| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,509,562 | Δ46,201 bp | [hicB]–maeA | 43 genes [hicB], ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, rhsE, ydcD, yncO, yncI, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU, yddJ, yddK, yddL, yddG, fdnG, fdnH, fdnI, yddM, adhP, maeA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1509562 | 1555762 | 46201 | 209 [0] | [0] 202 | [hicB]–maeA | [hicB],ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,rhsE,ydcD,yncO,yncI,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU,yddJ,yddK,yddL,yddG,fdnG,fdnH,fdnI,yddM,adhP,maeA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1509561 | 0 (0.000) | 201 (1.350) | 80/98 | 0.0 | 100% | coding (54/417 nt) | hicB | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913 | 1555763 = | 0 (0.000) | intergenic (‑94/+63) | maeA/sra | malate dehydrogenase, NAD‑requiring/30S ribosomal subunit protein S22 | |||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
GTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAG > NC_000913/1509512‑1509610 | gTTATCCCGTCACTCTTACTCCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCt < 1:5103642/50‑1 (MQ=255)gTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCt < 2:2961509/50‑1 (MQ=255)gTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCt < 1:4141982/50‑1 (MQ=255)gTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCt < 1:2085717/50‑1 (MQ=255) ttATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCt > 1:380837/1‑49 (MQ=255) ttATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCt > 1:2327131/1‑49 (MQ=255) tATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTa > 1:4645405‑M1/1‑48 (MQ=255) tATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTa > 2:5531138‑M1/1‑48 (MQ=255) aTCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaa > 1:2152003‑M1/1‑47 (MQ=255) aTCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaa > 2:52915‑M1/1‑47 (MQ=255) aTCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaa < 2:661842‑M1/49‑3 (MQ=255) 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ttACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccat > 2:3236210‑M1/1‑35 (MQ=255) ttACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacacc < 2:4706769‑M1/48‑14 (MQ=255) ttACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacacc < 2:1972335‑M1/48‑14 (MQ=255) ttACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacacc < 2:932877‑M1/48‑14 (MQ=255) ttACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacacc < 1:3132163‑M1/48‑14 (MQ=255) gtaCACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacacca < 2:3986954‑M1/48‑15 (MQ=255) tACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccatt > 2:2222009‑M1/1‑34 (MQ=255) tACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccatt > 2:1566336‑M1/1‑34 (MQ=255) tACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccatt > 1:2949022‑M1/1‑34 (MQ=255) acacCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccatt < 2:506536‑M1/49‑17 (MQ=255) acacCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccatt < 2:5200686‑M1/49‑17 (MQ=255) acacCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccat < 2:4203869‑M1/48‑16 (MQ=255) cacCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattg < 1:5463034‑M1/49‑18 (MQ=255) cacCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattg < 2:4585795‑M1/49‑18 (MQ=255) acCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcg > 2:2154449‑M1/1‑31 (MQ=255) ccGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgca < 2:1170784‑M1/50‑22 (MQ=255) ccGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgca < 1:321952‑M1/50‑22 (MQ=255) ccGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgca < 2:332628‑M1/50‑22 (MQ=255) gcgcCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcagg < 1:217726‑M1/50‑24 (MQ=255) gcgcCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcagg > 1:423857‑M1/1‑27 (MQ=255) cgcCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggc < 1:4369523‑M1/50‑25 (MQ=255) gcCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggca > 2:2118412‑M1/1‑25 (MQ=255) gcCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggca < 2:204629‑M1/50‑26 (MQ=255) gcCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggc > 1:4609895‑M1/1‑25 (MQ=255) 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gTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaa > 1:4399522‑M1/1‑14 (MQ=255) ttATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaat > 2:1004810‑M1/1‑13 (MQ=255) ttATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaat > 1:1078587‑M1/1‑13 (MQ=255) ttATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaat < 2:2423267‑M1/50‑38 (MQ=255) ttATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaat < 1:3470616‑M1/50‑38 (MQ=255) tataTGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatc > 2:1868180‑M1/1‑12 (MQ=255) atatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcg > 2:3903556‑M1/1‑11 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt > 2:3636686‑M1/1‑10 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt > 1:4784729‑M1/1‑10 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt < 2:4387207‑M1/50‑41 (MQ=255) atGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt > 1:5651825‑M1/1‑9 (MQ=255) atGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt > 1:3557538‑M1/1‑9 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |