Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 155 [0] | [0] 152 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 148 (1.390) | 77/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAAA > NC_000913/2101347‑2101445 | tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:3502642‑M1/1‑50 (MQ=255) tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:4705952‑M1/1‑50 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:8322714‑M1/1‑49 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:4214289‑M1/1‑49 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:5893810‑M1/49‑1 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgt < 1:500902‑M1/50‑3 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgt < 1:6056808‑M1/50‑3 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg < 1:4243033‑M1/49‑2 (MQ=255) taAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc > 1:2461101‑M1/1‑47 (MQ=255) taAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc > 1:6318803‑M1/1‑47 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct > 1:1452046‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct > 1:7661646‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc < 1:3036319‑M1/49‑4 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:6195667‑M1/1‑45 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc < 1:633730‑M1/50‑6 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:3650040‑M1/1‑45 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:8069006‑M1/1‑45 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct < 1:583229‑M1/49‑5 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcc < 1:7318545‑M1/50‑7 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca < 1:1256632‑M1/50‑8 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca < 1:3184632‑M1/50‑8 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:2727266‑M1/1‑43 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac < 1:5391411‑M1/50‑9 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:1051566‑M1/1‑42 (MQ=255) ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca > 1:5117452‑M1/1‑41 (MQ=255) ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca > 1:164249‑M1/1‑41 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat > 1:8302074‑M1/1‑40 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:1505508‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat > 1:1097791‑M1/1‑40 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:6656450‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:4795440‑M1/49‑10 (MQ=255) aaaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg > 1:4265137‑M1/1‑39 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:2934954‑M1/49‑12 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:8014842‑M1/49‑12 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:3334056‑M1/49‑12 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcg < 1:3064885‑M1/50‑14 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcg < 1:3962164‑M1/50‑14 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc > 1:1689513‑M1/1‑37 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:1227449‑M1/50‑15 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:7197014‑M1/1‑36 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:5500766‑M1/50‑15 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:3160182‑M1/1‑36 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:8306403‑M1/1‑36 (MQ=255) aGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:4436365‑M1/1‑35 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata < 1:5669240‑M1/50‑17 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:5107873‑M1/49‑16 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:4341714‑M1/49‑16 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:7427372‑M1/1‑33 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:1168849‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:6191278‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:7954400‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:4300867‑M1/49‑20 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTCCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:2393028‑M1/50‑22 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:6882740‑M1/50‑22 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc < 1:3839184‑M1/49‑21 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:5248249‑M1/1‑28 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:7434633‑M1/1‑27 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaa < 1:1811491‑M1/50‑25 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa < 1:7272294‑M1/50‑26 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:6081679‑M1/1‑24 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:8152976‑M1/1‑24 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:1672137‑M1/1‑24 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat > 1:8090361‑M1/1‑23 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat > 1:4428004‑M1/1‑23 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa > 1:5511344‑M1/1‑22 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa > 1:1553597‑M1/1‑22 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat < 1:7890162‑M1/49‑30 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat < 1:5444911‑M1/49‑30 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:582343‑M1/1‑18 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt < 1:3321597‑M1/50‑34 (MQ=255) gCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt > 1:2315621‑M1/1‑16 (MQ=255) gCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt > 1:6865416‑M1/1‑16 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta < 1:2585098‑M1/50‑36 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta > 1:5688354‑M1/1‑15 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta < 1:3878052‑M1/50‑36 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta < 1:2053733‑M1/50‑36 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta < 1:4999267‑M1/50‑36 (MQ=255) ttACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat > 1:2166544‑M1/1‑14 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta > 1:2627955‑M1/1‑12 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatt < 1:1479888‑M1/49‑38 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:1018601‑M1/1‑11 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat < 1:2080253‑M1/50‑40 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:1807789‑M1/1‑11 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:1718056‑M1/1‑11 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta < 1:6156293‑M1/49‑39 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatt < 1:3808359‑M1/50‑41 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac < 1:2182082‑M1/50‑43 (MQ=255) ttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacca > 1:2812368‑M1/1‑6 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac > 1:6438244‑M1/1‑5 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacca < 1:4801185‑M1/49‑45 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacc < 1:2191194‑M1/48‑44 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacc < 1:5876066‑M1/48‑44 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac < 1:8234288‑M1/49‑46 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact < 1:3591237‑M1/49‑47 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact < 1:4510377‑M1/49‑47 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:7584213‑M1/1‑2 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:2310058‑M1/1‑2 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:1623840‑M1/1‑2 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactttt < 1:6480406‑M1/50‑50 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:68526‑M1/1‑1 (MQ=255) | TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAAA > NC_000913/2101347‑2101445 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |