| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 117 [5] | [0] 112 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 5 (0.050) | 107 (0.990) | 59/98 | 0.0 | 97.7% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997063‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023679‑2023727 TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGT > 1:812833/1‑50 ATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCCCGGTT > 1:7991322/1‑50 TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTT < 1:962238/49‑1 TGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC > 1:7616914/1‑50 TGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGGTGCTCGGTTCC > 1:2669161/1‑50 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:4715829/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:3930851/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:6184478/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:7247377/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCG > 1:1878381/1‑50 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCG > 1:1198444/1‑50 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT < 1:8238255/50‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCG < 1:1055520/49‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCG < 1:5835683/49‑1 AGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTA < 1:5009071/50‑1 GCATAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAA < 1:6537682/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGGTCGGTTTCGGAAC > 1:1195350/1‑50 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 1:6938235/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 1:294788/50‑1 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGGGGCTGCTCGGTTCCCTAACG > 1:6081000/1‑50 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACG < 1:5486487/50‑1 TCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTTCGTAACGTTTATCA > 1:7235525/1‑50 TCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAAGTTTATCA > 1:4002984/1‑50 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATC < 1:7821269/48‑1 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATC < 1:1242889/48‑1 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATC < 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AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC < 1:1604500/50‑1 CTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTA < 1:1067381/50‑1 CTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTA < 1:6965466/50‑1 CTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT > 1:1943621/1‑49 GGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG > 1:809180/1‑50 GGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG > 1:2362104/1‑50 GGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG > 1:4747334/1‑50 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG < 1:5429276/50‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG < 1:3678492/50‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:7208421/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:3834540/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:1680762/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:866765/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAA < 1:8313872/48‑1 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA > 1:4919129/1‑50 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA < 1:3205472/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:4560305/1‑50 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 1:4873329/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 1:2156590/50‑1 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA > 1:4563662/1‑50 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA > 1:4138480/1‑50 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT < 1:7503532/50‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT < 1:4847496/50‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT < 1:541095/50‑1 GCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC > 1:37863/1‑50 GCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC > 1:1017184/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:1335/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC < 1:299529/49‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC < 1:6715324/49‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC < 1:6547551/49‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC < 1:6536558/49‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 1:3761424/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:5803212/1‑49 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGA < 1:3158912/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA < 1:4994053/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAA > 1:5349394/1‑49 CTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAA < 1:4861827/50‑1 CTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA > 1:5962192/1‑49 TGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA > 1:5149256/1‑50 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA > 1:7256862/1‑49 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA > 1:860337/1‑49 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATA < 1:4317018/50‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAAT < 1:475963/49‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAAT > 1:5445956/1‑49 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA < 1:3836966/48‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA < 1:7639214/48‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA < 1:100314/48‑1 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:3400767/1‑49 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:1248720/1‑49 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:3095589/1‑49 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:2555337/1‑49 GGTTCCGTATCGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA < 1:6539273/48‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATA > 1:2707530/1‑50 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATA < 1:486570/50‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAAT < 1:1905207/49‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC < 1:2167172/50‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > 1:1729676/1‑50 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > 1:5093781/1‑50 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |