| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,509,562 | Δ46,201 bp | [hicB]–maeA | 43 genes [hicB], ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, rhsE, ydcD, yncO, yncI, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU, yddJ, yddK, yddL, yddG, fdnG, fdnH, fdnI, yddM, adhP, maeA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1509562 | 1555762 | 46201 | 153 [0] | [0] 148 | [hicB]–maeA | [hicB],ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,rhsE,ydcD,yncO,yncI,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU,yddJ,yddK,yddL,yddG,fdnG,fdnH,fdnI,yddM,adhP,maeA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1509561 | 0 (0.000) | 148 (1.370) | 76/98 | 0.0 | 100% | coding (54/417 nt) | hicB | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913 | 1555763 = | 0 (0.000) | intergenic (‑94/+63) | maeA/sra | malate dehydrogenase, NAD‑requiring/30S ribosomal subunit protein S22 | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGA > NC_000913/1509512‑1509608 | gTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCt < 1:4737476/50‑1 (MQ=255) ttATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCt > 1:6151858/1‑49 (MQ=255) ttATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTa < 1:1891397‑M1/50‑2 (MQ=255) tATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTa > 1:5227653‑M1/1‑48 (MQ=255) tCCCGACACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaac < 1:2148109‑M1/50‑5 (MQ=255) ccGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaa < 1:8028493‑M1/50‑7 (MQ=255) ccGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaaca > 1:1044946‑M1/1‑44 (MQ=255) ccGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaaca > 1:5460022‑M1/1‑44 (MQ=255) ccGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaaca < 1:2626108‑M1/49‑6 (MQ=255) ccGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaaca > 1:2410589‑M1/1‑44 (MQ=255) cGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaa > 1:3463509‑M1/1‑43 (MQ=255) 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gcCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggc > 1:1974423‑M1/1‑25 (MQ=255) gcCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggc > 1:7452122‑M1/1‑25 (MQ=255) ccGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaa < 1:4031420‑M1/50‑27 (MQ=255) ccGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaa < 1:3159544‑M1/50‑27 (MQ=255) ccGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaa > 1:7702763‑M1/1‑24 (MQ=255) cGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaat < 1:5386936‑M1/50‑28 (MQ=255) cGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaat > 1:8089875‑M1/1‑23 (MQ=255) cGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaat > 1:785914‑M1/1‑23 (MQ=255) ggAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatg > 1:4995770‑M1/1‑22 (MQ=255) gAAGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatgg > 1:6831774‑M1/1‑21 (MQ=255) aaGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggt > 1:444791‑M1/1‑20 (MQ=255) aaGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggt > 1:2119775‑M1/1‑20 (MQ=255) aaGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggt > 1:6358117‑M1/1‑20 (MQ=255) aGGCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtg < 1:4078888‑M1/50‑32 (MQ=255) ggCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgt < 1:7172405‑M1/50‑33 (MQ=255) ggCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgt < 1:4393494‑M1/50‑33 (MQ=255) ggCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgt < 1:1837028‑M1/50‑33 (MQ=255) gCGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtt < 1:112586‑M1/50‑34 (MQ=255) cGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaagaccattgcgcaggcaatggtgttt < 1:7897822‑M1/50‑35 (MQ=255) cGGTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtt > 1:1840495‑M1/1‑16 (MQ=255) ggTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgttta < 1:1006858‑M1/50‑36 (MQ=255) ggTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgttt > 1:4363026‑M1/1‑15 (MQ=255) ggTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgttt > 1:3231165‑M1/1‑15 (MQ=255) gTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaa > 1:1760831‑M1/1‑14 (MQ=255) gTTATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaa > 1:1705891‑M1/1‑14 (MQ=255) ttATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaat > 1:4543088‑M1/1‑13 (MQ=255) ttATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaat > 1:257519‑M1/1‑13 (MQ=255) ttATATGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggcgtttaat > 1:5099404‑M1/1‑13 (MQ=255) tataTGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatc > 1:2762728‑M1/1‑12 (MQ=255) tataTGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatc > 1:4742190‑M1/1‑12 (MQ=255) atatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcg > 1:7485737‑M1/1‑11 (MQ=255) atatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatc < 1:602701‑M1/49‑39 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt > 1:6759489‑M1/1‑10 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt < 1:1297071‑M1/50‑41 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt > 1:1117549‑M1/1‑10 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt < 1:7750813‑M1/50‑41 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt < 1:7739878‑M1/50‑41 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcg < 1:1297967‑M1/49‑40 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcg < 1:2349567‑M1/49‑40 (MQ=255) tatGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcg < 1:6737457‑M1/49‑40 (MQ=255) atGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgt > 1:3065917‑M1/1‑9 (MQ=255) tGGTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgtca > 1:367232‑M1/1‑8 (MQ=255) gTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgtcatt < 1:6806296‑M1/50‑45 (MQ=255) gTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgtcatt > 1:8218777‑M1/1‑6 (MQ=255) gTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgtcat < 1:2341364‑M1/49‑44 (MQ=255) gTTTCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgtcat < 1:1773222‑M1/49‑44 (MQ=255) tttCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgtcattg < 1:7363449‑M1/50‑46 (MQ=255) tttCTaaacaaaaacaccattgcgcaggcaatggtgtttaatcgtcatt > 1:7991849‑M1/1‑5 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |