| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 603,467 | Δ5,885 bp | [ybdG]–insL‑2 | [ybdG], nfsB, ybdF, ybdJ, ybdK, sokE, hokE, insL‑2 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 603467 | 609351 | 5885 | 122 [0] | [0] 123 | [ybdG]–insL‑2 | [ybdG],nfsB,ybdF,ybdJ,ybdK,sokE,hokE,insL‑2 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 603466 | 0 (0.000) | 110 (1.170) | 60/94 | 0.0 | 100% | coding (1198/1248 nt) | ybdG | miniconductance mechanosensitive channel YbdG |
| ? | NC_000913 | 609352 = | 0 (0.000) | intergenic (+175/+107) | insL‑2/entD | IS186/IS421 transposase/phosphopantetheinyl transferase EntD | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGACTGATGAAGTCGCAGACCAAACTCTTCGACAATCGCAAATATGTGATCG > NC_000913/603419‑603515 | cTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgt < 1:5417309‑M1/50‑3 (MQ=255)cTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAg < 1:3482962‑M1/49‑2 (MQ=255)cTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAg < 1:4575714‑M1/49‑2 (MQ=255)cTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAg > 1:5288292‑M1/1‑48 (MQ=255) tGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgt > 1:1280269‑M1/1‑47 (MQ=255) gCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaa > 1:4236974‑M1/1‑46 (MQ=255) gCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaa > 1:233505‑M1/1‑46 (MQ=255) cTTAAATGCCCCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgta < 1:1712339‑M1/48‑4 (MQ=255) cTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaat > 1:4481990‑M1/1‑45 (MQ=255) ttAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatc > 1:5438839‑M1/1‑44 (MQ=255) aaaTGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccc > 1:3166776‑M1/1‑42 (MQ=255) aaaTGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccc > 1:4775392‑M1/1‑42 (MQ=255) aaaTGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatc < 1:6374096‑M1/48‑7 (MQ=255) aaaTGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatc < 1:7401864‑M1/48‑7 (MQ=255) aaTGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatcccc < 1:1600085‑M1/50‑10 (MQ=255) aTGCGCCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccg < 1:120390‑M1/50‑11 (MQ=255) aTGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccg < 1:5513109‑M1/50‑11 (MQ=255) aTGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccg < 1:3828890‑M1/50‑11 (MQ=255) gCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgca > 1:6532831‑M1/1‑38 (MQ=255) cccccgcCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcat < 1:515036‑M1/48‑14 (MQ=255) cACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgca > 1:60593‑M1/1‑37 (MQ=255) cACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgca > 1:4495257‑M1/1‑37 (MQ=255) aCCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcata > 1:3668714‑M1/1‑36 (MQ=255) 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ccAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccgg < 1:2130310‑M1/50‑20 (MQ=255) ccAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccgg > 1:4404271‑M1/1‑31 (MQ=255) ccAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccgg > 1:7395275‑M1/1‑31 (MQ=255) cAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggt < 1:418222‑M1/50‑21 (MQ=255) agagagCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggtt > 1:3539588‑M1/1‑29 (MQ=255) agagagCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggtt > 1:4889772‑M1/1‑29 (MQ=255) gagagCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttg < 1:6016594‑M1/50‑23 (MQ=255) gagagCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttg > 1:5072137‑M1/1‑28 (MQ=255) gagagCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttg > 1:7151736‑M1/1‑28 (MQ=255) gagagCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttg > 1:3710637‑M1/1‑28 (MQ=255) agagCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgt > 1:804440‑M1/1‑27 (MQ=255) gagCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtc < 1:2070178‑M1/50‑25 (MQ=255) gagCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaagccccgcatatccggttgtc < 1:3348707‑M1/50‑25 (MQ=255) gCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcag < 1:382327‑M1/50‑27 (MQ=255) gCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcag < 1:6790668‑M1/50‑27 (MQ=255) gCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcag < 1:237437‑M1/50‑27 (MQ=255) cGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcagg > 1:4900305‑M1/1‑23 (MQ=255) cGAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcagg > 1:1757290‑M1/1‑23 (MQ=255) gAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggt > 1:6937609‑M1/1‑22 (MQ=255) gAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggt > 1:3641931‑M1/1‑22 (MQ=255) gAATATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgccaggt > 1:5211859‑M1/1‑22 (MQ=255) aaTATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtc < 1:6484510‑M1/50‑30 (MQ=255) aaTATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtc < 1:511617‑M1/50‑30 (MQ=255) aaTATCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggt > 1:1372448‑M1/1‑21 (MQ=255) aaTATCATTGCCGGTTGGCGAgtaagccccgcatatccggttgtcaggtc < 1:2399725‑M1/50‑30 (MQ=255) atatCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtca < 1:4705350‑M1/50‑31 (MQ=255) atatCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggt > 1:2052639‑M1/1‑20 (MQ=255) atatCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggt > 1:4303394‑M1/1‑20 (MQ=255) tatCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcag > 1:6076299‑M1/1‑19 (MQ=255) tatCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcag < 1:3493392‑M1/50‑32 (MQ=255) atCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcag > 1:3915524‑M1/1‑18 (MQ=255) tCATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcagga > 1:849242‑M1/1‑17 (MQ=255) cATTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggat > 1:4186964‑M1/1‑16 (MQ=255) aTTGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggat < 1:1008429‑M1/49‑35 (MQ=255) ttGCCGGTTGGTGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatgg < 1:1518648‑M1/50‑37 (MQ=255) ttGCCGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatgg > 1:682866‑M1/1‑14 (MQ=255) ccGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggta < 1:5334697‑M1/49‑39 (MQ=255) ccGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggta < 1:3303120‑M1/49‑39 (MQ=255) ccGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggt > 1:2707928‑M1/1‑11 (MQ=255) cGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggtaag < 1:896796‑M1/50‑41 (MQ=255) cGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggtaag > 1:6507198‑M1/1‑10 (MQ=255) cGGTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggtaag < 1:4543784‑M1/50‑41 (MQ=255) ggTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggtaagg > 1:4403537‑M1/1‑9 (MQ=255) ggTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggtaagg > 1:1434662‑M1/1‑9 (MQ=255) gTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggtaaggc < 1:4379486‑M1/50‑43 (MQ=255) gTTGGCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggtaagg > 1:7349713‑M1/1‑8 (MQ=255) gCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggtaaggcacct > 1:4968200‑M1/1‑4 (MQ=255) gCGAgtaatccccgcatatccggttgtcaggtcaggatggtaaggcacct > 1:3829558‑M1/1‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |