| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 390,437 | +TTT :: IS3 (–) :: +TCA | pseudogene (187/1458 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 315229 = | NA (NA) | 154 (1.030) +TCA |
87/516 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1255 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 390438 = | 0 (0.000) | pseudogene (188/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 390437 | 0 (0.000) | 109 (0.720) | 70/522 | 0.9 | 100% | pseudogene (187/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| ? | NC_000913 | 1094242 = | NA (NA) | intergenic (+8/+33) | ycdT/insF1 | diguanylate cyclase, membrane‑anchored/IS3 transposase B | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CGGACATCGATACTGAACGTGCGAAAGCTTTAGCGGAAAGGATTCGGGAAAATGTTGAGCGTTTAACTGGCGATAATCCTGAATACGCTATACCACAAAAAGTGACGATTAGTATTGGCGCTGTTGTGACTCAGGAAAATGCGTTAAACCCAAATGAGATCTATCGACTGGCTGATAACGCACTTTACGAGGCGAAAGAGACCGGGCGTAATAAGGTGGTTGTGAGGGATGTGGTGAATTTTTGTGAGTCACCATAAAGCGGCATTTTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCCGCATTATTTCCCGGCTGATAAAGTGTTCTCCATGGATACATTCCACTTTCAGCGAATGAAAGAAGCTTTCCACGCAGGCATTATCGTAGCAGCAACCTTTTGCGCTCATACTTCCACGCAGATTATGCCGCTTCAG > NC_000913/1093978‑1094517 | cGGAAATCGATACTGAACGTGCGAAAGCGTTAGCGGAAAGGATTCTGGAAAATGTTGAGCTTTTAAATGGCGTTAATCCTGAATACGCTATACCACAAAAAGTGACGATTAGTATTGGCGCTGTTGTGACTCAGGAAAATGCGTTAAACCCAAATGAGATCTATCGACTGGCTGATAACGCACTTTACGAGGCGAAAGAGACCGGGCGTAATAAGGTGGTTGTGAGGGATGTGGTGAATTTTTGTGAGTCACCATAAAGCGGCATTTTGATCCTAcc < 4:382673/277‑1 (MQ=255) aTCGATACTGAACGTGCGAAAGCTTTAGCGGAAAGGATTCGGGAAAATGTTGAGCGTTTAACTGGCGATAATCCTGAATACGCTATACCACAAAAAGGGACGATTAGTATTGGCGCTGTTGTGACTCAGGAAAATGCGTTAAACCCAAATGAGATCTATCGACTGGCTGATAACGCACTTTACGAGGCGAAAGAGACCGGGCGTAATAAGGTGGGTGTGGGGGATGGAGGGAATTTGTGTGAGTAACCAGAAAGGGGCATTTTGATCCTACCCACGTa > 4:132881/1‑278 (MQ=255) cGATACTGAACGTGCGAAAGCTTTAGCGGAAAGGATTCGGGAAAATGTTGAGCGTTTAACTGGCGATAATCCTGAATACGCTATACCACAAAAAGTGACGATTAGTATTGGCGCTGTTGTGACTCAGGAAAATGCGTTAAACCCAAATGAGATCTATCGACTGGCTGATAACGCACTTTACGAGGCGAAAGAGACCGGGCGTAATAAGGTGGTTGTGAGGGATGTGGTGAATTTTTGTGAGTCACCATAAAGCGGCATTTTGATCCTACCCACGt < 1:110541/275‑1 (MQ=255) cGATACTGAACGTGCGAAAGCTTTAGCGGAAAGGATTCGGGAAAATGTTGAGCGTTTAACTGGCGATAATCCTGAATACGCTATACCACAAAAAGTGACGATTAGTATTGGCGCTGTTGTGACTCAGGAAAATGCGTTAAACCCAAATGAGATCTATCGACTGGCTGATAACGCACTTTACGAGGCGAAAGAGACCGGGCGTAATAAGGTGGTTGTGAGGGATGTGGTGAATTTTTGTGAGTCACCATAAAGCGGCATTTTGATCCTACCCACGt < 3:157323/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |