Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 117 [5] | [0] 112 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1997111 | 5 (0.050) | 107 (0.990) | 59/98 | 0.0 | 97.7% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AATTTTTAATTTGCTGGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACC > NC_000913/2023630‑2023728 | tattgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggt > 1:812833‑M2/50‑50 (MQ=255) ttgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggtt < 1:962238‑M2/2‑1 (MQ=255) tgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc > 1:7616914‑M2/47‑50 (MQ=255) tgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggggcgagggtgctcggTTcc > 1:2669161‑M2/47‑50 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:4715829‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:7247377‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:3930851‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:6184478‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCg > 1:1198444‑M2/46‑50 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCg > 1:1878381‑M2/46‑50 (MQ=255) cagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCg < 1:1055520‑M2/5‑1 (MQ=255) cagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGt < 1:8238255‑M2/6‑1 (MQ=255) agcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa < 1:5009071‑M2/7‑1 (MQ=255) gcataaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTaa < 1:6537682‑M2/8‑1 (MQ=255) gcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTaa < 1:6227208‑M2/8‑1 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctggtcggTTTCGGAAc > 1:1195350‑M2/42‑50 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 1:294788‑M2/9‑1 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 1:6938235‑M2/9‑1 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcggggctgctcggTTCCCTAACg > 1:6081000‑M2/41‑50 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACg < 1:3227789‑M2/10‑1 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACg < 1:1960906‑M2/10‑1 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACg < 1:5486487‑M2/10‑1 (MQ=255) tctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTTCGTAACGTTTATCa > 1:7235525‑M2/34‑50 (MQ=255) tctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAAGTTTATCa > 1:4002984‑M2/34‑50 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATc < 1:22466‑M2/16‑1 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATc < 1:1242889‑M2/16‑1 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATc < 1:7821269‑M2/16‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCAt < 1:2898640‑M2/18‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGtt < 1:4612766‑M2/21‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGtt < 1:4875251‑M2/21‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt < 1:7894487‑M2/20‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTAGCATGt < 1:4204292‑M2/20‑1 (MQ=255) aggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTa < 1:850783‑M2/22‑1 (MQ=255) ggaactgtcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt > 1:7805183‑M2/28‑50 (MQ=255) ggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt < 1:5713528‑M2/23‑1 (MQ=255) ggaaccggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt < 1:403654‑M2/23‑1 (MQ=255) aactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc < 1:4609915‑M2/25‑1 (MQ=255) aactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc < 1:5289632‑M2/25‑1 (MQ=255) aactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc > 1:7973318‑M2/26‑50 (MQ=255) aactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc < 1:2001091‑M2/25‑1 (MQ=255) aactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc < 1:1604500‑M2/25‑1 (MQ=255) ctggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:1943621‑M2/24‑49 (MQ=255) ctggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTa < 1:1067381‑M2/27‑1 (MQ=255) ctggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTa < 1:6965466‑M2/27‑1 (MQ=255) ggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg > 1:809180‑M2/22‑50 (MQ=255) ggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg > 1:2362104‑M2/22‑50 (MQ=255) ggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg > 1:4747334‑M2/22‑50 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTaa < 1:8313872‑M2/28‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAgg < 1:3678492‑M2/30‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAgg < 1:5429276‑M2/30‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:866765‑M2/29‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:7208421‑M2/29‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:3834540‑M2/29‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:1680762‑M2/29‑1 (MQ=255) cgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGa > 1:4919129‑M2/20‑50 (MQ=255) cgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGa < 1:3205472‑M2/31‑1 (MQ=255) gggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAt > 1:4560305‑M2/19‑50 (MQ=255) gggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAt < 1:7654230‑M2/32‑1 (MQ=255) ggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAtt < 1:4873329‑M2/33‑1 (MQ=255) gtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa > 1:4563662‑M2/17‑50 (MQ=255) gtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa > 1:4138480‑M2/17‑50 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAt < 1:7503532‑M2/35‑1 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAt < 1:541095‑M2/35‑1 (MQ=255) gcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATc > 1:1017184‑M2/15‑50 (MQ=255) gcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATc > 1:37863‑M2/15‑50 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATc < 1:6547551‑M2/36‑1 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATc < 1:6536558‑M2/36‑1 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 1:5803212‑M2/13‑49 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCg < 1:3761424‑M2/38‑1 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGa < 1:3158912‑M2/39‑1 (MQ=255) gctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaa < 1:4994053‑M2/41‑1 (MQ=255) gctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaa > 1:5349394‑M2/10‑49 (MQ=255) ctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaa < 1:503116‑M2/42‑1 (MQ=255) ctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaa < 1:4861827‑M2/42‑1 (MQ=255) ctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaa > 1:5962192‑M2/9‑49 (MQ=255) gctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaaa > 1:860337‑M2/7‑49 (MQ=255) gctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaaa > 1:7256862‑M2/7‑49 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaaa < 1:100314‑M2/43‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaaa < 1:3836966‑M2/43‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaata < 1:4317018‑M2/45‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaat < 1:475963‑M2/44‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaat > 1:5445956‑M2/6‑49 (MQ=255) cggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa > 1:1248720‑M2/4‑49 (MQ=255) cggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa > 1:2555337‑M2/4‑49 (MQ=255) cggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa > 1:3095589‑M2/4‑49 (MQ=255) cggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa > 1:3400767‑M2/4‑49 (MQ=255) ggTTCCGTATCGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa < 1:6539273‑M2/46‑1 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataat < 1:1905207‑M2/47‑1 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAataata > 1:2707530‑M2/3‑50 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAataata < 1:486570‑M2/48‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:32923‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc < 1:7899800‑M2/49‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:5093781‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc < 1:2167172‑M2/49‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:1729676‑M2/2‑50 (MQ=255) ttCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAcc > 1:7677403/1‑50 (MQ=255) ttCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAcc > 1:7643024/1‑50 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |