| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 390,437 | +TTT :: IS3 (–) :: +TCA | pseudogene (187/1458 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 315229 = | NA (NA) | 154 (1.030) +TCA |
87/516 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1255 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 390438 = | 0 (0.000) | pseudogene (188/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 390437 | 0 (0.000) | 109 (0.720) | 70/522 | 0.9 | 100% | pseudogene (187/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| ? | NC_000913 | 1094242 = | NA (NA) | intergenic (+8/+33) | ycdT/insF1 | diguanylate cyclase, membrane‑anchored/IS3 transposase B | |||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TAATCGTTAGCGCGAAACATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGATACACACTGGCGTGATGGTG > NC_000913/390166‑390707 | atcggtagacatctcccttttacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcataccggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcggtcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctggctgagggtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagattaGtt < 3:644993‑M2/3‑1 (MQ=255) tgagacatttccagttcacgttcggaagacgctggttgattttgctgtttgttgggccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTg < 3:56181‑M2/6‑1 (MQ=255) gtagacatctccagttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttcctggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgcctgagagtttactcacttagccgcctttccactatttctgggtcagatcaGTTTTg > 1:389653‑M2/269‑274 (MQ=255) gacatctccagttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcctacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttcctggttgatactggttttgtcatgtgagtcacctcggactgagaggttactcacttagccgcgtgccaagtattgctgggtaagatcagtccgtcatt > 1:431366‑M2/266‑267 (MQ=255) acatctccagttcacgttcataagactgctgcttattttgctgtttactgggccagttgttgagttgtgattcatacaggctaagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagtgcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTac < 4:48936‑M2/14‑1 (MQ=255) tccagttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTacaa > 3:222471‑M2/260‑275 (MQ=255) ccagttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTacaac < 3:40312‑M2/17‑1 (MQ=255) ccagttcacgttcagaagaaggctgctgatgttgctggttactgcgccagttgtagagttgggattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTacaac < 3:730070‑M2/17‑1 (MQ=255) aagtcacgttcagaagacgtctgctgagtttgctgtgtactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTacaacaa < 3:389653‑M2/19‑1 (MQ=255) cacgttcagaagacgtcttctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACAcc < 1:112654‑M2/23‑1 (MQ=255) cacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACACCAAt > 4:555598‑M2/253‑278 (MQ=255) acgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATg < 2:393638‑M2/27‑1 (MQ=255) gttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttcgccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACACCAAt > 1:493337‑M2/250‑275 (MQ=255) 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ctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgatttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagccacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATc < 1:616354‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgctgattttgctctttgctgcgccaggtgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATc < 1:404975‑M2/39‑1 (MQ=255) tgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTc > 2:327820‑M2/236‑278 (MQ=255) 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ccttgtccgattgtagagttgtgattcatacaggctgtgttcacgggcgtcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagagcttcactgcgaaattccggcgaatgctgtttacgaggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgggagtttactcacttagccgcatgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATa < 3:186112‑M2/57‑1 (MQ=255) cgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTa > 2:621255‑M2/215‑277 (MQ=255) agttgtagagttgggattcatacagggtgagttcactggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcaatgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACGGc < 4:389976‑M2/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |