| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,994,992 | Δ3,877 bp | [ygeL]–ygeQ | [ygeL], ygeN, ygeO, insD‑4, insC‑4, ygeP, ygeQ | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2994992 | 2998868 | 3877 | 155 [0] | [0] 159 | [ygeL]–ygeQ | [ygeL],ygeN,ygeO,insD‑4,insC‑4,ygeP,ygeQ |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2994991 | 0 (0.000) | 149 (1.430) | 69/94 | 0.0 | 100% | pseudogene (102/156 nt) | ygeL | protein YgeL |
| ? | NC_000913 | 2998869 = | 0 (0.000) | intergenic (‑41/+115) | ygeQ/glyU | protein YgeQ/tRNA‑Gly | |||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
CCCTTTCATAAAATATTCCATCAATCGTTTGTTAAAAGCGTAGATAACCACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACAAAA > NC_000913/2998820‑2998918 | tgtagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca > 1:7801378‑M2/50‑50 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca < 1:6128784‑M2/1‑1 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca < 1:7532994‑M2/1‑1 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca < 1:6304178‑M2/1‑1 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt > 1:2581354‑M2/48‑50 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt < 1:7786285‑M2/3‑1 (MQ=255) agatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt > 1:860648‑M2/47‑49 (MQ=255) agatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt > 1:7319290‑M2/47‑49 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACtt < 1:4396789‑M2/4‑1 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACtt < 1:3175‑M2/4‑1 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACtt < 1:2834113‑M2/4‑1 (MQ=255) 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cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGa > 1:6184984‑M2/32‑49 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGa > 1:6467214‑M2/32‑49 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaaa < 1:2322557‑M2/20‑1 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATaa < 1:7181736‑M2/24‑1 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATaa < 1:6512368‑M2/24‑1 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATa < 1:6261598‑M2/23‑1 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATa < 1:3763908‑M2/23‑1 (MQ=255) agctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAg > 1:5357843‑M2/26‑50 (MQ=255) agctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAg > 1:169442‑M2/26‑50 (MQ=255) agctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAg > 1:3665342‑M2/26‑50 (MQ=255) ctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgt < 1:2381222‑M2/27‑1 (MQ=255) ctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgt > 1:1207063‑M2/24‑50 (MQ=255) 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cagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAc > 1:101247‑M2/17‑50 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAcc < 1:2948920‑M2/35‑1 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAc < 1:7582318‑M2/34‑1 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAc < 1:762259‑M2/34‑1 (MQ=255) gatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCt < 1:324656‑M2/36‑1 (MQ=255) gatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCt < 1:1252758‑M2/36‑1 (MQ=255) atctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg > 1:51605‑M2/14‑50 (MQ=255) tctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTgg > 1:6688753‑M2/13‑50 (MQ=255) ctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTggg > 1:6353972‑M2/12‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:4654402‑M2/11‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:5086222‑M2/11‑50 (MQ=255) ttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt > 1:4454642‑M2/10‑50 (MQ=255) ttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt > 1:4219563‑M2/10‑50 (MQ=255) ttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt > 1:3047284‑M2/10‑50 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtttt < 1:2197502‑M2/32‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtttt < 1:3560299‑M2/32‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt < 1:4856263‑M2/31‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt < 1:7064353‑M2/31‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTgg < 1:7679727‑M2/38‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg < 1:4221333‑M2/37‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttg > 1:3876799‑M2/9‑50 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt < 1:7532238‑M2/40‑1 (MQ=255) atagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgt > 1:950917‑M2/8‑50 (MQ=255) atagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgt > 1:167542‑M2/8‑50 (MQ=255) atagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttg < 1:6084253‑M2/42‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |