| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,040,502 | Δ73,763 bp | [appX]–[mdtG] | 75 genes [appX], appA, etk, etp, gfcE, gfcD, gfcC, gfcB, gfcA, insA‑4, insB‑4, cspH, cspG, ymcF, ymcE, gnsA, yccM, torS, torT, torR, torC, torA, torD, cbpM, cbpA, yccE, agp, yccJ, wrbA, ymdF, rutG, rutF, rutE, rutD, rutC, rutB, rutA, rutR, putA, ymdG, putP, efeU, efeO, efeB, phoH, pgaD, pgaC, pgaB, pgaA, dgcT, insF‑4, insE‑4, ymdE, ycdU, serX, ghrA, ycdX, ycdY, ycdZ, csgG, csgF, csgE, csgD, csgB, csgA, csgC, ymdA, ymdB, clsC, opgC, opgG, opgH, yceK, msyB, [mdtG] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1040502 | 1114264 | 73763 | 99 [0] | [0] 96 | [appX]–[mdtG] | [appX],appA,etk,etp,gfcE,gfcD,gfcC,gfcB,gfcA,insA‑4,insB‑4,cspH,cspG,ymcF,ymcE,gnsA,yccM,torS,torT,torR,torC,torA,torD,cbpM,cbpA,yccE,agp,yccJ,wrbA,ymdF,rutG,rutF,rutE,rutD,rutC,rutB,rutA,rutR,putA,ymdG,putP,efeU,efeO,efeB,phoH,pgaD,pgaC,pgaB,pgaA,dgcT,insF‑4,insE‑4,ymdE,ycdU,serX,ghrA,ycdX,ycdY,ycdZ,csgG,csgF,csgE,csgD,csgB,csgA,csgC,ymdA,ymdB,clsC,opgC,opgG,opgH,yceK,msyB,[mdtG] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1040501 | 0 (0.000) | 95 (0.970) | 61/96 | 0.0 | 100% | coding (57/93 nt) | appX | small protein AppX |
| ? | NC_000913 | 1114265 = | 0 (0.000) | coding (1226/1227 nt) | mdtG | efflux pump MdtG | |||||
AAGGATAGCTGATTCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGAA > NC_000913/1114219‑1114312 | actttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAg < 1:4377935‑M2/3‑1 (MQ=255)actttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAg < 1:1785681‑M2/3‑1 (MQ=255)actttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGt > 1:2229515‑M2/47‑50 (MQ=255) ctttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGtt > 1:2436104‑M2/46‑50 (MQ=255) ctttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGtt < 1:1155959‑M2/5‑1 (MQ=255) ctttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGtt > 1:6105597‑M2/46‑50 (MQ=255) ctttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGtt > 1:1002151‑M2/46‑50 (MQ=255) tggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc < 1:1026732‑M2/6‑1 (MQ=255) tggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc < 1:495895‑M2/6‑1 (MQ=255) ggttcgtcggcattttgttgatgtgttctctctccacccttCAGTTCGa > 1:7079599‑M2/42‑49 (MQ=255) ggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa < 1:1175363‑M2/8‑1 (MQ=255) ggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa > 1:3486468‑M2/42‑49 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGAt < 1:7386953‑M2/9‑1 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:1864100‑M2/10‑1 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:6897158‑M2/10‑1 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:3603880‑M2/10‑1 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa > 1:3168822‑M2/41‑50 (MQ=255) ttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc > 1:4011337‑M2/40‑50 (MQ=255) ttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc > 1:5815550‑M2/40‑50 (MQ=255) ttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc > 1:3341836‑M2/40‑50 (MQ=255) tcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAcc > 1:5987499‑M2/39‑50 (MQ=255) cgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAcc < 1:3770435‑M2/12‑1 (MQ=255) gtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCt < 1:6526862‑M2/13‑1 (MQ=255) 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cattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa > 1:3867892‑M2/32‑50 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt > 1:5496589‑M2/31‑50 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt < 1:5394303‑M2/20‑1 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt > 1:3123538‑M2/31‑50 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt > 1:6908799‑M2/31‑50 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt < 1:1803947‑M2/21‑1 (MQ=255) ttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTc < 1:5042177‑M2/22‑1 (MQ=255) tgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcga > 1:7413040‑M2/27‑50 (MQ=255) tgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcg < 1:1870860‑M2/23‑1 (MQ=255) gttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgac > 1:1870275‑M2/26‑50 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacg < 1:1610242‑M2/26‑1 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgac < 1:2449482‑M2/25‑1 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgac < 1:849924‑M2/25‑1 (MQ=255) tgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacga > 1:5775732‑M2/24‑50 (MQ=255) gatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac > 1:7552288‑M2/23‑50 (MQ=255) gatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac > 1:6185151‑M2/23‑50 (MQ=255) gatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac > 1:3466228‑M2/23‑50 (MQ=255) gatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacga < 1:5153956‑M2/27‑1 (MQ=255) gatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacga < 1:2881642‑M2/27‑1 (MQ=255) atgtgttcgctctccgcccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac < 1:5962072‑M2/28‑1 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac < 1:6556788‑M2/28‑1 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac < 1:4529861‑M2/28‑1 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac < 1:1368212‑M2/28‑1 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga > 1:7096902‑M2/21‑50 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga > 1:3245571‑M2/21‑50 (MQ=255) gtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac > 1:6147100‑M2/20‑50 (MQ=255) gtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac > 1:3813381‑M2/20‑50 (MQ=255) gtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac > 1:2910330‑M2/20‑50 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac < 1:4177479‑M2/31‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac < 1:3642422‑M2/31‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac < 1:7087619‑M2/31‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:514520‑M2/19‑50 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:5116214‑M2/19‑50 (MQ=255) gttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:2902387‑M2/18‑49 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGt < 1:998821‑M2/33‑1 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGt < 1:2405069‑M2/33‑1 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTa < 1:5715607‑M2/34‑1 (MQ=255) tcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:2076606‑M2/16‑47 (MQ=255) tcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:3974036‑M2/16‑47 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAg < 1:447686‑M2/35‑1 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGa > 1:906978‑M2/15‑50 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGa < 1:6135051‑M2/36‑1 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGa < 1:4270780‑M2/36‑1 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGAc < 1:3861447‑M2/37‑1 (MQ=255) ctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACt < 1:5338739‑M2/38‑1 (MQ=255) ctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACt > 1:2952361‑M2/13‑50 (MQ=255) ctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACt > 1:5006271‑M2/13‑50 (MQ=255) tctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTg > 1:4119499‑M2/12‑50 (MQ=255) tctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTg > 1:706061‑M2/12‑50 (MQ=255) tctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTg > 1:6184218‑M2/12‑50 (MQ=255) ctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGt > 1:864001‑M2/11‑50 (MQ=255) tccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTg < 1:1790938‑M2/39‑1 (MQ=255) tccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGtt > 1:4955401‑M2/10‑50 (MQ=255) ccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTc > 1:6949863‑M2/9‑50 (MQ=255) cacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTc < 1:2502943‑M2/42‑1 (MQ=255) acccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCa > 1:374876‑M2/7‑50 (MQ=255) ccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCAt > 1:4388284‑M2/5‑49 (MQ=255) ccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCAt > 1:4453021‑M2/5‑49 (MQ=255) cttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATg > 1:6833273‑M2/4‑49 (MQ=255) ttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGaa > 1:4524135‑M2/3‑50 (MQ=255) cAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGaa < 1:1500330/48‑1 (MQ=255) | AAGGATAGCTGATTCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGAA > NC_000913/1114219‑1114312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |