| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 183661 | 103 (0.650) | 13 (0.090) | 10/246 | NT | 11.3% | intergenic (+41/+48) | cdaR/yaeH | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator; autoregulator/UPF0325 family protein |
| ? | NC_000913 | = 183674 | 109 (0.750) | intergenic (+54/+35) | cdaR/yaeH | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator; autoregulator/UPF0325 family protein | |||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
GGCGCGGCTGAAAACGATGGACAATAACGGCTTGCTGCGACGAACGCTGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTGCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGATTTGATCAAGCTCATCAATGATATACCGTAGATTCGGGCTGATTTCCTGGACTTCTTTATAACCCTGACCCACACCATCAGCGACGACCGTTTT > NC_000913/183395‑183933 | ggCTCGGCTTAAAACGATGGACAATACCGGCTTGCTGCGACGAACGCTGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTGCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGaa < 2:537909/275‑1 (MQ=255) ggACAATAACGGGTTGCTGGGACGAACGCGGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTTCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGcc < 4:409554/274‑1 (MQ=255) ctgcGACGAACGCTGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTGCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTCCAACTGGATGAAGAGAGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGCAGGGTAGAGGGGAATGCCCGCATTAACCGTCAGt > 1:131016/1‑274 (MQ=255) gatttCGCCACAATGTTCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGt < 2:409818/272‑1 (MQ=255) cacTGGGAACTTCAAAGGCGTTGTTGATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTTACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAAtct < 2:409709/273‑1 (MQ=255) cTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCAGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGAGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCg > 2:269405/1‑275 (MQ=255) gCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTg < 2:189276/275‑1 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAg > 2:459463/1‑274 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTC > 5:759888‑M1/1‑148 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTC > 8:786341‑M1/1‑148 (MQ=255) ttAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCtacccttcgggc < 6:311644‑M1/148‑13 (MQ=255) 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ttgttCGGAACTGACCTGGCGTGATTTGGGCAATGTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTTGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCtt < 4:131117/271‑1 (MQ=255) cGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGAt > 2:477093/1‑275 (MQ=255) aCCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGGAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCACGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTCTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGCGGATCTTACGCTTACGATCAACTTCg > 2:278678/1‑275 (MQ=255) cGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGTCTTCAATNTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGTTGACTTAAGTCGTTGAGGCATTTACCTTTAAGATCAAATTCgat > 3:124370/1‑273 (MQ=255) gCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCg > 2:282704/1‑275 (MQ=255) tGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAga > 7:728212‑M2/1‑121 (MQ=255) ttGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCtacccttcgggctgagggga > 6:235083‑M1/1‑104 (MQ=255) 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cAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGattat > 5:441915/1‑138 (MQ=255) tgtggctgTATGTGGGTGTACAACTGGATGAAGAGCGGGAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCCTTCCCCCCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGATTTGATCAAGCtcat < 4:278677/271‑1 (MQ=255) gctgctGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGATTTGATCAAGCtcatc < 2:34608/275‑1 (MQ=255) gctgTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCa > 8:860927/1‑148 (MQ=255) 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2:288981/274‑1 (MQ=255) gTTAAGGTTGAGGCGGCGCTTGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGTGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGATTTGATCAAGCTCATCAATGATATACCGTAGATTCGGGCTGATTTCCTGGACTTCTTTATaa < 1:157775/274‑1 (MQ=255) ggtggggggggcgCTGGCCCATTCCCCTCCGCGCGAAGGGTATGGGGGAATGCCCGAATTAACCGTAAGGTCGGGATGATTTACGCGGTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCCATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGATTTGATCAAGCTCATCAATGATATACCGTAGATTCGGGCTGATTTCCTGGACTTCTTTATAACCCTGa < 4:397536/266‑1 (MQ=255) gTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGt < 5:632494/65‑1 (MQ=255) gcTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAAGCGTCAGATCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGAACTTATTGGTTACGAATGACTCCGGGTGACGTAAGCCGTCGGGGATCGTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGGTTTGATCACGCTCATCAATGAAATACCGTAGATTCGGGCGGATTTCCTGGACTTCTTTCTAACCTTGACCCACACCATc > 4:63497/1‑274 (MQ=255) ggCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAg > 5:637440/1‑148 (MQ=255) cATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTAt > 5:947056/1‑107 (MQ=255) cATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTa < 5:1074963/134‑1 (MQ=255) cATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTa > 6:1074963/1‑134 (MQ=255) ttCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTAt < 5:85891/105‑1 (MQ=255) tCCCCTCtacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagttgtaacgccacatacagcagcaacctgtcatcaaaattgcccaaatcaagcccggtcagttccgatat < 6:395918‑M1/148‑142 (MQ=255) tCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAgtcgt > 7:526632/1‑137 (MQ=255) ccccTCtacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagt > 8:885596‑M1/1‑6 (MQ=255) ccccTCtacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagt < 7:885596‑M1/79‑74 (MQ=255) cccTCAGCCCGAAGGGTAgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagt < 7:799157‑M2/78‑61 (MQ=255) cccTCAGCCCGAAGGGTAgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagt > 8:799157‑M2/1‑18 (MQ=255) ccTCtacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaacgttaacgcataacctaccgctcttcatccagttgtaacgccacatacagcagcaacctgtcatcaaaattgc > 6:954820‑M1/1‑4 (MQ=255) ccTCtacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagttgtaacgccacatacagcagcaacctgtcatcaaaattgcccaa > 8:519652‑M1/1‑4 (MQ=255) ccTCtacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctac < 8:835700‑M1/62‑59 (MQ=255) 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tctacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagttgtaacgccacatacagcagcaacctgtcatcaaaattgcccaaatcaagcccggtcagttccgatatacgat > 7:962760‑M1/1‑2 (MQ=255) tctacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagttgtaacgccacatacagcagcaacctgtcatcaaaattgcccaaatca < 8:728212‑M1/123‑122 (MQ=255) tCAGCCCGAAGGGTAgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagttgtaacgccacatacagcagcaacctgtcatcaaaattgcccaaatcaagcccggtcagttccgatatacgat < 7:786341‑M2/148‑134 (MQ=255) ctacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagttgtaacgccacatacagcagcaacctgtcatcaaaattgcccaaatcaagcccggtcagttccgatatacgatt > 8:141039‑M1/1‑1 (MQ=255) ctacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcatccagttgtaacgccacatacagcagcaacctgtcatcaaaattgcccaaatcaagcccggtcagttccgatatacgatt < 8:962760‑M1/148‑148 (MQ=255) ctacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcat < 5:321243‑M1/69‑69 (MQ=255) ctacccttcgggctgaggggaatgagccagcgccgcctcaaccttaacgcataacctaccgctcttcat > 6:321243‑M1/1‑1 (MQ=255) cAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGttt > 6:744111/1‑66 (MQ=255) cAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTAt > 6:447025/1‑98 (MQ=255) cAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTa < 6:637440/148‑1 (MQ=255) | GGCGCGGCTGAAAACGATGGACAATAACGGCTTGCTGCGACGAACGCTGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTGCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGATTTGATCAAGCTCATCAATGATATACCGTAGATTCGGGCTGATTTCCTGGACTTCTTTATAACCCTGACCCACACCATCAGCGACGACCGTTTT > NC_000913/183395‑183933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |