Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
MC JC NC_000913 2,101,397 Δ36,321 bp [wbbL]–wza 34 genes

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ NC_000913 2101397 2137717 36321 155 [0] [0] 152 [wbbL]–wza [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 21013960 (0.000)148 (1.390) 77/96 0.0 100% pseudogene (349/349 nt) wbbL interrupted rhamnosyltransferase WbbL
?NC_000913 2137718 = 0 (0.000)intergenic (‑475/‑184) wza/yegH outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH

Only 100 of 155 total aligned reads displayed.

TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAAA  >  NC_000913/2101347‑2101445
                                                 |                                                 
tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   >  1:3502642‑M1/1‑50 (MQ=255)
tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   >  1:4705952‑M1/1‑50 (MQ=255)
 attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg                                                  >  1:8322714‑M1/1‑49 (MQ=255)
 attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg                                                  >  1:4214289‑M1/1‑49 (MQ=255)
 attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   <  1:5893810‑M1/49‑1 (MQ=255)
  ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgt                                                 <  1:500902‑M1/50‑3 (MQ=255)
  ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgt                                                 <  1:6056808‑M1/50‑3 (MQ=255)
  ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg                                                  <  1:4243033‑M1/49‑2 (MQ=255)
   taAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc                                                >  1:2461101‑M1/1‑47 (MQ=255)
   taAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc                                                >  1:6318803‑M1/1‑47 (MQ=255)
    aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct                                               >  1:1452046‑M1/1‑46 (MQ=255)
    aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct                                               >  1:7661646‑M1/1‑46 (MQ=255)
    aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc                                                <  1:3036319‑M1/49‑4 (MQ=255)
     aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc                                              >  1:6195667‑M1/1‑45 (MQ=255)
     aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc                                              <  1:633730‑M1/50‑6 (MQ=255)
     aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc                                              >  1:3650040‑M1/1‑45 (MQ=255)
     aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc                                              >  1:8069006‑M1/1‑45 (MQ=255)
     aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct                                               <  1:583229‑M1/49‑5 (MQ=255)
      aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcc                                             <  1:7318545‑M1/50‑7 (MQ=255)
       gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca                                            <  1:1256632‑M1/50‑8 (MQ=255)
       gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca                                            <  1:3184632‑M1/50‑8 (MQ=255)
       gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca                                            >  1:2727266‑M1/1‑43 (MQ=255)
        tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac                                           <  1:5391411‑M1/50‑9 (MQ=255)
        tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca                                            >  1:1051566‑M1/1‑42 (MQ=255)
         ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca                                          >  1:5117452‑M1/1‑41 (MQ=255)
         ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca                                          >  1:164249‑M1/1‑41 (MQ=255)
          taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat                                         >  1:8302074‑M1/1‑40 (MQ=255)
          taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat                                         <  1:1505508‑M1/50‑11 (MQ=255)
          taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat                                         >  1:1097791‑M1/1‑40 (MQ=255)
          taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat                                         <  1:6656450‑M1/50‑11 (MQ=255)
          taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca                                          <  1:4795440‑M1/49‑10 (MQ=255)
           aaaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg                                        >  1:4265137‑M1/1‑39 (MQ=255)
            aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg                                        <  1:2934954‑M1/49‑12 (MQ=255)
            aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg                                        <  1:8014842‑M1/49‑12 (MQ=255)
            aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg                                        <  1:3334056‑M1/49‑12 (MQ=255)
             aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcg                                      <  1:3064885‑M1/50‑14 (MQ=255)
             aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcg                                      <  1:3962164‑M1/50‑14 (MQ=255)
             aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc                                       >  1:1689513‑M1/1‑37 (MQ=255)
              tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga                                     <  1:1227449‑M1/50‑15 (MQ=255)
              tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga                                     >  1:7197014‑M1/1‑36 (MQ=255)
              tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga                                     <  1:5500766‑M1/50‑15 (MQ=255)
              tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga                                     >  1:3160182‑M1/1‑36 (MQ=255)
              tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga                                     >  1:8306403‑M1/1‑36 (MQ=255)
               aGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga                                     >  1:4436365‑M1/1‑35 (MQ=255)
                gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata                                   <  1:5669240‑M1/50‑17 (MQ=255)
                gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat                                    <  1:5107873‑M1/49‑16 (MQ=255)
                gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat                                    <  1:4341714‑M1/49‑16 (MQ=255)
                 cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat                                  >  1:7427372‑M1/1‑33 (MQ=255)
                    aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc                               >  1:1168849‑M1/1‑30 (MQ=255)
                    aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc                               >  1:6191278‑M1/1‑30 (MQ=255)
                    aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt                                <  1:7954400‑M1/49‑20 (MQ=255)
                    aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt                                <  1:4300867‑M1/49‑20 (MQ=255)
                     tCCATGCTTATATGCTTCCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct                              <  1:2393028‑M1/50‑22 (MQ=255)
                     tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct                              <  1:6882740‑M1/50‑22 (MQ=255)
                     tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc                               <  1:3839184‑M1/49‑21 (MQ=255)
                      ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct                              >  1:5248249‑M1/1‑28 (MQ=255)
                       cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt                             >  1:7434633‑M1/1‑27 (MQ=255)
                        aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaa                           <  1:1811491‑M1/50‑25 (MQ=255)
                         tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa                          <  1:7272294‑M1/50‑26 (MQ=255)
                          gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa                          >  1:6081679‑M1/1‑24 (MQ=255)
                          gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa                          >  1:8152976‑M1/1‑24 (MQ=255)
                          gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa                          >  1:1672137‑M1/1‑24 (MQ=255)
                           cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat                         >  1:8090361‑M1/1‑23 (MQ=255)
                           cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat                         >  1:4428004‑M1/1‑23 (MQ=255)
                            ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa                       >  1:5511344‑M1/1‑22 (MQ=255)
                            ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa                       >  1:1553597‑M1/1‑22 (MQ=255)
                              atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat                      <  1:7890162‑M1/49‑30 (MQ=255)
                              atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat                      <  1:5444911‑M1/49‑30 (MQ=255)
                                atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt                   >  1:582343‑M1/1‑18 (MQ=255)
                                 tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt                  <  1:3321597‑M1/50‑34 (MQ=255)
                                  gCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt                  >  1:2315621‑M1/1‑16 (MQ=255)
                                  gCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt                  >  1:6865416‑M1/1‑16 (MQ=255)
                                   cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta                <  1:2585098‑M1/50‑36 (MQ=255)
                                   cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta                >  1:5688354‑M1/1‑15 (MQ=255)
                                   cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta                <  1:3878052‑M1/50‑36 (MQ=255)
                                   cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta                <  1:2053733‑M1/50‑36 (MQ=255)
                                   cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta                <  1:4999267‑M1/50‑36 (MQ=255)
                                    ttACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat               >  1:2166544‑M1/1‑14 (MQ=255)
                                      aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta             >  1:2627955‑M1/1‑12 (MQ=255)
                                      aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatt              <  1:1479888‑M1/49‑38 (MQ=255)
                                       cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat            >  1:1018601‑M1/1‑11 (MQ=255)
                                       cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat            <  1:2080253‑M1/50‑40 (MQ=255)
                                       cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat            >  1:1807789‑M1/1‑11 (MQ=255)
                                       cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat            >  1:1718056‑M1/1‑11 (MQ=255)
                                       cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta             <  1:6156293‑M1/49‑39 (MQ=255)
                                        ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatt           <  1:3808359‑M1/50‑41 (MQ=255)
                                          cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac         <  1:2182082‑M1/50‑43 (MQ=255)
                                            ttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacca       >  1:2812368‑M1/1‑6 (MQ=255)
                                             tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac      >  1:6438244‑M1/1‑5 (MQ=255)
                                             tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacca       <  1:4801185‑M1/49‑45 (MQ=255)
                                             tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacc        <  1:2191194‑M1/48‑44 (MQ=255)
                                             tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacc        <  1:5876066‑M1/48‑44 (MQ=255)
                                              atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac      <  1:8234288‑M1/49‑46 (MQ=255)
                                               tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact     <  1:3591237‑M1/49‑47 (MQ=255)
                                               tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact     <  1:4510377‑M1/49‑47 (MQ=255)
                                                atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt   >  1:7584213‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                                atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt   >  1:2310058‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                                atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt   >  1:1623840‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                                 tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactttt  <  1:6480406‑M1/50‑50 (MQ=255)
                                                 tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt   >  1:68526‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                                 |                                                 
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAAA  >  NC_000913/2101347‑2101445

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.