| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,509,562 | Δ46,201 bp | [hicB]–maeA | 43 genes [hicB], ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, rhsE, ydcD, yncO, yncI, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU, yddJ, yddK, yddL, yddG, fdnG, fdnH, fdnI, yddM, adhP, maeA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1509562 | 1555762 | 46201 | 153 [0] | [0] 148 | [hicB]–maeA | [hicB],ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,rhsE,ydcD,yncO,yncI,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU,yddJ,yddK,yddL,yddG,fdnG,fdnH,fdnI,yddM,adhP,maeA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1509561 | 0 (0.000) | 148 (1.370) | 76/98 | 0.0 | 100% | coding (54/417 nt) | hicB | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913 | 1555763 = | 0 (0.000) | intergenic (‑94/+63) | maeA/sra | malate dehydrogenase, NAD‑requiring/30S ribosomal subunit protein S22 | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAG > NC_000913/1555714‑1555809 | ttatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta < 1:1758751‑M2/1‑1 (MQ=255)ttatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta < 1:1891397‑M2/1‑1 (MQ=255) tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:3165430‑M2/49‑49 (MQ=255) tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:5227653‑M2/49‑49 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 1:5884175‑M2/47‑49 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:1051441‑M2/4‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:8207045‑M2/4‑1 (MQ=255) tcccgacactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:2148109‑M2/4‑1 (MQ=255) cccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc > 1:7813066‑M2/46‑49 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa > 1:1044946‑M2/45‑49 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa > 1:2410589‑M2/45‑49 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa > 1:5460022‑M2/45‑49 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa < 1:3562228‑M2/5‑1 (MQ=255) cgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaa < 1:7864347‑M2/7‑1 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaa < 1:482085‑M2/8‑1 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaa < 1:5778688‑M2/8‑1 (MQ=255) tcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa > 1:2025108‑M2/42‑50 (MQ=255) cactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa > 1:78530‑M2/41‑49 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca > 1:8172270‑M2/40‑50 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca < 1:5011949‑M2/11‑1 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca > 1:4090512‑M2/40‑50 (MQ=255) ctcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAacac < 1:5741803‑M2/12‑1 (MQ=255) ctcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAacac < 1:2691192‑M2/12‑1 (MQ=255) 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cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:8038223‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTg < 1:1631144‑M2/17‑1 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:6393143‑M2/32‑50 (MQ=255) cccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcgc < 1:2855402‑M2/20‑1 (MQ=255) ccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:2353672‑M2/30‑48 (MQ=255) ccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCa < 1:1833714‑M2/21‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg > 1:2753733‑M2/29‑50 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:3896491‑M2/22‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:7468826‑M2/22‑1 (MQ=255) gcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAgg < 1:3139419‑M2/23‑1 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc < 1:5875024‑M2/24‑1 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc > 1:7452122‑M2/26‑49 (MQ=255) 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aaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgt > 1:2119775‑M2/21‑50 (MQ=255) aggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtg > 1:1244460‑M2/20‑50 (MQ=255) ggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtgt < 1:4393494‑M2/32‑1 (MQ=255) ggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtgt < 1:7172405‑M2/32‑1 (MQ=255) ggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtgt < 1:7295103‑M2/32‑1 (MQ=255) ggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtgt < 1:1837028‑M2/32‑1 (MQ=255) ggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtgt > 1:4395988‑M2/19‑50 (MQ=255) gcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGtt < 1:112586‑M2/33‑1 (MQ=255) cggttatatggtttctAAACAAAAAGACCATTGCGCAGGCAATGGTGttt < 1:7897822‑M2/34‑1 (MQ=255) cggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGtt > 1:3411530‑M2/17‑49 (MQ=255) ggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGttt > 1:4229994‑M2/16‑49 (MQ=255) ggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGttt > 1:7738682‑M2/16‑49 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |