| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,509,562 | Δ46,201 bp | [hicB]–maeA | 43 genes [hicB], ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, rhsE, ydcD, yncO, yncI, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU, yddJ, yddK, yddL, yddG, fdnG, fdnH, fdnI, yddM, adhP, maeA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1509562 | 1555762 | 46201 | 209 [0] | [0] 202 | [hicB]–maeA | [hicB],ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,rhsE,ydcD,yncO,yncI,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU,yddJ,yddK,yddL,yddG,fdnG,fdnH,fdnI,yddM,adhP,maeA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1509561 | 0 (0.000) | 201 (1.350) | 80/98 | 0.0 | 100% | coding (54/417 nt) | hicB | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913 | 1555763 = | 0 (0.000) | intergenic (‑94/+63) | maeA/sra | malate dehydrogenase, NAD‑requiring/30S ribosomal subunit protein S22 | |||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGAC > NC_000913/1555715‑1555812 | tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:4645405‑M2/49‑49 (MQ=255)tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:124820‑M2/49‑49 (MQ=255)tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 2:5531138‑M2/49‑49 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 2:52915‑M2/48‑50 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 1:3795332‑M2/48‑50 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 1:2152003‑M2/48‑50 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 2:3284343‑M2/48‑50 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaa < 2:661842‑M2/2‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa < 2:3569165‑M2/3‑1 (MQ=255) cccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc > 2:3771214‑M2/46‑49 (MQ=255) cccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc > 1:55788‑M2/46‑49 (MQ=255) 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tacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCAtt > 2:2222009‑M2/35‑50 (MQ=255) tacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCAtt > 2:1566336‑M2/35‑50 (MQ=255) tacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCAtt > 1:2949022‑M2/35‑50 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCa < 2:4281‑M2/14‑1 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCAtt < 2:506536‑M2/16‑1 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCAtt < 2:5200686‑M2/16‑1 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCAt < 2:3353374‑M2/15‑1 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTg > 2:4598071‑M2/34‑50 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:205703‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTg < 1:5463034‑M2/17‑1 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 2:2154449‑M2/32‑50 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 2:3955958‑M2/32‑50 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:791263‑M2/32‑50 (MQ=255) cccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcgc < 2:3204740‑M2/20‑1 (MQ=255) ccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCa < 1:321952‑M2/21‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg > 1:2364329‑M2/29‑50 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:4218403‑M2/22‑1 (MQ=255) gcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAgg < 1:217726‑M2/23‑1 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc < 1:4369523‑M2/24‑1 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc > 1:3064094‑M2/26‑49 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc > 1:4609895‑M2/26‑49 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCa > 2:2118412‑M2/26‑50 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCa < 2:204629‑M2/25‑1 (MQ=255) ccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCaa > 1:1819366‑M2/25‑50 (MQ=255) ccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCaa < 2:4021040‑M2/26‑1 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt < 2:36496‑M2/27‑1 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:4483299‑M2/24‑50 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt < 2:4764959‑M2/27‑1 (MQ=255) gaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATgg > 1:2519670‑M2/22‑50 (MQ=255) aggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtg < 2:5380151‑M2/31‑1 (MQ=255) aggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtg > 2:129502‑M2/20‑50 (MQ=255) gcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGtt < 2:4444248‑M2/33‑1 (MQ=255) gcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGtt > 2:2665407‑M2/18‑50 (MQ=255) gcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGtt > 2:2906407‑M2/18‑50 (MQ=255) ggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGttt > 1:899518‑M2/16‑49 (MQ=255) ggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGttt > 1:3441927‑M2/16‑49 (MQ=255) 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> 1:5508464‑M2/4‑48 (MQ=255) tctAAACAAAAACACCATCGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGa < 2:3803291‑M2/46‑1 (MQ=255) ctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAg < 1:608607‑M2/47‑1 (MQ=255) ctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAg > 2:1079874‑M2/3‑49 (MQ=255) aaacaaaaacaCCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGAc > 1:1131664/1‑50 (MQ=255) | GTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGAC > NC_000913/1555715‑1555812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |