| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 119 [0] | [0] 117 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 112 (1.170) | 62/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 | attaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 1:3591821‑M2/50‑50 (MQ=255)attaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 1:5277449‑M2/50‑50 (MQ=255)attaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 1:933594‑M2/50‑50 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg < 1:197568‑M2/1‑1 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGt > 1:398568‑M2/49‑50 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc < 1:1425608‑M2/3‑1 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc < 1:6275301‑M2/3‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc < 1:6116366‑M2/5‑1 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:4457647‑M2/45‑49 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTcc < 1:2459631‑M2/6‑1 (MQ=255) tataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac < 1:7192429‑M2/8‑1 (MQ=255) ataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca > 1:2690094‑M2/42‑50 (MQ=255) ataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca > 1:4009633‑M2/42‑50 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:1740756‑M2/9‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:885121‑M2/9‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:315595‑M2/9‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt > 1:4973140‑M2/41‑50 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:7215765‑M2/10‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:5591398‑M2/10‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt > 1:2797122‑M2/41‑50 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:5802925‑M2/10‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:1782573‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc < 1:6071493‑M2/12‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgctgatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:2662388‑M2/11‑1 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc > 1:761175‑M2/38‑49 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc > 1:1040731‑M2/38‑49 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCg < 1:7384339‑M2/13‑1 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCg < 1:1699687‑M2/13‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:3822736‑M2/14‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:6827818‑M2/14‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:6469650‑M2/14‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:1165158‑M2/14‑1 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat < 1:284346‑M2/15‑1 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat < 1:1973395‑M2/15‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:3010239‑M2/34‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 1:4245656‑M2/17‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:7017107‑M2/34‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:2910600‑M2/34‑50 (MQ=255) tatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt > 1:1950497‑M2/32‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:7429299‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:1830190‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt < 1:5170977‑M2/18‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:4284875‑M2/31‑50 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc < 1:5421050‑M2/20‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:907586‑M2/30‑50 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt < 1:175456‑M2/21‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:3262871‑M2/30‑50 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:4589598‑M2/29‑49 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:6321454‑M2/29‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt > 1:1658598‑M2/28‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt > 1:5227189‑M2/28‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:4131329‑M2/22‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:85886‑M2/22‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:3817756‑M2/22‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:5913604‑M2/22‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa < 1:1308444‑M2/23‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa < 1:1506160‑M2/23‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaa < 1:6380390‑M2/24‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa > 1:1226694‑M2/27‑49 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa > 1:4587648‑M2/27‑49 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:4494954‑M2/25‑1 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:1898676‑M2/26‑50 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:6059109‑M2/25‑1 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:3671967‑M2/25‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 1:5444444‑M2/24‑49 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg < 1:4171075‑M2/30‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg < 1:1258741‑M2/30‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt > 1:5224998‑M2/20‑50 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt < 1:4133667‑M2/31‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt > 1:6103618‑M2/20‑50 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt < 1:398497‑M2/31‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt < 1:7056705‑M2/31‑1 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt > 1:6599604‑M2/18‑50 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt < 1:972293‑M2/32‑1 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt < 1:4359097‑M2/32‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:5351103‑M2/34‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:4670629‑M2/34‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:4656614‑M2/34‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:254036‑M2/34‑1 (MQ=255) ttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat > 1:1899233‑M2/15‑50 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatt < 1:3064750‑M2/37‑1 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat < 1:6414878‑M2/36‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat < 1:1245330‑M2/39‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:1497997‑M2/12‑50 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:2062463‑M2/12‑50 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:3333167‑M2/12‑50 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta < 1:4634946‑M2/38‑1 (MQ=255) gctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatta < 1:2520194‑M2/41‑1 (MQ=255) ctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc < 1:4971020‑M2/42‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAcc < 1:1998384‑M2/43‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc > 1:6969168‑M2/6‑50 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 1:4704499‑M2/45‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACt < 1:6633677‑M2/46‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACt < 1:2080223‑M2/46‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACt < 1:1509583‑M2/46‑1 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:6619416‑M2/3‑50 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCActta < 1:276745‑M2/48‑2 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtttt < 1:6497559‑M2/49‑1 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt < 1:6410379‑M2/48‑1 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:4876822‑M2/2‑49 (MQ=255) | TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |