| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 119 [0] | [0] 117 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 112 (1.170) | 62/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAAA > NC_000913/2101347‑2101445 | tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:3534682‑M1/1‑50 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:933594‑M1/1‑49 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:5277449‑M1/1‑49 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:3591821‑M1/1‑49 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:3647063‑M1/49‑1 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgt > 1:398568‑M1/1‑48 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg < 1:197568‑M1/49‑2 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc < 1:1425608‑M1/49‑4 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc < 1:6275301‑M1/49‑4 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc < 1:6116366‑M1/50‑6 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcc < 1:2459631‑M1/50‑7 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:4457647‑M1/1‑44 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:5227931‑M1/1‑43 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac < 1:7192429‑M1/50‑9 (MQ=255) ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca > 1:4009633‑M1/1‑41 (MQ=255) ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca > 1:2690094‑M1/1‑41 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:7215765‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat > 1:2797122‑M1/1‑40 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:5802925‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:5591398‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat > 1:4973140‑M1/1‑40 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:315595‑M1/49‑10 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:1740756‑M1/49‑10 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:885121‑M1/49‑10 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:1782573‑M1/49‑12 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcg < 1:7384339‑M1/50‑14 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc > 1:761175‑M1/1‑37 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc > 1:1040731‑M1/1‑37 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:3822736‑M1/50‑15 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:6469650‑M1/50‑15 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:6827818‑M1/50‑15 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:1165158‑M1/50‑15 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:1973395‑M1/49‑16 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:284346‑M1/49‑16 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:3010239‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:4245656‑M1/50‑18 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:7017107‑M1/1‑33 (MQ=255) ttATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt > 1:5838384‑M1/1‑32 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:1950497‑M1/1‑31 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:6546333‑M1/1‑31 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:4284875‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:2768812‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:7017680‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:7429299‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:1830190‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:5170977‑M1/48‑19 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:452274‑M1/48‑19 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatttttct > 1:213423‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:175456‑M1/50‑22 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:907586‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:3262871‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc < 1:5421050‑M1/49‑21 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:4589598‑M1/1‑28 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:6321454‑M1/1‑28 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta < 1:1308444‑M1/50‑24 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta < 1:1506160‑M1/50‑24 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:4131329‑M1/49‑23 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:85886‑M1/49‑23 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:3817756‑M1/49‑23 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:5227189‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:5913604‑M1/49‑23 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:1658598‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:1706‑M1/1‑27 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta > 1:4587648‑M1/1‑26 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta > 1:1226694‑M1/1‑26 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa < 1:6059109‑M1/50‑26 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:3671967‑M1/1‑24 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt < 1:4133667‑M1/50‑32 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt < 1:1935543‑M1/50‑32 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt < 1:398497‑M1/50‑32 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt > 1:6103618‑M1/1‑19 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg < 1:1258741‑M1/49‑31 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt > 1:6599604‑M1/1‑17 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt < 1:6298198‑M1/50‑34 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt < 1:972293‑M1/49‑33 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt < 1:4359097‑M1/49‑33 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt < 1:5351103‑M1/49‑35 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt < 1:254036‑M1/49‑35 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt < 1:4656614‑M1/49‑35 (MQ=255) ttACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat > 1:1899233‑M1/1‑14 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatt < 1:3064750‑M1/49‑38 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat < 1:6414878‑M1/48‑37 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat < 1:1245330‑M1/50‑40 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:1497997‑M1/1‑11 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta < 1:4634946‑M1/49‑39 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatt < 1:4227817‑M1/50‑41 (MQ=255) gCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatta < 1:2520194‑M1/50‑42 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac < 1:4971020‑M1/50‑43 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac > 1:6969168‑M1/1‑5 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac > 1:3238867‑M1/1‑5 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacc < 1:1998384‑M1/48‑44 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac < 1:4704499‑M1/49‑46 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact < 1:1509583‑M1/49‑47 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact < 1:6633677‑M1/49‑47 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact < 1:2080223‑M1/49‑47 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactttt < 1:6497559‑M1/50‑50 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:4720159‑M1/1‑1 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:4876822‑M1/1‑1 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt < 1:6410379‑M1/49‑49 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactta < 1:276745‑M1/49‑49 (MQ=255) | TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAAA > NC_000913/2101347‑2101445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |