| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,320,144 | Δ16,489 bp | [atoS]–[yfaA] | [atoS], atoC, atoD, atoA, atoE, atoB, yfaP, yfaQ, yfaS, yfaT, [yfaA] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2320144 | 2336632 | 16489 | 141 [0] | [0] 139 | [atoS]–[yfaA] | [atoS],atoC,atoD,atoA,atoE,atoB,yfaP,yfaQ,yfaS,yfaT,[yfaA] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2320143 | 0 (0.000) | 135 (1.280) | 72/96 | 0.0 | 100% | coding (101/1827 nt) | atoS | sensory histidine kinase AtoS |
| ? | NC_000913 | 2336633 = | 0 (0.000) | coding (12/1689 nt) | yfaA | DUF2138 domain‑containing protein YfaA | |||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TTGCGCCAAAACCTACAAGACCATAGAACCGCCAGCCTTTCGCCTTTTTTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACGG > NC_000913/2336584‑2336682 | tgatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatt > 1:8128728‑M2/50‑50 (MQ=255) gatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt > 1:7219642‑M2/49‑50 (MQ=255) gatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt > 1:7715727‑M2/49‑50 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt < 1:7263452‑M2/2‑1 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt < 1:1021082‑M2/2‑1 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt > 1:3887571‑M2/48‑49 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt > 1:7089959‑M2/48‑49 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTc < 1:2787080‑M2/3‑1 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTc < 1:2543588‑M2/3‑1 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca < 1:6979553‑M2/4‑1 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca > 1:4736477‑M2/47‑50 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacc < 1:8092868‑M2/6‑1 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca < 1:7341792‑M2/7‑1 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca > 1:154445‑M2/44‑50 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac < 1:5513420‑M2/8‑1 (MQ=255) atcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACt < 1:3647038‑M2/9‑1 (MQ=255) atcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACt < 1:4893766‑M2/9‑1 (MQ=255) tcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTc < 1:5120859‑M2/10‑1 (MQ=255) tcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTc < 1:2975754‑M2/10‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCa < 1:4806724‑M2/11‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCa < 1:6084857‑M2/11‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAt > 1:4399275‑M2/39‑50 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAt < 1:6175085‑M2/12‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAt < 1:1706007‑M2/12‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAt < 1:6851527‑M2/12‑1 (MQ=255) tgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt > 1:714491‑M2/38‑50 (MQ=255) gatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTg > 1:7209425‑M2/37‑50 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt < 1:3394228‑M2/13‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt < 1:3227305‑M2/13‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt < 1:7450805‑M2/13‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTg < 1:6128979‑M2/14‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTg < 1:2276773‑M2/14‑1 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcac < 1:2863330‑M2/18‑1 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcac < 1:4220915‑M2/18‑1 (MQ=255) tcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca > 1:8006955‑M2/32‑50 (MQ=255) tcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca > 1:7359180‑M2/32‑50 (MQ=255) tcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca < 1:3126462‑M2/19‑1 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAtt < 1:6433520‑M2/21‑1 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAtt < 1:4307967‑M2/21‑1 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt < 1:5749604‑M2/20‑1 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt < 1:5588263‑M2/20‑1 (MQ=255) ttgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTc < 1:7670988‑M2/22‑1 (MQ=255) tgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTcc > 1:1222130‑M2/28‑50 (MQ=255) tgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTcc > 1:5366601‑M2/28‑50 (MQ=255) gtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTcc < 1:1999396‑M2/23‑1 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt < 1:5039727‑M2/25‑1 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt > 1:635123‑M2/26‑50 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt < 1:1974516‑M2/25‑1 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt > 1:7492996‑M2/26‑50 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCt < 1:4077951‑M2/24‑1 (MQ=255) tcccaacgctactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtg < 1:7653604‑M2/26‑1 (MQ=255) caacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:4358714‑M2/23‑50 (MQ=255) aactcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:4960408‑M2/22‑49 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTgtgt < 1:5361895‑M2/29‑1 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtat < 1:3769009‑M2/31‑1 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtat < 1:3876945‑M2/31‑1 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:3994104‑M2/20‑49 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtata < 1:925765‑M2/32‑1 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:1043306‑M2/19‑48 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:6048114‑M2/19‑48 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:5776558‑M2/19‑48 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:5194563‑M2/18‑50 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:6350870‑M2/18‑50 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:1839615‑M2/18‑50 (MQ=255) ttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:5012960‑M2/17‑50 (MQ=255) ttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:4761355‑M2/17‑50 (MQ=255) ttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:7469998‑M2/17‑50 (MQ=255) tactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:2372274‑M2/16‑49 (MQ=255) tactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:6577958‑M2/16‑49 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagcc < 1:2668133‑M2/35‑1 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc < 1:930211‑M2/34‑1 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCTACATTCCTTGTGTATagcca < 1:4690131‑M2/36‑1 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccag > 1:7123482‑M2/14‑50 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccag < 1:7961581‑M2/37‑1 (MQ=255) tattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc > 1:4260771‑M2/13‑50 (MQ=255) attggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc > 1:2034780‑M2/12‑49 (MQ=255) attggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc > 1:5570986‑M2/12‑49 (MQ=255) attggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc > 1:742840‑M2/12‑49 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc < 1:2386789‑M2/38‑1 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAgccagcca < 1:154123‑M2/40‑1 (MQ=255) tggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAt > 1:7336579‑M2/10‑50 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt > 1:1784684‑M2/9‑50 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttt < 1:3464479‑M2/43‑1 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttt < 1:6543725‑M2/43‑1 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttt > 1:4695355‑M2/8‑50 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttt > 1:7041197‑M2/8‑50 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt < 1:727415‑M2/42‑1 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt < 1:5122091‑M2/42‑1 (MQ=255) tatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:158628‑M2/6‑50 (MQ=255) tatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:4476475‑M2/6‑50 (MQ=255) tatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:3746606‑M2/6‑50 (MQ=255) tatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:6303373‑M2/6‑50 (MQ=255) atatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt < 1:2469270‑M2/45‑1 (MQ=255) atatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:4060889‑M2/5‑49 (MQ=255) atatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt < 1:6132289‑M2/45‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |