| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,197,137 | 25956 bp→CAGATAATTCAA | [ymfD]–[ymgI] | 42 genes [ymfD], ymfE, lit, intE, xisE, ymfH, ymfI, ymfJ, ymfK, ymfT, ymfL, ymfM, oweE, ymfN, aaaE, ymfR, beeE, jayE, ymfQ, ycfK, tfaP, tfaE, stfE, pinE, mcrA, icdC, iraM, ymgK, ymgL, ycgX, bluR, bluF, ycgZ, ymgA, ariR, ymgC, pdeG, ymgF, ycgH, ymgD, ymgG, [ymgI] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1197137 | 1223092 | 25956 | 210 [0] | [0] 209 | [ymfD]–[ymgI] | [ymfD],ymfE,lit,intE,xisE,ymfH,ymfI,ymfJ,ymfK,ymfT,ymfL,ymfM,oweE,ymfN,aaaE,ymfR,beeE,jayE,ymfQ,ycfK,tfaP,tfaE,stfE,pinE,mcrA,icdC,iraM,ymgK,ymgL,ycgX,bluR,bluF,ycgZ,ymgA,ariR,ymgC,pdeG,ymgF,ycgH,ymgD,ymgG,[ymgI] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1197136 | 0 (0.000) | 162 (2.000) +CAGATAATTCAA |
66/74 | 0.0 | 100% | coding (397/666 nt) | ymfD | e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 1223093 = | 0 (0.000) | coding (71/174 nt) | ymgI | uncharacterized protein YmgI | |||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
ATAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGAACGGCAGAGAGAACATTAGAGCAA > NC_000913/1197087‑1197185 | aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt < 1:7903342/50‑1 (MQ=255)aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:2013421/1‑50 (MQ=255) aaGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:7047016/1‑48 (MQ=255) aaGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:2679050/1‑48 (MQ=255) gagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga < 1:794504‑M1/50‑5 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagat < 1:3472782‑M1/50‑6 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagat < 1:5200053‑M1/50‑6 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagat < 1:6053773‑M1/50‑6 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga > 1:17831‑M1/1‑45 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga > 1:4814468‑M1/1‑45 (MQ=255) tctcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataa > 1:4233935‑M1/1‑43 (MQ=255) 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1:6196420‑M1/1‑13 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta > 1:3372076‑M1/1‑13 (MQ=255) gCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat > 1:7740506‑M1/1‑12 (MQ=255) gCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat > 1:76556‑M1/1‑12 (MQ=255) gCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat > 1:7624018‑M1/1‑12 (MQ=255) gCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat > 1:885937‑M1/1‑12 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg < 1:2407332‑M1/50‑40 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat < 1:5286920‑M1/49‑39 (MQ=255) tAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgt > 1:2645110‑M1/1‑10 (MQ=255) tAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgt > 1:111129‑M1/1‑10 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt > 1:723211‑M1/1‑8 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt < 1:7529935‑M1/50‑43 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt < 1:575504‑M1/49‑42 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |