| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 176 [0] | [0] 175 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 167 (1.580) | 79/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 | attaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 1:2457846‑M2/50‑50 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg < 1:7065351‑M2/1‑1 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGt < 1:5569806‑M2/2‑1 (MQ=255) taaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc > 1:2795443‑M2/48‑50 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct > 1:7012724‑M2/47‑50 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct > 1:2938326‑M2/47‑50 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc < 1:6950474‑M2/3‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc < 1:6697419‑M2/5‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:2144540‑M2/46‑50 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc < 1:2697234‑M2/5‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct < 1:7908041‑M2/4‑1 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:740596‑M2/45‑49 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:3619762‑M2/7‑1 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 1:5822242‑M2/44‑50 (MQ=255) tataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac < 1:6006877‑M2/8‑1 (MQ=255) tataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac < 1:6074918‑M2/8‑1 (MQ=255) tataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac < 1:2863867‑M2/8‑1 (MQ=255) ataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca > 1:6325744‑M2/42‑50 (MQ=255) ataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca > 1:4673546‑M2/42‑50 (MQ=255) aaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg > 1:3511544‑M2/40‑50 (MQ=255) aaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg > 1:7893805‑M2/40‑50 (MQ=255) aaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg > 1:3072561‑M2/40‑50 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:5229898‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc > 1:814241‑M2/39‑50 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc > 1:3715254‑M2/39‑50 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:3315109‑M2/14‑1 (MQ=255) agcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:4217443‑M2/36‑49 (MQ=255) agcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:5055357‑M2/36‑49 (MQ=255) agcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:2627070‑M2/36‑49 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata < 1:4790768‑M2/16‑1 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat < 1:6513748‑M2/15‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:5465548‑M2/34‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 1:2104294‑M2/17‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:4288276‑M2/34‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 1:2844154‑M2/17‑1 (MQ=255) ttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt > 1:2378917‑M2/33‑50 (MQ=255) tatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt > 1:4038688‑M2/32‑50 (MQ=255) tatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt > 1:3928510‑M2/32‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:5293407‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt < 1:1350951‑M2/18‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:5091794‑M2/31‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:8069944‑M2/31‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:7736749‑M2/31‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTATCCACATGCGATAttt < 1:7178063‑M2/19‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc < 1:4301443‑M2/20‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:1575804‑M2/30‑50 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:1260112‑M2/30‑50 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:5819798‑M2/30‑50 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:4245060‑M2/22‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa < 1:5794857‑M2/23‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa > 1:6765883‑M2/27‑49 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa > 1:4363211‑M2/27‑49 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa > 1:1823759‑M2/27‑49 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa > 1:3270848‑M2/27‑49 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:5389228‑M2/25‑1 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:3035543‑M2/25‑1 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:7529292‑M2/25‑49 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:825857‑M2/25‑49 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:1088455‑M2/25‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 1:4445252‑M2/24‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 1:3622586‑M2/24‑49 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:9205‑M2/23‑50 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:100311‑M2/23‑50 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat > 1:4737067‑M2/22‑50 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat > 1:5942233‑M2/22‑50 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat < 1:6182667‑M2/29‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa < 1:4705794‑M2/28‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa < 1:4179725‑M2/28‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:4394575‑M2/21‑50 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg < 1:5893783‑M2/30‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAGTTCTTAAATAATg < 1:659226‑M2/30‑1 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:2185725‑M2/19‑50 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:709468‑M2/34‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTtta < 1:1489924‑M2/35‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTtta > 1:5140327‑M2/16‑50 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta > 1:1226942‑M2/13‑50 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta > 1:7949919‑M2/13‑50 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatt < 1:5778836‑M2/37‑1 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat < 1:4113190‑M2/36‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat < 1:2030872‑M2/39‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:6354399‑M2/12‑50 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:2278690‑M2/12‑50 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:7635036‑M2/11‑49 (MQ=255) gctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatta < 1:1948083‑M2/41‑1 (MQ=255) ctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc < 1:6030015‑M2/42‑1 (MQ=255) ctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc < 1:4643761‑M2/42‑1 (MQ=255) tttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc > 1:2486756‑M2/8‑49 (MQ=255) ttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCa > 1:3423988‑M2/7‑50 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 1:2729528‑M2/45‑1 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 1:6729038‑M2/45‑1 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACt > 1:7599593‑M2/5‑50 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt < 1:7314067‑M2/47‑1 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:7203204‑M2/3‑50 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:4691915‑M2/3‑50 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtttt < 1:4071823‑M2/49‑1 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtttt < 1:7005849‑M2/49‑1 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtttt < 1:8313861‑M2/49‑1 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:2390908‑M2/2‑49 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt < 1:568822‑M2/48‑1 (MQ=255) gtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtttt > 1:1048736/1‑49 (MQ=255) | TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |