| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,197,137 | 25956 bp→CAGATAATTCAA | [ymfD]–[ymgI] | 42 genes [ymfD], ymfE, lit, intE, xisE, ymfH, ymfI, ymfJ, ymfK, ymfT, ymfL, ymfM, oweE, ymfN, aaaE, ymfR, beeE, jayE, ymfQ, ycfK, tfaP, tfaE, stfE, pinE, mcrA, icdC, iraM, ymgK, ymgL, ycgX, bluR, bluF, ycgZ, ymgA, ariR, ymgC, pdeG, ymgF, ycgH, ymgD, ymgG, [ymgI] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1197137 | 1223092 | 25956 | 154 [0] | [0] 159 | [ymfD]–[ymgI] | [ymfD],ymfE,lit,intE,xisE,ymfH,ymfI,ymfJ,ymfK,ymfT,ymfL,ymfM,oweE,ymfN,aaaE,ymfR,beeE,jayE,ymfQ,ycfK,tfaP,tfaE,stfE,pinE,mcrA,icdC,iraM,ymgK,ymgL,ycgX,bluR,bluF,ycgZ,ymgA,ariR,ymgC,pdeG,ymgF,ycgH,ymgD,ymgG,[ymgI] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1197136 | 0 (0.000) | 114 (1.400) +CAGATAATTCAA |
60/74 | 0.0 | 100% | coding (397/666 nt) | ymfD | e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 1223093 = | 0 (0.000) | coding (71/174 nt) | ymgI | uncharacterized protein YmgI | |||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1197088‑1197136‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAATAA > NC_000913/1223093‑1223141 |||||||||||| TAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATC < 1:7384565/50‑1TAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATC < 1:58597/50‑1 AGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGA > 1:1749189/1‑49 AGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGA > 1:2384904/1‑49 GTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATA < 1:6636054/50‑1 GTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGAT > 1:1180945/1‑49 TCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAA > 1:1468845/1‑50 CTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAAT > 1:6479279/1‑50 TCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATT > 1:3726247/1‑50 TCACCTCCTGATTTTAGTAATCTATTGATGCTAAGAACTATCAGATAATT > 1:2095706/1‑50 CACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATT > 1:6851733/1‑49 ACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCA < 1:5057644/50‑1 ACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCA < 1:3677390/50‑1 ACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTC > 1:6354528/1‑49 ACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTC > 1:5805369/1‑49 ACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAAT < 1:3895491/47‑1 CCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCA > 1:6274152/1‑49 CCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCA > 1:7168246/1‑49 CTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAA < 1:1792958/50‑1 TCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAG > 1:6382380/1‑50 TCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAG > 1:24737/1‑50 CCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGC > 1:5761501/1‑50 CCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGC > 1:896428/1‑50 CTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCt < 1:3299365/50‑2 CTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCG < 1:517620/50‑1 CTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGC < 1:4626849/49‑1 ATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGG < 1:6989665/50‑1 ATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGG > 1:2914299/1‑50 ATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGG > 1:3482881/1‑50 ATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGG < 1:5155740/50‑1 ATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTG < 1:1780647/49‑1 ATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTG < 1:7059500/49‑1 ATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGT < 1:6622979/48‑1 ATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGT < 1:3607909/48‑1 TTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGC > 1:4942149/1‑50 TTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTG > 1:2522681/1‑50 TTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTG > 1:4128085/1‑50 TAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGT > 1:5285921/1‑50 TAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGT > 1:3256137/1‑50 AGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGT > 1:5754209/1‑49 GTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGA > 1:7591512/1‑50 GTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGA > 1:621917/1‑50 GTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTG < 1:6562782/49‑1 TAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGAT < 1:3127571/50‑1 TAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGAT < 1:791515/50‑1 TAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGAT < 1:7572159/50‑1 TAATCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGAT < 1:2744011/50‑1 TCTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGA > 1:4691968/1‑49 CTCTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGA > 1:455652/1‑48 CTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAG > 1:4013804/1‑49 CTTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAG > 1:3524171/1‑49 TTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGG > 1:7669341/1‑49 TTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAG < 1:8217610/48‑1 TTGATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGAT < 1:1974488/46‑1 GATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAAT > 1:3019845/1‑50 GATGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGG < 1:4584269/47‑1 TGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTA > 1:5840295/1‑50 TGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTA > 1:765856/1‑50 TGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTA > 1:4818437/1‑50 TGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTA > 1:3643170/1‑50 TGCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTA < 1:1880492/50‑1 GCTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTAT > 1:1103982/1‑50 CTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATG > 1:3515774/1‑50 CTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATG > 1:4509960/1‑50 CTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATG < 1:7010392/50‑1 CTAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTAT < 1:2780206/49‑1 TAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGT > 1:6540933/1‑50 TAAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGT > 1:8181322/1‑50 AAGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTT > 1:1376969/1‑50 AGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTT > 1:2264495/1‑50 AGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTT > 1:1129213/1‑50 AGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTT > 1:2900457/1‑50 AGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTT < 1:634647/50‑1 AGAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTT > 1:5403013/1‑50 GAACTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTT > 1:881132/1‑50 CTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTA > 1:6655529/1‑50 CTATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTA < 1:5431816/50‑1 TATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTAC > 1:3764527/1‑50 ATCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACG > 1:2536639/1‑50 TCAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGT < 1:3924393/50‑1 CAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGT > 1:4050768/1‑49 CAGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGT > 1:6051506/1‑49 AGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGA < 1:5731376/50‑1 AGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGA < 1:1312122/50‑1 AGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTG > 1:560381/1‑49 AGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTG > 1:481938/1‑49 AGATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTG < 1:1052024/49‑1 GATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAA < 1:7422270/50‑1 GATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAA < 1:2641341/50‑1 GATAATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAA > 1:3846328/1‑50 ATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGA < 1:6938207/49‑1 ATTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAAT > 1:822124/1‑47 TTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGA < 1:2210763/50‑1 TTCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAG > 1:6139246/1‑49 TCAAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAA > 1:5309295/1‑50 AAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAAT < 1:2477264/49‑1 AAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAAT < 1:7776672/49‑1 AAAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAAT < 1:5115506/49‑1 AAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAATAA > 1:4728515/1‑50 AAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAATAA > 1:298637/1‑50 |||||||||||| TAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1197088‑1197136‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAATAA > NC_000913/1223093‑1223141 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |