| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 155 [0] | [0] 152 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 148 (1.390) | 77/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 | attaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 1:8322714‑M2/50‑50 (MQ=255)attaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 1:3734274‑M2/50‑50 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg < 1:4243033‑M2/1‑1 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGt > 1:4744598‑M2/49‑50 (MQ=255) taaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc > 1:2461101‑M2/48‑50 (MQ=255) taaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc > 1:250421‑M2/48‑50 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct > 1:1452046‑M2/47‑50 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc < 1:3036319‑M2/3‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc < 1:633730‑M2/5‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:3650040‑M2/46‑50 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:8069006‑M2/46‑50 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct < 1:583229‑M2/4‑1 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTcc < 1:7318545‑M2/6‑1 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTcc < 1:7513727‑M2/6‑1 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:1256632‑M2/7‑1 (MQ=255) tataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac < 1:5391411‑M2/8‑1 (MQ=255) tataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 1:1051566‑M2/43‑49 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:4795440‑M2/9‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:1505508‑M2/10‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:6656450‑M2/10‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:3153123‑M2/10‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt > 1:8302074‑M2/41‑50 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:6571281‑M2/10‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt > 1:1097791‑M2/41‑50 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:3849828‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:8014842‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc > 1:3030403‑M2/39‑50 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCg < 1:2040982‑M2/13‑1 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCg < 1:3962164‑M2/13‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:1227449‑M2/14‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:8306403‑M2/37‑50 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:3160182‑M2/37‑50 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:5500766‑M2/14‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:7197014‑M2/37‑50 (MQ=255) agcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:4436365‑M2/36‑49 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata < 1:4502114‑M2/16‑1 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata > 1:5098317‑M2/35‑50 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata < 1:5669240‑M2/16‑1 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata > 1:344113‑M2/35‑50 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat < 1:5107873‑M2/15‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:7427372‑M2/34‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:3192512‑M2/34‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:7954400‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:4300867‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:6191278‑M2/31‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:1168849‑M2/31‑50 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc < 1:3839184‑M2/20‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt < 1:6882740‑M2/21‑1 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:5248249‑M2/29‑49 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:6075161‑M2/29‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:7761074‑M2/22‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaa < 1:1811491‑M2/24‑1 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:2181659‑M2/26‑50 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:7272294‑M2/25‑1 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:2349008‑M2/25‑1 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:8152976‑M2/25‑49 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:6081679‑M2/25‑49 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:1672137‑M2/25‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 1:2151146‑M2/24‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 1:8090361‑M2/24‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 1:4428004‑M2/24‑49 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:1553597‑M2/23‑50 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:1630496‑M2/23‑50 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:5511344‑M2/23‑50 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat < 1:7890162‑M2/29‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat < 1:5444911‑M2/29‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa < 1:4258809‑M2/28‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:1684692‑M2/21‑50 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg < 1:2833864‑M2/30‑1 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:582343‑M2/19‑50 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt < 1:3321597‑M2/33‑1 (MQ=255) gcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt > 1:6865416‑M2/17‑49 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTtta > 1:5688354‑M2/16‑50 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTtta < 1:4999267‑M2/35‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTtta < 1:3978926‑M2/35‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTtta > 1:6213433‑M2/16‑50 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta > 1:2627955‑M2/13‑50 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatt < 1:1479888‑M2/37‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat < 1:2080253‑M2/39‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:1018601‑M2/12‑50 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:1718056‑M2/12‑50 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta < 1:6053924‑M2/38‑1 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatt < 1:5201055‑M2/40‑1 (MQ=255) gctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatta > 1:4320929‑M2/10‑50 (MQ=255) ctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc < 1:2182082‑M2/42‑1 (MQ=255) tttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc > 1:4879223‑M2/8‑49 (MQ=255) tttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc > 1:27075‑M2/8‑49 (MQ=255) ttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCa > 1:2812368‑M2/7‑50 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAcc < 1:5876066‑M2/43‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc > 1:6438244‑M2/6‑50 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 1:8234288‑M2/45‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt < 1:2306520‑M2/47‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACt < 1:3591237‑M2/46‑1 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:7584213‑M2/3‑50 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:1623840‑M2/3‑50 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:6161480‑M2/3‑50 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:1739764‑M2/3‑50 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:2310058‑M2/3‑50 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:68526‑M2/2‑49 (MQ=255) gtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtttt > 1:7357984/1‑49 (MQ=255) | TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |