Predicted mutation | ||||||
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MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 117 [5] | [0] 112 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1997111 | 5 (0.050) | 107 (0.990) | 59/98 | 0.0 | 97.7% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCCCTG > NC_000913/1997062‑1997160 | ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGGGAGGCTGCTCgg > 1:5874791/1‑50 (MQ=255) ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCgg < 1:6027881/50‑1 (MQ=255) ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCCCgg > 1:676643/1‑50 (MQ=255) ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGGGGCTGCTCgg > 1:5837818/1‑50 (MQ=255) ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGCGCCGAGGTTGGTCgg > 1:55815/1‑50 (MQ=255) tattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGGGAGGGTGCTCggg > 1:5043601/1‑50 (MQ=38) tATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGt > 1:812833‑M1/1‑49 (MQ=255) attGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCgggt > 1:4294737/1‑49 (MQ=255) aTTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCCCGGtt > 1:7991322‑M1/1‑48 (MQ=255) ttGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGGGGCTGCTCgggtc > 1:5150496/1‑48 (MQ=39) ttGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGtt < 1:962238‑M1/49‑3 (MQ=255) 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gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccg < 1:3761424‑M1/50‑39 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc > 1:5803212‑M1/1‑12 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccga < 1:3158912‑M1/50‑40 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaa > 1:5349394‑M1/1‑9 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaa < 1:503116‑M1/50‑43 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaa < 1:4861827‑M1/50‑43 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaa > 1:5962192‑M1/1‑8 (MQ=255) tgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa > 1:5149256‑M1/1‑7 (MQ=255) gctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa > 1:860337‑M1/1‑6 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaata < 1:4317018‑M1/50‑46 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat > 1:5445956‑M1/1‑5 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:475963‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |