| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 36 [0] | [0] 32 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 32 (1.070) | 27/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAA > NC_000913/2101347‑2101444 | tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:383393‑M1/1‑50 (MQ=255)tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:2011735‑M1/1‑50 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:1708622‑M1/1‑49 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:1731614‑M1/1‑49 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:2537975‑M1/49‑1 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:2409588‑M1/49‑1 (MQ=255) taAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc > 1:1603986‑M1/1‑47 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:1350215‑M1/1‑44 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtcttca > 1:2298993‑M1/1‑42 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac < 1:2115989‑M1/50‑9 (MQ=255) ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca > 1:2427921‑M1/1‑41 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:876300‑M1/50‑11 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:605038‑M1/49‑12 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc > 1:1230130‑M1/1‑37 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:348678‑M1/1‑31 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:1771537‑M1/48‑19 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:2154333‑M1/50‑22 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaa < 1:961359‑M1/50‑25 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:816894‑M1/1‑24 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:852799‑M1/1‑24 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaata < 1:2067857‑M1/50‑28 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat < 1:749222‑M1/49‑27 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat < 1:1455089‑M1/49‑27 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat > 1:2402617‑M1/1‑21 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg < 1:2153172‑M1/49‑31 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt < 1:1399269‑M1/49‑33 (MQ=255) gCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt > 1:2250774‑M1/1‑16 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta < 1:2632818‑M1/50‑36 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt < 1:340685‑M1/49‑35 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatt < 1:432935‑M1/49‑38 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatt < 1:52991‑M1/49‑38 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatt < 1:108597‑M1/49‑38 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:1926375‑M1/1‑11 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatt < 1:2009963‑M1/50‑41 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:1671341‑M1/1‑10 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:1125123‑M1/1‑2 (MQ=255) | TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAA > NC_000913/2101347‑2101444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |