| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,197,137 | 25956 bp→CAGATAATTCAA | [ymfD]–[ymgI] | 42 genes [ymfD], ymfE, lit, intE, xisE, ymfH, ymfI, ymfJ, ymfK, ymfT, ymfL, ymfM, oweE, ymfN, aaaE, ymfR, beeE, jayE, ymfQ, ycfK, tfaP, tfaE, stfE, pinE, mcrA, icdC, iraM, ymgK, ymgL, ycgX, bluR, bluF, ycgZ, ymgA, ariR, ymgC, pdeG, ymgF, ycgH, ymgD, ymgG, [ymgI] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1197137 | 1223092 | 25956 | 154 [0] | [0] 159 | [ymfD]–[ymgI] | [ymfD],ymfE,lit,intE,xisE,ymfH,ymfI,ymfJ,ymfK,ymfT,ymfL,ymfM,oweE,ymfN,aaaE,ymfR,beeE,jayE,ymfQ,ycfK,tfaP,tfaE,stfE,pinE,mcrA,icdC,iraM,ymgK,ymgL,ycgX,bluR,bluF,ycgZ,ymgA,ariR,ymgC,pdeG,ymgF,ycgH,ymgD,ymgG,[ymgI] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1197136 | 0 (0.000) | 114 (1.400) +CAGATAATTCAA |
60/74 | 0.0 | 100% | coding (397/666 nt) | ymfD | e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 1223093 = | 0 (0.000) | coding (71/174 nt) | ymgI | uncharacterized protein YmgI | |||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
ATAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGAACGGCAGAGAGAACATTAGAGCAA > NC_000913/1197087‑1197185 | aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt < 1:1931614/50‑1 (MQ=255)aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:5992187/1‑50 (MQ=255)aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:8061893/1‑50 (MQ=255) tAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATc < 1:7384565‑M1/50‑2 (MQ=255) agagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:5162975/1‑47 (MQ=255) gagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga < 1:4616357‑M1/50‑5 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga > 1:1749189‑M1/1‑45 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga > 1:2384904‑M1/1‑45 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga > 1:2724936‑M1/1‑45 (MQ=255) gTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagat > 1:1180945‑M1/1‑44 (MQ=255) tctcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataa < 1:8217719‑M1/50‑8 (MQ=255) 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ctctTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatga > 1:455652‑M1/1‑20 (MQ=255) ctTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag > 1:1965323‑M1/1‑18 (MQ=255) ctTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag > 1:663984‑M1/1‑18 (MQ=255) ctTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag > 1:3524171‑M1/1‑18 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag < 1:8217610‑M1/48‑32 (MQ=255) tGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa > 1:1133933‑M1/1‑16 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa < 1:142823‑M1/49‑35 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa < 1:5885600‑M1/49‑35 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatagg < 1:4584269‑M1/47‑33 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatt < 1:5812872‑M1/50‑37 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 1:7532099‑M1/1‑14 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta > 1:4818437‑M1/1‑13 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta > 1:765856‑M1/1‑13 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta > 1:3643170‑M1/1‑13 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta > 1:4118449‑M1/1‑13 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta > 1:5840295‑M1/1‑13 (MQ=255) gCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat > 1:1103982‑M1/1‑12 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat < 1:7787793‑M1/49‑39 (MQ=255) tAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgt > 1:6540933‑M1/1‑10 (MQ=255) aaGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt > 1:1376969‑M1/1‑9 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt > 1:5403013‑M1/1‑8 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt > 1:2264495‑M1/1‑8 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt > 1:3111086‑M1/1‑8 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt > 1:2900457‑M1/1‑8 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt < 1:6431206‑M1/49‑42 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |