| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 176 [0] | [0] 175 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 167 (1.580) | 79/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAAA > NC_000913/2101347‑2101445 | tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:1157870‑M1/1‑50 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:2457846‑M1/1‑49 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgt < 1:5569806‑M1/50‑3 (MQ=255) taAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc > 1:707277‑M1/1‑47 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct > 1:2938326‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc < 1:2668745‑M1/49‑4 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc < 1:6697419‑M1/50‑6 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:260061‑M1/1‑45 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct < 1:7908041‑M1/49‑5 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:4299434‑M1/1‑44 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac < 1:6006877‑M1/50‑9 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac < 1:7406228‑M1/50‑9 (MQ=255) ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca > 1:2021740‑M1/1‑41 (MQ=255) ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca > 1:4673546‑M1/1‑41 (MQ=255) ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca > 1:6325744‑M1/1‑41 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:4725367‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:6052133‑M1/49‑10 (MQ=255) aaaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg > 1:5760810‑M1/1‑39 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:674689‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc > 1:3715254‑M1/1‑38 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:6589557‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:4103657‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:5229898‑M1/49‑12 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc > 1:3060576‑M1/1‑37 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:3315109‑M1/50‑15 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:3492671‑M1/1‑36 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata < 1:4790768‑M1/50‑17 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata > 1:2791657‑M1/1‑34 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:7343547‑M1/49‑16 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:4209928‑M1/49‑16 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:4288276‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:5465548‑M1/1‑33 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:3928510‑M1/1‑31 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:4038688‑M1/1‑31 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:284633‑M1/1‑31 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:7644343‑M1/1‑31 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:7736749‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:8069944‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:1350951‑M1/48‑19 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtatccacatgcgatattt < 1:7178063‑M1/49‑20 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:5819798‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:5438451‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:1433240‑M1/50‑22 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc < 1:1685942‑M1/49‑21 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta < 1:5794857‑M1/50‑24 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:1076874‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:8112379‑M1/49‑23 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:4245060‑M1/49‑23 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta > 1:4363211‑M1/1‑26 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta > 1:5788594‑M1/1‑26 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa < 1:3035543‑M1/50‑26 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:825857‑M1/1‑24 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:7529292‑M1/1‑24 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcctcatgcgatatttcttaaata < 1:2802385‑M1/50‑28 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaata < 1:2463177‑M1/50‑28 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat > 1:4445252‑M1/1‑23 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat > 1:2103945‑M1/1‑23 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat > 1:3622586‑M1/1‑23 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa > 1:9205‑M1/1‑22 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa > 1:100311‑M1/1‑22 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat > 1:7160656‑M1/1‑21 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat > 1:4737067‑M1/1‑21 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat > 1:5942233‑M1/1‑21 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat > 1:2107002‑M1/1‑21 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:153350‑M1/1‑20 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat < 1:6182667‑M1/49‑30 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:7619611‑M1/48‑29 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:5907520‑M1/48‑29 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:4432307‑M1/48‑29 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg < 1:2378623‑M1/49‑31 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataacgt < 1:5057867‑M1/50‑32 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:2185725‑M1/1‑18 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:6660884‑M1/1‑18 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:7791503‑M1/1‑18 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt < 1:5854075‑M1/50‑34 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta > 1:5140327‑M1/1‑15 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt < 1:6997818‑M1/49‑35 (MQ=255) tACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat > 1:3578506‑M1/1‑13 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta > 1:7949919‑M1/1‑12 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat < 1:4113190‑M1/48‑37 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatt < 1:3898325‑M1/50‑41 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatt < 1:5330385‑M1/50‑41 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatt < 1:7291943‑M1/50‑41 (MQ=255) gCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatta < 1:5098859‑M1/50‑42 (MQ=255) gCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatta < 1:1948083‑M1/50‑42 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac < 1:4643761‑M1/50‑43 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac > 1:2194258‑M1/1‑8 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac < 1:2389408‑M1/50‑43 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac < 1:6385566‑M1/50‑43 (MQ=255) tttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac > 1:6866514‑M1/1‑7 (MQ=255) ttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacca > 1:3423988‑M1/1‑6 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatttcca < 1:3269763‑M1/49‑45 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac > 1:6168830‑M1/1‑5 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact > 1:4702115‑M1/1‑4 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac < 1:2729528‑M1/49‑46 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac < 1:4311386‑M1/49‑46 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac < 1:1251875‑M1/49‑46 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt < 1:7044072‑M1/50‑48 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactttt < 1:7005849‑M1/50‑50 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactttt < 1:8313861‑M1/50‑50 (MQ=255) | TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAAA > NC_000913/2101347‑2101445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |