| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 176 [0] | [0] 175 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 167 (1.580) | 79/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:1157870/1‑50 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG > 1:2457846/1‑50 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT < 1:5569806/50‑1 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:707277/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:2938326/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC < 1:2668745/49‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC < 1:6697419/50‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:260061/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT < 1:7908041/49‑1 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:4299434/1‑49 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 1:6006877/50‑1 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 1:7406228/50‑1 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 1:2021740/1‑50 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 1:4673546/1‑50 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 1:6325744/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:4725367/50‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:6052133/49‑1 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:5760810/1‑50 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:674689/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:3715254/1‑50 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:6589557/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:4103657/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:5229898/49‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:3060576/1‑49 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA < 1:3315109/50‑1 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:3492671/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA < 1:4790768/50‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:2791657/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:7343547/49‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:4209928/49‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:4288276/1‑50 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:5465548/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:3928510/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:4038688/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:284633/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:7644343/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:7736749/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:8069944/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:1350951/48‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTATCCACATGCGATATTT < 1:7178063/49‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:5819798/1‑50 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:5438451/1‑50 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT < 1:1433240/50‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC < 1:1685942/49‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:5794857/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT > 1:1076874/1‑49 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:8112379/49‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:4245060/49‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 1:4363211/1‑49 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 1:5788594/1‑49 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA < 1:3035543/50‑1 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:825857/1‑49 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:7529292/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCTCATGCGATATTTCTTAAATA < 1:2802385/50‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA < 1:2463177/50‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:4445252/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:2103945/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:3622586/1‑49 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA > 1:9205/1‑50 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA > 1:100311/1‑50 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 1:7160656/1‑50 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 1:4737067/1‑50 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 1:5942233/1‑50 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 1:2107002/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:153350/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 1:6182667/49‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:7619611/48‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:5907520/48‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:4432307/48‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG < 1:2378623/49‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAACGT < 1:5057867/50‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:2185725/1‑50 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:6660884/1‑50 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:7791503/1‑50 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:5854075/50‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA > 1:5140327/1‑50 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 1:6997818/49‑1 TACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:3578506/1‑49 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA > 1:7949919/1‑50 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:4113190/48‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 1:3898325/50‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 1:5330385/50‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 1:7291943/50‑1 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:5098859/50‑1 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:1948083/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 1:4643761/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:2194258/1‑50 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 1:2389408/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 1:6385566/50‑1 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:6866514/1‑49 TTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA > 1:3423988/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTTCCA < 1:3269763/49‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC > 1:6168830/1‑50 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT > 1:4702115/1‑50 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 1:2729528/49‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 1:4311386/49‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 1:1251875/49‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:7044072/50‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT < 1:7005849/50‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT < 1:8313861/50‑1 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |