BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
MC JC	NC_000913	687,860	Δ1,185 bp	IS5‑mediated	insH‑3	insH‑3

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NC_000913	687860	689044	1185	92 [0]	[0] 93	insH‑3	insH‑3

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 687859	0 (0.000)	89 (0.930)	64/96	0.0	100%	noncoding (1187/1195 nt)	IS5	repeat region
*	?	NC_000913	689045 =	0 (0.000)	89 (0.930)	64/96	0.0	100%	noncoding (1/1195 nt)	IS5	repeat region

GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTG  >  NC_000913/688996‑689094

tatcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcc                                                   >  1:4902418‑M2/50‑50 (MQ=255)

tatcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcc                                                   >  1:4513050‑M2/50‑50 (MQ=255)

 atcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcc                                                   <  1:2891019‑M2/1‑1 (MQ=255)

  tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  <  1:5129727‑M2/2‑1 (MQ=255)

   cgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  >  1:335780‑M2/47‑48 (MQ=255)

   cgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  >  1:3479132‑M2/47‑48 (MQ=255)

    gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg                                               >  1:729268‑M2/46‑50 (MQ=255)

    gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg                                               <  1:1586173‑M2/5‑1 (MQ=255)

    gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg                                               <  1:1593017‑M2/5‑1 (MQ=255)

    gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg                                               <  1:690093‑M2/5‑1 (MQ=255)

     tctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg                                              <  1:737006‑M2/6‑1 (MQ=255)

       tgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGt                                             >  1:7327645‑M2/43‑49 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGt                                             <  1:6549903‑M2/7‑1 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGt                                             <  1:4799296‑M2/7‑1 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa                                           >  1:6774496‑M2/41‑49 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa                                           <  1:4823251‑M2/9‑1 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTa                                            <  1:2556355‑M2/8‑1 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTa                                            <  1:5386040‑M2/8‑1 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAAc                                          <  1:1919648‑M2/10‑1 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAAc                                          <  1:6899308‑M2/10‑1 (MQ=255)

          aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGgtaaaa                                         <  1:5287077‑M2/11‑3 (MQ=255)

          aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACa                                         >  1:4196045‑M2/40‑50 (MQ=255)

           actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt                                        <  1:6503933‑M2/12‑1 (MQ=255)

            ctttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       <  1:4123523‑M2/13‑1 (MQ=255)

            ctttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:2956904‑M2/38‑50 (MQ=255)

             tttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:1767402‑M2/37‑49 (MQ=255)

               tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTa                                     <  1:1971382‑M2/15‑1 (MQ=255)

               tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTa                                     <  1:4209142‑M2/15‑1 (MQ=255)

                attgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAg                                    <  1:4724384‑M2/16‑1 (MQ=255)

                attgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt                                   >  1:470768‑M2/34‑50 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt                                  <  1:2083226‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt                                   <  1:6831827‑M2/17‑1 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt                                   <  1:1367768‑M2/17‑1 (MQ=255)

                   gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt                                 <  1:6446022‑M2/19‑1 (MQ=255)

                   gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg                                >  1:2295056‑M2/31‑50 (MQ=255)

                   gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg                                >  1:12947‑M2/31‑50 (MQ=255)

                    tgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTgg                               >  1:6264020‑M2/30‑50 (MQ=255)

                    tgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg                                <  1:7072474‑M2/20‑1 (MQ=255)

                     gcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                              >  1:6968377‑M2/29‑50 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                              <  1:5612326‑M2/22‑1 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                              <  1:123442‑M2/22‑1 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                             <  1:3292917‑M2/23‑1 (MQ=255)

                       agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                             >  1:6372190‑M2/27‑49 (MQ=255)

                       agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTa                            <  1:2291327‑M2/24‑1 (MQ=255)

                         tgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTaaa                          <  1:5216025‑M2/26‑1 (MQ=255)

                         tgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTaaa                          <  1:4173732‑M2/26‑1 (MQ=255)

                          gttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAt                         >  1:5615929‑M2/24‑50 (MQ=255)

                           ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAt                         <  1:3758957‑M2/27‑1 (MQ=255)

                           ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAt                         <  1:7197301‑M2/27‑1 (MQ=255)

                           ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg                        <  1:1192016‑M2/28‑1 (MQ=255)

                            tgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg                        >  1:4291974‑M2/22‑49 (MQ=255)

                             gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt                       <  1:2492466‑M2/29‑1 (MQ=255)

                             gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt                       >  1:5304212‑M2/21‑49 (MQ=255)

                             gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt                       <  1:1204885‑M2/29‑1 (MQ=255)

                              tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaa                     <  1:3293207‑M2/31‑1 (MQ=255)

                              tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaa                     <  1:721893‑M2/31‑1 (MQ=255)

                              tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      <  1:909374‑M2/30‑1 (MQ=255)

                               gcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      >  1:277189‑M2/19‑48 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaaa                    <  1:981430‑M2/32‑1 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      >  1:2331139‑M2/18‑47 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      >  1:6835516‑M2/18‑47 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:6862927‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:3994893‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                  tgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGa                  >  1:1238759‑M2/16‑49 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTGGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGata                <  1:5153084‑M2/36‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               >  1:3247959‑M2/14‑50 (MQ=255)

                                     tagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt              >  1:6758511‑M2/13‑50 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt              <  1:5232348‑M2/38‑1 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt              <  1:4047328‑M2/38‑1 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt              <  1:6601306‑M2/38‑1 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt              <  1:6666674‑M2/38‑1 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg             >  1:3500989‑M2/12‑50 (MQ=255)

                                       gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg             <  1:1879220‑M2/39‑1 (MQ=255)

                                       gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc            <  1:1228290‑M2/40‑1 (MQ=255)

                                       gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc            >  1:3023534‑M2/11‑50 (MQ=255)

                                        ggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt           <  1:667796‑M2/41‑1 (MQ=255)

                                        ggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt           >  1:260360‑M2/10‑50 (MQ=255)

                                         gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg          <  1:847291‑M2/42‑1 (MQ=255)

                                         gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg          <  1:4660040‑M2/42‑1 (MQ=255)

                                         gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg          <  1:6016785‑M2/42‑1 (MQ=255)

                                          aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt         <  1:4676181‑M2/43‑1 (MQ=255)

                                          aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt         >  1:2937969‑M2/8‑50 (MQ=255)

                                            ggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt       <  1:4010557‑M2/45‑1 (MQ=255)

                                             gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtttt      <  1:3496203‑M2/46‑1 (MQ=255)

                                             gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt       >  1:862467‑M2/5‑49 (MQ=255)

                                             gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt       >  1:446458‑M2/5‑49 (MQ=255)

                                              tgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTa     <  1:3647145‑M2/47‑1 (MQ=255)

                                               gcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt    >  1:4476753‑M2/3‑50 (MQ=255)

                                               gcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt    >  1:70415‑M2/3‑50 (MQ=255)

                                                cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt   <  1:4043940‑M2/49‑1 (MQ=255)

                                                 cttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg  >  1:3504277/1‑50 (MQ=255)

                                                 cttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg  >  1:4018267/1‑50 (MQ=255)

                                                 cttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg  >  1:505327/1‑50 (MQ=255)

GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTG  >  NC_000913/688996‑689094

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 31 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`