/16‑1 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 2:3003472‑M2/33‑49 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa < 2:5658758‑M2/17‑1 (MQ=255) gctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaac > 2:473241‑M2/32‑49 (MQ=255) ctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaaca < 2:1320669‑M2/19‑1 (MQ=255) ctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaaca < 2:5638013‑M2/19‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACaacaac < 1:4549021‑M2/21‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt < 2:3086240‑M2/22‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTg < 2:1106226‑M2/23‑1 (MQ=255) ctgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGt > 1:1488901‑M2/27‑50 (MQ=255) ctgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGt > 1:941008‑M2/27‑50 (MQ=255) ctgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGt > 2:1581729‑M2/27‑50 (MQ=255) ctgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGt > 2:1254149‑M2/27‑50 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTc < 2:5011764‑M2/25‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTc < 1:889611‑M2/25‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 2:3952068‑M2/26‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc < 1:5392815‑M2/28‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc < 1:5504377‑M2/28‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg < 2:89648‑M2/29‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 2:1262738‑M2/22‑50 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg < 1:703641‑M2/29‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:2070107‑M2/22‑50 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg < 1:2525827‑M2/29‑1 (MQ=255) ataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGc < 2:5525806‑M2/30‑1 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:4610322‑M2/20‑48 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 2:1928220‑M2/20‑48 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCa < 2:1213454‑M2/31‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg < 1:1041287‑M2/32‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt < 1:5112888‑M2/33‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt > 2:4883093‑M2/18‑50 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt < 1:2436178‑M2/35‑1 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg < 1:3897066‑M2/36‑1 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg < 1:2211131‑M2/36‑1 (MQ=255) agcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt < 2:2527514‑M2/37‑1 (MQ=255) gcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt > 1:3858475‑M2/13‑49 (MQ=255) caaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTTTaa < 2:363507‑M2/39‑1 (MQ=255) caaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTaa > 1:4390896‑M2/12‑50 (MQ=255) caaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTaa > 2:2167484‑M2/12‑50 (MQ=255) caaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTaa > 2:5394884‑M2/12‑50 (MQ=255) aaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt > 1:3094502‑M2/11‑50 (MQ=255) aaacgctattACAGGGACTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt > 1:1006764‑M2/11‑50 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt < 2:2790824‑M2/41‑1 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt > 1:2685108‑M2/10‑49 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt > 1:2609463‑M2/9‑49 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTa < 1:3411879‑M2/42‑1 (MQ=255) cgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa < 1:4701333‑M2/43‑1 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaaa < 1:3000680‑M2/44‑1 (MQ=255) 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1:391250‑M2/3‑50 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt < 1:3646450‑M2/48‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt < 2:3750939‑M2/48‑1 (MQ=255) tACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt > 1:1595497‑M2/2‑49 (MQ=255) aCAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAtt < 2:1430964/49‑1 (MQ=255) | CGTCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398574‑1398671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |