Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
MC JC	NC_000913	687,860	Δ1,185 bp	IS5‑mediated	insH‑3	insH‑3

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NC_000913	687860	689044	1185	38 [0]	[0] 38	insH‑3	insH‑3

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 687859	0 (0.000)	38 (1.290)	31/96	0.0	100%	noncoding (1187/1195 nt)	IS5	repeat region
	?	NC_000913	689045 =	0 (0.000)					noncoding (1/1195 nt)	IS5	repeat region

GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT  >  NC_000913/688996‑689090                                                  |                                              tatcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcc                                               >  1:1546159‑M2/50‑50 (MQ=255)   tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                              <  1:699124‑M2/2‑1 (MQ=255)     gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg                                           <  1:1131303‑M2/5‑1 (MQ=255)       ctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg                                          >  1:11915‑M2/44‑49 (MQ=255)          caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGt                                         <  1:1221859‑M2/7‑1 (MQ=255)          caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa                                       >  1:1770656‑M2/41‑49 (MQ=255)            actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt                                    <  1:2168824‑M2/12‑1 (MQ=255)            actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt                                    <  1:1501056‑M2/12‑1 (MQ=255)             ctttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcC‑TAGGTAACCtt                                   >  1:1824332‑M2/38‑49 (MQ=255)               ttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                   >  1:926522‑M2/36‑48 (MQ=255)                tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAttt                                  <  1:860305‑M2/14‑1 (MQ=255)                tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTa                                 <  1:1397482‑M2/15‑1 (MQ=255)                  ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt                               <  1:1762598‑M2/17‑1 (MQ=255)                    gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg                            >  1:104499‑M2/31‑50 (MQ=255)                     tgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTgg                           <  1:692986‑M2/21‑1 (MQ=255)                      gcagtgttgtgcctgttagggaaggcgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                          >  1:68084‑M2/29‑50 (MQ=255)                       cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                          <  1:1439629‑M2/22‑1 (MQ=255)                       cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                         <  1:889114‑M2/23‑1 (MQ=255)                        agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                         >  1:980795‑M2/27‑49 (MQ=255)                              gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt                   <  1:1979179‑M2/29‑1 (MQ=255)                              gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt                   <  1:2069434‑M2/29‑1 (MQ=255)                               tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                  <  1:46308‑M2/30‑1 (MQ=255)                                 cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaaa                <  1:2123354‑M2/32‑1 (MQ=255)                                 cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaaa                <  1:2191864‑M2/32‑1 (MQ=255)                                     ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat           <  1:2150809‑M2/37‑1 (MQ=255)                                     ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat           <  1:962199‑M2/37‑1 (MQ=255)                                     ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGata            <  1:2177827‑M2/36‑1 (MQ=255)                                      tagggaaggtgcTTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt          >  1:40352‑M2/13‑50 (MQ=255)                                       agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt          <  1:1933295‑M2/38‑1 (MQ=255)                                       agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt          <  1:1585435‑M2/38‑1 (MQ=255)                                       agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg         >  1:2115762‑M2/12‑50 (MQ=255)                                         ggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt       >  1:1574391‑M2/10‑50 (MQ=255)                                           aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg      <  1:1455538‑M2/42‑1 (MQ=255)                                            aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt    <  1:835194‑M2/44‑1 (MQ=255)                                            aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt    <  1:131882‑M2/44‑1 (MQ=255)                                            aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt    <  1:1105126‑M2/44‑1 (MQ=255)                                             ggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt   <  1:1254559‑M2/45‑1 (MQ=255)                                              gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtttt  <  1:1947255‑M2/46‑1 (MQ=255)                                                  |                                              GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT  >  NC_000913/688996‑689090

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑