Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
MC JC NC_000913 2,101,397 Δ36,321 bp [wbbL]–wza 34 genes

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ NC_000913 2101397 2137717 36321 119 [0] [0] 117 [wbbL]–wza [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 21013960 (0.000)112 (1.170) 62/96 0.0 100% pseudogene (349/349 nt) wbbL interrupted rhamnosyltransferase WbbL
?NC_000913 2137718 = 0 (0.000)intergenic (‑475/‑184) wza/yegH outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH

Only 100 of 119 total aligned reads displayed.

TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101347‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT  >  NC_000913/2137718‑2137766
                                                                                                   
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   >  1:3534682/1‑50
 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                                  >  1:933594/1‑50
 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                                  >  1:5277449/1‑50
 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                                  >  1:3591821/1‑50
 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   <  1:3647063/49‑1
  TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT                                                 >  1:398568/1‑50
  TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                                  <  1:197568/49‑1
    AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                                <  1:1425608/49‑1
    AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                                <  1:6275301/49‑1
     AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC                                              <  1:6116366/50‑1
      AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC                                             <  1:2459631/50‑1
      AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC                                              >  1:4457647/1‑49
       GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            >  1:5227931/1‑50
        TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC                                           <  1:7192429/50‑1
         ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                          >  1:4009633/1‑50
         ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                          >  1:2690094/1‑50
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         <  1:7215765/50‑1
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         >  1:2797122/1‑50
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         <  1:5802925/50‑1
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         <  1:5591398/50‑1
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         >  1:4973140/1‑50
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                          <  1:315595/49‑1
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                          <  1:1740756/49‑1
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                          <  1:885121/49‑1
            AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                        <  1:1782573/49‑1
             ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG                                      <  1:7384339/50‑1
             ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                       >  1:761175/1‑49
             ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                       >  1:1040731/1‑49
              TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     <  1:3822736/50‑1
              TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     <  1:6469650/50‑1
              TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     <  1:6827818/50‑1
              TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     <  1:1165158/50‑1
                GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT                                    <  1:1973395/49‑1
                GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT                                    <  1:284346/49‑1
                 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT                                  >  1:3010239/1‑50
                 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT                                  <  1:4245656/50‑1
                 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT                                  >  1:7017107/1‑50
                  TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 >  1:5838384/1‑50
                   TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                >  1:1950497/1‑50
                   TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                >  1:6546333/1‑50
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               >  1:4284875/1‑50
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               >  1:2768812/1‑50
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                <  1:7017680/49‑1
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                <  1:7429299/49‑1
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                <  1:1830190/49‑1
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 <  1:5170977/48‑1
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 <  1:452274/48‑1
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATTTTTCT                              >  1:213423/1‑50
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                              <  1:175456/50‑1
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                              >  1:907586/1‑50
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                              >  1:3262871/1‑50
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               <  1:5421050/49‑1
                      CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                              >  1:4589598/1‑49
                      CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                              >  1:6321454/1‑49
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA                            <  1:1308444/50‑1
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA                            <  1:1506160/50‑1
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             <  1:4131329/49‑1
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             <  1:85886/49‑1
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             <  1:3817756/49‑1
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             >  1:5227189/1‑49
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             <  1:5913604/49‑1
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             >  1:1658598/1‑49
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             >  1:1706/1‑49
                        ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA                            >  1:4587648/1‑49
                        ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA                            >  1:1226694/1‑49
                         TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA                          <  1:6059109/50‑1
                          GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA                          >  1:3671967/1‑49
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT                    <  1:4133667/50‑1
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT                    <  1:1935543/50‑1
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT                    <  1:398497/50‑1
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT                    >  1:6103618/1‑50
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG                     <  1:1258741/49‑1
                                 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT                  >  1:6599604/1‑50
                                 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT                  <  1:6298198/50‑1
                                 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   <  1:972293/49‑1
                                 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   <  1:4359097/49‑1
                                   CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT                 <  1:5351103/49‑1
                                   CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT                 <  1:254036/49‑1
                                   CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT                 <  1:4656614/49‑1
                                    TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT               >  1:1899233/1‑50
                                      ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT              <  1:3064750/49‑1
                                      ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT               <  1:6414878/48‑1
                                       CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT            <  1:1245330/50‑1
                                       CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT            >  1:1497997/1‑50
                                       CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA             <  1:4634946/49‑1
                                        GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT           <  1:4227817/50‑1
                                         GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA          <  1:2520194/50‑1
                                          CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC         <  1:4971020/50‑1
                                             TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC      >  1:6969168/1‑50
                                             TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC      >  1:3238867/1‑50
                                             TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACC        <  1:1998384/48‑1
                                              ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC      <  1:4704499/49‑1
                                               TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT     <  1:1509583/49‑1
                                               TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT     <  1:6633677/49‑1
                                               TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT     <  1:2080223/49‑1
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTa   <  1:276745/49‑2
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT  <  1:6497559/50‑1
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT   >  1:4720159/1‑49
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT   >  1:4876822/1‑49
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT   <  1:6410379/49‑1
                                                                                                   
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101347‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT  >  NC_000913/2137718‑2137766

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.